Aniq va tabiiy fanlar” kafedrasi “genetika” fanidan kurs ishi mavzu: dnk ni elektrafarez usulida ajratish bajardi

1.2.Gel elektroforezi DNK fragmentlarini oʻlchamiga mos ravishda ajratish usuli
Adenozinmonofosfat makroergik birikma emas, unda fosfat kislotasi riboza bilan oddiy fosfoefir bog’ hosil qilgan. Adenozinmonofosfat-ATF uglevodlarning anaerob va aerob parchalanishidan hosil bo’ladi.

• 
  Gel elektroforezi DNK fragmentlarini oʻlchamiga mos ravishda ajratish usuli hisoblanadi.
  
• 
  DNK namunalari gelning bir qismida joylashgan quduqlarga (chuqurchalarga) joylashtiriladi va ularni gel orqali harakatlantirish uchun elektr toki yuboriladi.
  
• 
  DNK fragmentlari manfiy zaryadga ega, shuning uchun ular musbat elektrod tomonga harakat qiladi. Chunki barcha DNK fragmentlari maʼlum massa birligida bir xil zaryadga ega, kichik fragmentlar gel boʻylab kattalariga nisbatan tezroq harakatlanadi.
  
• 
  Gel DNK bogʻlovchi boʻyoqlar bilan boʻyalganda, bir xil oʻlchamlarga ega boʻlgan DNK fragmentlari tasmalar shaklida koʻrinadi.
  

Faraz qilaylik, PZR reaksiyasini oʻtkazib, kerakli genning koʻplab nusxalarini hosil qildik. Yoki DNKni klonlash orqali halqasimon plazmidga kerakli genni kiritdik.
Endi PZR toʻgʻri bajarilgani yoki plazmid kerakli genni qabul qilib olganini tekshirishimiz lozim. DNK fragmentlarini vizual (oddiy koʻz bilan koʻrish orqali) tahlil qilish uchun qaysi usulni qoʻllashimiz mumkin?
Gel elektroforezi
Gel elektroforezi DNK fragmentlari (yoki RNK va oqsil singari boshqa makromolekulalar)ni oʻlchami va zaryadi boʻyicha ajratish usuli hisoblanadi. Elektroforez kerakli molekulalarni oʻz ichiga olgan gel orqali zaryad oqimini oʻtkazishdan iborat. Molekulalar oʻz oʻlchamlariga mos ravishda gel orqali turli yoʻnalishda yoki turli tezlikda bir-biridan ajraladi. 
Barcha DNK molekulalari maʼlum massa birligida bir xil zaryada ega. Shuning uchun gel elektroforezi DNK fragmentlarini oʻlchamiga qarab ajratadi. Elektroforez yordamida namunada qancha turdagi DNK fragmentlari mavjudligini va ularning bir-biriga qanday bogʻliqligini bilib olishimiz mumkin. Shuningdek, DNK qismlarining oʻlchamini bilgan holda uning absolyut oʻlchamini standart “etalon” bilan solishtirish orqali aniqlashimiz mumkin. 
Gel nima?
Nomidan koʻrinib turibdiki, gel elektroforezi geldan – jelesimon moddadan iborat. DNK boʻlaklarini ajratish uchun qoʻllanadigan gellar koʻpincha quruq, kukunsimon shakldagi agaroza deb nomlangan polisaxariddan tayyorlanadi. Agaroza bufer eritma (ozroq tuz saqlagan suv)da qizdirilsa va sovitilsa, u qattiq konsistensiyali, biroz shilimshiq gel hosil qiladi. Molekulyar darajada olganda, gel – bu vodorod bogʻlari bilan bogʻlangan va mayda poralarni hosil qilgan agaroza molekulalarining yigʻindisi.
Gelning bir qismida quduqlar deb nomlanadigan, DNK namunalari joylashtiriladigan choʻntaksimon chuqurchalar mavjud boʻladi:
DNK namunalari qoʻshilishidan oldin gel maxsus gel qutisiga joylashtiriladi. Bu qutining bir chekkasida musbat, ikkinchi chekkasida manfiy elektrod joylashtirilgan. Qutining asosiy qismiga elektr zaryadini oʻtkazadigan tuz saqlovchi bufer eritma solinadi. Garchi yuqoridagi rasmda buni koʻrishning iloji boʻlmasa ham, bufer eritma qutiga gelni qoplaydigan darajada quyiladi.
Gelning quduqlar mavjud qismida manfiy elektrodlar joylashtirilgan. Quduqlarsiz qismida (DNK fragmentlari harakatlanadigan tomon) musbat elektrodlar joylashtirilgan.