9-mavzu: Biologik makromolekulalarni RasMol programmasida vizualizatsiyalashtirish Lektor: Behruz toshbadalov
Download 205.52 Kb. Pdf ko'rish
|
9-ma`ruza
- Bu sahifa navigatsiya:
- RasMol
- Molekulyar modellashtirish
- Chime
|
9-MAVZU: Biologik makromolekulalarni RasMol programmasida vizualizatsiyalashtirish Lektor: Behruz TOSHBADALOV Reja: 1. Biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularni vizualizatsiyalashtirish 2. RasMol programmasi va unda ishlash tartibi 3. RasMol programmasi orqali yaratilgan fazoviy strukturani PDB maʼlumotlar bazasiga joylashtirish Agarda ketma–ketlik tahlilida qandaydir yutuqlarga erishilgan bo„lsa, yuqori strukturalarni to„liq tahlil etish uchun hali ko„p yillar davomida ish olib borishga to„g„ri keladi. Ketma–ketliklarni to„g„ri joylashtirish muammosi–zamonaviy molekulyar biologiyaning asosiy mavzusi hisoblanadi. Aminokislotalarning chiziqli ketma–ketligi qanday qilib oqsilning uchlamchi strukturasini belgilaydi? 1961 yilda ribonukleazaning to„liq denaturatsiyaga uchraganligi, fermentativ faolligi va dastlabki strukturasining to„liq qayta tiklanganligi namoyish etilgan. Shundan so„ng birlamchi struktura uchlamchi strukturani belgilaydi degan xulosaga kelingan. 1998 yilda ikkilamchi strukturani belgilovchi usul 50-60% ishonchlilik darajasiga ega bo„lgan. Biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularning fazoviy strukturalarini aniqlash, ularning to„g„ri taxlanish qonuniyatlarini tushunish uchun RasMol, PyMol, Modeller kabi bir qancha bioinformatsion dasturlar mavjud. Ular yordamida ketma-ketligi aniqlangan makromolekulalarni vizualizatsiyalashtirish mumkin. Molekulyar modellashtirish –molekulalar strukturasi va uning xususiyatlari haqidagi maʼlumotlarga tayangan holda uning molekulasini vizuallashtirish jarayonidir. Buning natijasida molekulalarning fazoviy strukturasini namoyon etuvchi uchlamchi strukturalar shakllanadi. Molekulyar modellashtirish usullari kompyuterli kimyo, hisoblash biologiyasi va molekulyar sistemalardagi bog„lanishlarning tiplarini individual ko„rinishda tasvirlash uchun qo„llaniladi. RasMol - programmasi haqida • RasMol - kompyuterli programma bo„lib, molekulalarning vizualizatsiyasi va biologik makromolekularni fazoviy strukturasining tuzilishini olishda qo„llaniladi. Birinchi o„rinda oqsil va nuklein kislotalar strukturalarini vizualizatsiyasi uchun qo„llaniladi. RasMol programmasi birinchi bo„lib 1990- yillarda Rodjer Seyl tomonidan ishlab chiqilgan. RasMol bioinformatika va molekulyar biologiyada aktiv qo„llaniladigan molekulalarning vizualizatsiyalovchi eng yaxshi o„quv dastur sanaladi. “RasMol” so„zi – ingl. “molekulalar rastri” so„zining qisqartmasi bo„lib, “rastr” so„zi odatda kompyuter ekranidagi piksellar matritsasini bildiradi. Molekulyar grafikaning bu dasturi, oqsillar, nuklein kislotalar va uchlamchi strukturasi maʼlum bo„lgan kichik molekulalarni vizualizatsiyalashtirishga mo„ljallangan. Molekulani namoyish etish uchun “RasMol”ga atomlarning molekuladagi fazoviy dekart kordinatalari asosida joylashishlarini aks ettiruvchi atom koordinatalari kerak bo„ladi. “RasMol” kordinatalarning turli xil formatlarini aks ettiradi, xususan, “BDB” formatida ham. Dasturning asosiy oynasining adresi : www.umass.edu/microbio/rasmol “Chime” va «Protein explorer» dasturlari – “RasMol” ning hosilalari bo„lib, molekulalarni dastur oynasida vizualizatsiyalashtirish imkonini beradi. Ushbu dasturlarga kirish quyidagi adres orqali amalga oshiriladi: www.umass.edu/microbio/chime Download 205.52 Kb. Do'stlaringiz bilan baham: 
|