4-mavzu. Molekulyar filogenetika. Filogenetik yaqinligini aniqlash. Reja

Genomlarni xaritalash jarayonidagi yondashuvlarning umumiy ko’rinishi.


Fizikaviy xaritalarni to’liq genom uchun yoki alohida ajratilgan xromosoma uchun ham tuzish mumkin. Fizikaviy xaritalarning sitogenetik (xromosomalarda), itrantskrip-tsion (kDNK xaritalari) va makrorestriktsion xaritalar va kontig xaritalar kabi ko’rinishlari mavjud bo’ladi.
Sitogenetik xaritalar differentsial bo’yash usullari bilan bo’yalgan xromosomalarning maxsus uchastkalaridagi genlarning joylashgan o’rinlari haqidagi ma’lumotlarni olish imkonini beradi.
Turli organizmlar genomining xaritalanishi bo’yicha ma’lumotlar bazalari.
GDB (The Genome Database) - odam genomi ma’lumotlari haqidagi ma’lumotlar bazasi bo’lib, bu MB Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, Maryland (AQSh) tomonidan tashkil etilgan va doimiy ravishda shu universitet tomonidan ma’lumotlar yangilanib turiladi va nazorat qilinadi.

GDB bioinformatsion ma’lumotlar bazasi umumiy interfeysining ko’rinish

Human Genome Research Centre – umuman olganda GDB malumotlar bazasi bilan o’xshash ko’rinishda bo’lib, tarkibida gen terapiyasi haqidagi ma’lumotlarni saqlaydi. Bu bazadagi ma’lumotlar ko’pchilik qismi frantsuz tilida taqdim etilgan (5-rasm).

Human Genome Research Centre bioinformatsion ma’lumotlar bazasi umumiy interfeysining ko’rinishi
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) – odamda uchraydigan genetik kasalliklar haqidagi to’liq ma’lumotlarni, genlar va ular tomonidan chaqiriladigan genetik sindromlarning fenotipik namoyon bo’lishi haqidagi genetik xaritalarni o’zida tutuvchi ma’lumotlar bazasi hisoblanadi. Bu ma’lumotlar bazasida ishlashning qulayligi shundaki ma’lumotlarni izlash uchun qulay bo’lgan interfeysga ega. Evolyutsion kelib chiqishi va funktsiyasiga ko’ra bir-biriga o’xshash bo’lgan genlar (gomologik) ko’p hollarda turli ko’rinishdagi turlarda gomologik genlar bilan bog’langan ko’rinishda bo’ladi. Sizdan umumiy ma’lumotlardan foydalangan holda odam, sichqon, kalamush, sigir va cho’chqadagi CHRNB1, CRYB1, GAA, GH, NF1, TK1, TP53 genlarining subxromosomali lokalizatsiyasini topishiz mumkin bo’ladi (6-rasm).