Bioinformatika 41. RasMol programması hám ol jaǵdayda islew rejimi

BIOINFORMATIKA
41. RasMol programması hám ol jaǵdayda islew rejimi.
РасМол - компъютерли программа бўлиб, молекулаларнинг визуализацияси учун ва биологик макромолекуларни фазовий структурасининг тузилишини олиш ҳамда уларни тули кўрганишда қўлланилади. Биринчи ўринда оқсил ва нуклеин кислоталар структураларини визуализацияси учун қўлланилади. РасМол программаси биринчи бўлиб 1990- йилларда Роджер Сейл томонидан аниқланган. РасМол биоинформатика ва молекуляр биологияда актив қўлланиладиган молекулаларнинг визуализацияловчи энг яхши ўкув дастур саналади. «РасМол» сўзи – ингл. “молекулалар растри” сўзининг қисқартмаси бўлиб, “растр” сўзи одатда компъютер экранидаги пикселлар матрицасини билдиради. Молекуляр графиканинг бу дастури, оқсиллар, нуклеин кислоталар ва учламчи структураси маълум бўлган кичик молекулаларни визуализациялаштиришга мўлжалланган. Молекулани намойиш этиш учун “РасМол”га атомларнинг молекуладаги фазовий декарт кординаталари асосида жойлашишларини акс эттирувчи атом кординаталари керак бўлади. “РасМол” кординаталарнинг турли хил форматларини акс эттиради, хусусан, “БДБ” форматида ҳам. Дастурнинг асосий ойнасининг адреси қуйида берилган. «Chime» ва «Protein explorer» дастурлари – «РасМол» нинг ҳосилалари бўлиб, молекулаларни дастур ойнасида визуализациялаштириш имконини беради.

42. Biologiyalıq makromolekulalardıń baslanǵısh strukturası tiykarında olardı vizualzatsiyalastiriw. PyMol hám I-TASSER programmasında islew

Biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularning fazoviy strukturalarini aniqlash, ularning to‘g‘ri taxlanish qonuniyatlarini tushunish uchun RasMol, PyMol, Modeller kabi bir qancha bioinformasion dasturlar mavjud. Ular yordamida ketma-ketligi aniqlangan makromolekulalarni vizualizasiyalashtirish mumkin. Ikkilamchi strukturani aytib berish uchun uchta asosiy yo‘nalish mavjud:
1. Shu kungacha ma'lum bo‘lgan uchlamchi strukturalardan olingan parametrlarni qo‘llovchi emperik statistik yondashuvlar.
2. Vodorod bog‘lar potensiali, zaryad, gidrofoblik, brikkanlik darajasi kabi fizik –kimyoviy xususiyatlarga asoslangan usullar.
3. Ikkilamchi strukturani taxmin qilish uchun gomologik oqsillarning ma'lum bo‘lgan strukturalaridan foydalanuvchi, bashorat qiluvchi algoritmlar.
PyMOL - bu molekulyar vizualizatsiya tizimi. Ham kichik molekulalar, ham biologik makromolekulalar, birinchi navbatda, oqsillarning yuqori sifatli uch o'lchamli tasvirlarini yaratishga imkon beradi. Ilmiy adabiyotlarda nashr etilgan oqsil tuzilmalarining barcha tasvirlarining taxminan to'rtdan biri PyMOL yordamida yaratilgan. PyMOL tizimli biologiyada foydalanish uchun mos bo'lgan bir nechta ochiq manbali molekulyar tasvirlash tizimlaridan biridir.2010-yilda Schrödinger Inc. da ishlab chiqarilgan.
I-TASSER (I terative T hreading ASSE mbly R efinement) - bu aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalari tuzilishining uch o'lchovli modelini bashorat qilish uchun bioinformatik usul.Ilmiy ma'lumotlarning vizualizatsiyasi zamonaviy tadqiqotchilar tomonidan qo'llaniladigan eng keng tarqalgan usullardan biridir. Uzunligi 10 dan 1500 gacha boʻlgan aminokislotalar ketma-ketligining modelini bashorat qila oladi. Molekulyar biologiyada vizualizatsiya alohida rol o'ynaydi, ularning o'rganish obektlari to'g'ridan-to'g'ri kuzatish uchun murakkabligi va imkoni yo'qligi bilan ajralib turadi. 
43. Jaratılǵan strukturalardı PDB, MMDB maǵlıwmatlar bazalarına jaylastırıw
44. Belok strukturasın aldınan aytıw hám úyreniw boyınsha zamanagóy baǵdarlar
Oqsillar turli fazoviy strukturalarga ega bo‘lib, nuklein kislota yoki aminokislota ketma –ketligi yordamida bu jararayonni aniqlashning iloji yo‘q. Shuning uchun, barcha funksional oqsillarni to‘g‘ridan to‘g‘ri ajratib olib ularning strukturasini aniqlash hozirgi kunda ham dolzarb vazifalardan hisoblanadi.Turlarning xilma-hilligi biologiyaning o‘ziga xos tomonlaridan biri xisoblanadi. U biologiyaning barcha tuzilmalarida ham ko‘zga tashlanadi.Bu tushunchani oqsillarga nisbatan to‘liq qo‘llasa bo‘ladi. Ularning tuzilishi qay darajada turli bo‘lishi xozirgi kungacha to‘liq o‘rganilmagan. Bitta oqsil molekulasidagi aminokislotalar soni 2 tadan bir necha o‘n minggacha bo‘lishi mumkin. Proteom haqida ma'lumotga ega bo‘lish uchun avval ularni ajratib, boshqa moddalardan tozalab olish kerak. Butun organizmdagi oqsillar soni katta bo‘lgani uchun odatda organizmning ma'lum qismi (organ yoki to‘qima) olinadi va turli usullar bilan oqsil komponenti ajratib olinadi. (proteom -organizmdagi barcha oqsillarning yig‘indisi).Individual oqsilning toza fraksiyasi ajratib olinganidan keyin ularning kimyoviy strukturasi o‘rganiladi. Strukturaviy proteomikada bir yo‘la bir nechta strukturalar aniqlanadi. Bu ishni amalga oshirish uchun maxsus jarayonlar sikli va unga mos qurilmalar ishlab chiqilgan (Proteomik tajribalar uchun qurilmalarning to‘liq yig‘ilmasi taxminan bir million dollarni tashkil etadi). Proteomika instrumentlari namuna tayyorlashdan tortib strukturani aniqlashgacha bo‘lgan laboratoriya siklini o‘z ichiga oladi. Ajratib, tozalangandan keyin ikki o‘lchamli elektroforez yordamida oqsillar ajratiladi. Bunda ajralish ikki yo‘nalishda amalga oshadi: birinchisida turli molekulyar og‘irlikka ega bo‘lgan oqsillar ajratilsa, boshqasida –elektr zaryadiga qarab ajraladi. Natijada maxsus tashuvchida bir xil guruhga kiruvchi molekulalar jamlanadi va mikroskopik dog‘lar vujudga keladi, bunda har bir dog‘da faqat bir xil molekulalar bo‘ladi. Dog‘larning soni bir necha mingni tashkil etishi mumkin, ularni tadqiq etish uchun avtomatik qurilmalardan foydalaniladi. So‘ngra dog‘lar tanlab olinib, ularda joylashgan moddalar murakkab fizik qurilma –mass-spektrometrga joylashtirib, uni yordamida har bir oqsilning birlamchi strukturasi aniqlanadi

45. Ramachandra kartası.

Ramachandran xaritasi - vizualizatsiya usuli. Oqsillardagi polipeptid negizining (ψ hám φ) aminokislotalarining digedral burchaklari. Diagramma 1963 yilda hind olimlari G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan va V. Sasisekxaran tomonidan ishlab chiqilgan.

46. Turaqlılıq hám beloklar foldingi

Oqsil foldingi — bu polipeptid zanjirining o'z-o'zidan noyob 3-D strukturalariga (oqsilning uchlamchu strukturasi deb nomlanadi) o'ralish jarayoni. Har bir oqsil molekulasi boshida i-RNKdan sintezlangan polipeptid zanjiri bo'lib hosil bo'ladi. Lekin oqsil intezlangandan keyin o'zining funksiyalarini bajarish uchun uchlamchi strukturasiga ega bo'lish kerak. Polipeptid zanjiridagi aminokislotalarining xususiyatlari farqlanadi, va shu bois ular 3D modelda faqat o'ziga tegishli joyni egallaydi.Katta oqsillar foldingida maxsus shaperon deb nomlanadigan oqsillar ishtirok etadi.Oqsillar folding mexanizmlari hali oxirgacha o'rganilmagan

47. Gidrofoblıq profiliniń analizi.

48. Strukturalıq tegisleniwler.

49. Belok strukturaların modellestiriw hám aldınan aytıw