3- amaliy mashg’ulot mavzu

 
 
BLAST qanday ishlaydi? 
BLAST dan qanday foydalanish haqida ma’lumot bermoqchiman. Jarayonni 
tushunishingiz uchun o’zim olib borayotgan tadqiqotlar misolida tushuntirib 
ketaman 

---

Men ayni vaqtda O’zbekiston baliqlarining DNK barkodingi va filogenetikasi ustida 
shug’ullanmoqdaman. Ushbu ilmiy tadqiqot ishimda men uchun O’zbekiston suv 
havzalaridan yig’ilgan baliq namunalari kerak bo’ladi. Men mana so’nggi 3 yil 
davomida O’zbekistondagi turli suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ib 
kelmoqdaman. Ayrim baliq turlarini tashqi ko’rinishidan, morfologik belgilaridan 
juda osongina ajrata olaman, ayrimlarini maxsus aniqlagich kitoblaridan 
foydalangan holda aniqlayman. Ba’zi suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ishda 
faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini 
aniqlab bo’lmaydigan turlar uchrab turadi. 2017 yil fevral oyida Toshkent 
viloyatidagi Chiqchiq suv havzasidan baliq namunalari yig’ayotganimda juda 
kichkina baliq namunasini olgan edim. Uning kim ekanligini o’sha vaqtda aniqlay 
olmaganman. 
Xitoyda qaytgach laboratoriya sharoitida o’sha baliq namunasining 
to’qimasidan mitoxondriya DNK ni ajratib olib (bu alohida mavzu), 
mitoxondriyadagi COI genini PZR mashinasida amplifikatsiya qildim. Elektroforez 
jarayoni ushbu genni to’g’ri ajratib olganimni ko’rsatdi. Men natijalarni maxsus 
kompaniyalarga jo’natdim. Ular menga o’sha noma’lum baliq namunasidan olingan 
COI genidagi nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishdi. Ular jo’natgan natija 
taxminan quyida ko’rinishda edi. 
 
Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi 
nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. Nukleotidlar spektri va ularning rangidan 
ajratib olish haqida avval ham 
yozgan edim
. DNK ning ushu holatini ko’rish uchun 
“ContigExpress Project” bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. Ushbu rasmda 
DNK ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko’rishingiz mumkin. COI geni o’rtacha 
700 ta nukleotiddan iborat bo’ladi. Biz DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan 
umumiy holatda quyidagi nukleotidlar ketma-ketligini qo’lgan kiritamiz.