Akramova dilnozaning

1. Oqsillarni identifikatsiyalash resursi.

• Protein axborot resursi (PIR) 1960-yillarning boshlarida marhum Margaret O. Dayhoff ( 1-3 ) tomonidan tashkil etilgan Proteinlar ketma-ketligi va tuzilishi atlasidan kelib chiqqan. Oqsillarning o'zaro bog'liqligi va evolyutsiyasi bo'yicha tadqiqotlarni qo'llab-quvvatlash uchun mo'ljallangan ma'lumotlar to'plami sifatida kelib chiqishidan boshlab, resurs statik kutubxona sifatida emas, balki tadqiqotni qo'llab-quvvatlash vositasi sifatida ishlab chiqilgan. Demak, ma'lumotlar tahlil qilinadi, ko'rib chiqiladi va biologik bilimlarning dinamik ko'rinishini ifodalash uchun qayta tuziladi. PIR taqdim etilgan va chop etilgan ma'lumotlarni asl ko'rinishida saqlagan bo'lsa-da, PIRning vazifasi saqlangan ma'lumotlar arxivini taqdim etish emas; aksincha, PIR biologik tushunchalarni ifodalovchi shakldagi ketma-ketlik ma'lumotlarining tuzatilgan va joriy resursini ishlab chiqarish uchun bunday arxivlardan foydalanadi.

Oqsillarni ketma-ketligini aniqlashning amaliy jarayoni aminokislotalar ketma-ketligiga yoki qisman oqsil yoki peptid. Bu oqsilni aniqlashga yoki uning xarakteristikasiga xizmat qilishi mumkin tarjimadan keyingi modifikatsiyalar. Odatda, oqsilning qisman ketma-ketligi, uni kontseptual asoslardan kelib chiqqan oqsillar ketma-ketligining ma'lumotlar bazalariga asoslanib aniqlash uchun etarli ma'lumot (bir yoki bir nechta ketma-ketlik yorliqlari) beradi.

2. Ma'lumotlar bazasiga kirish arxitekturasi

Ma'lumotlar bazasidagi ma'lumotlarning asosiy birligi yozuvdir ( yozuvning to'liqroq tavsifi uchun). Xuddi shu protein molekulasiga tegishli barcha ma'lumotlar bitta yozuvda birlashtirilgan. Ma'lumot mavjud bo'lganda, ma'lumotlar bazasida molekulaning prekursor shakli (mRNKdan tarjima qilingan ketma-ketlikka mos keladi) aks ettiriladi. Buning uchun dastlab xabar qilingan ketma-ketlik ma'lumotlari prekursor shakliga aylantirilishi va tabiatda mavjud bo'lgan molekulani ifodalovchi yagona kanonik shaklga birlashtirilishi (yoki birlashtirilishi) talab qilinadi. Ma'lumotlar bazasidagi yozuv kirish identifikatsiya kodi bilan noyob tarzda aniqlanadi. Agar ma'lumotlar bazasiga qo'shilgan yangi ma'lumotlar kirish xarakterini tubdan o'zgartirmasa, ushbu kodlar chiqarilgandan to chiqarilgunga qadar o'zgarishsiz qoladi. Yozuvga umuman murojaat qilganda, PIR yozuvlari kirish identifikatsiya kodi bilan ko'rsatilishi kerak.