4-mavzu. Molekulyar filogenetika. Filogenetik yaqinligini aniqlash. Reja

4-MAVZU. MOLEKULYAR FILOGENETIKA.
FILOGENETIK YAQINLIGINI ANIQLASH.
Reja:
1. Genomning xaritalanishi va skriningi. Genom xaritasi
2. Turli organizmlar genomining xaritalanishi bo’yicha ma’lumotlar bazalari


Tayanch so’zlar: GenBank, identifikator, nukleotidlar ketma-ketligi, organizmning klassifikatsiyasi, European Molecular Biology Laboratory, tRNK, iRNK, BLAST, DNA Data Bank of Japan, NCBI


Genomning xaritalanishi va skriningi. Genom xaritasi. Genetik xaritalash – bu ayni xromosomadagi joylashgan xaritalanatgan genning boshqa genlarga nisbatan joylashgan joyini aniqlashdan demakdir.
Ma’lum bir turdagi ma’lum genlarning soni qanchalik ko’p bo’lsa, bu tekshirishlarning natijalari shunchalik aniqroq bo’ladi. Qoidaga binoan, genlarning soni xromosomalarning o’lchamiga bog’liq bo’ladi. Birgina, geteroxromatinning uzaygan qismlari (tsentromer va telomer uchastkalardagi) deyarli genlarni saqlamaydi va shu orqali bu bog’liqlikni buzadi.
Xaritalashning birinchi bosqichida genning qaysi guruhga mansub ekanligini aniqlash lozim. Ma’lumki, Drosophila melanogaster ning diploid to’plamida to’rt juft xromosomalar bo’ladi. Shulardan, birinchi jufti jinsiy xromosomalar (XX urg’ochilarida, XY erkaklarida), ikkinchi, uchinchi va to’rttinchi juft xromosomalar esa autosomalar hisoblanadi. Y xromosomadagi genlarning soni juda kam bo’ladi. Paydo bo’lgan mutatsiyalarning lokalizatsiyasini aniqlash uchun har bir xromosomaga mos ravishdagi gen markerlardan foydalanish kerak bo’ladi.
Genom xaritasi bu genom tarkibidagi gen yoki boshqa komponentlarning qaysi xromosomaga tegishliligini ko’rsatuvchi sxematik tasvirlash hisoblanadi. Genom xaritalarini taqdim etilayotgan axborotning hajmiga ko’ra klassifikatsiyalash mumkin bo’ladi. Saqlaydigan ma’lumotning hajmiga ko’ra kichik o’lchamli xaritalar (genomning ma’lum qismiga tegishli ma’lumotlarni saqlaydi) va katta o’lchamli xaritalar (to’liq nukleotidlar ketma – ketliklari haqidagi ma’lumotlarni saqlaydi) bo’ladi.