Bioinformatika faniga kirish. Zamonaviy bioinformatsion ma’lumotlar bazalari bilan tanishish

Sekvens bazalarining standart to’plami bilan tanishish Ma’lumotlarningtegishli raqamlari,adabiyot nomi, taksonomik ma’lumoti, annotatsiya, kalit so’zlar, kross-referenslar, hujjatlashtirish yo’llarini ko’rsatadi
Analiz qilish dasturlari quyidagicha: BLAST, Primer-BLAST, B-Link, ORF finder, Genome workbench va hokazo. Oqsil sekvens bazalari ko’rinishida esa: UniProt, PFAM, Gene Index project larni misol qilish mumkin
UniProt -Proteinlarning universal manbai bo’lib quyidagi bazalarning birlashishi ostida shakllantirilgan: SIB, EBI-SwissProt, TrEMBL, PIR-PSD. Uning xususuyatlari esa

• 
  Blast
  
• 
  Align
  
• 
  Retrieve
  
• 
  ID mapping kabilarni o’z ichiga oladi.
  

PFAM bu-Proteinlar saqlanib qolgan hududlarni o'z ichiga oladi

• 
  Konservatsiyalangan hududlarga ko'ra, oqsillar oilalarga bo'linadi
  
• 
  PDB, SCOP, CATH va boshqalar kabi tashqi ma'lumotlar bazalariga havolalarni taqdim etadi.
  

Vazifasi esa Tartibni qidirish, Pfam oilasini ko'rish, Klonni, ketma-ketlikni, Tuzilishni ko’rish, Kalit so'zlarni qidirish
Strukturaviy bazalar:PDB – Protein Data Bank, CATH, SCOP – Structural Classification of Proteins. PDB Proteinlarning eksperimental ravishda aniqlangan tuzilmalari, nuklein kislotalar va murakkab birikmalar to'g'risidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi, RCSB-PDB, PDB, PDBj, BMRB - oqsil tuzilishi ma'lumotlari omborlari hisoblanadi, PDB, mmCIF, PDBML / XML formatlaridagi fayllar hisoblanadi. Proteinlarning eksperimental ravishda aniqlangan tuzilmalari, nuklein kislotalar va murakkab birikmalar to'g'risidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi Keng qamrovli qidiruv - oqsil haqida to'liq ma'lumot beradi.Tarkib tafsilotlari bilan bir qatorda, ketma-ketlik haqida ma'lumot, domen ma'lumotlari, ketma-ketlik o'xshashligi va adabiyotlardan foydalanishga imkon beradi

• 
  RCSB-PDB, PDB, PDBj, BMRB - oqsil tuzilishi ma'lumotlari omborlari
  
• 
  PDB, mmCIF, PDBML / XML formatlaridagi fayllar
  

CATHDomen tuzilmalariga asoslangan oqsillarni tasniflaydi, Har bir protein alohida domenlarga bo'linib, homologik superfiliyalarga biriktirilgan.PDB yozuvlarini ierarxik domenini tasniflaydi. Uning ierarxiyasi Sinfni - ikkilamchi tuzilishi avtomatik ravishda tayinlanadi, Arxitektura - ulanishdan mustaqil bo'lgan ikkilamchi tuzilmalarning yalpi yo'nalishini tavsiflaydi, Topologiya - klasterlar topologik ulanishlari va ikkilamchi tuzilmalar soniga qarab tavsiflaydi, Gomologik superoila - bu daraja umumiy ajdodlari bilan bo'lishadi deb taxmin qilinadi va shuning uchun ularni gomolog deb ta'riflash mumkin bo'lgan protein domenlarini birlashtiradi.
SCOP Barcha oqsillar bilan ma'lum tuzilmalar o'rtasidagi tarkibiy va evolyutsion munosabatlarning tavsiflaydi, PDB yozuvlaridan foydalanadi, Kalit so'zlar yoki PDB identifikatorlari yordamida qidirishni taminlaydi. SCOP ierarxiyasi Sinf, turkum, tip , oila,Turlarni o’z ichiga oladi. Bioinformatika biologiyaning ilmiy tajribalari asosida olingan natijalarni tahlil qiladi. Olingan ma’lumotlarni bazasida obyekt sifatida aniqlanishi mumkin. Ixtisoslashtirilgan dasturiy ta’minot mahsulotlari qidirish, vizualizatsiya qilish, axborotni tahlil qilish va eng muhimi, natijalarni boshqa tadqiqotchilar bilan bo‘lishda foydalaniladi. Hozirgi zamon ilmiy biologik adabiyotida bioinformatika bilan birgalikda “hisoblash biologiyasi” iborasi ham uchrab turadi. Hisoblash biologiyasi – bu fan sohasi emas, balki biologik jarayonlarni o‘rganish uchun kompyuterlardan foydalanishga uslubiy yondashuv hisoblanadi. Garchi “hisoblash biologiyasi” ko‘proq algoritmlar va aniq hisoblash usullarini ishlab chiqishlar bilan shug‘ullansada hozircha “bioinformatika” va “hisoblash biologiyasi” iboralaridan tez-tez ma’nodosh (sinonim) so‘zlar sifatida foydalanilmoqda. Hisoblash biologiyasida foydalaniladigan barcha usullar ya’ni, masalan, garchi biologik vazifalar bilan bog‘liq bo‘lsada matematik modellashtirish – bu bioinformatika hisoblanmaydi. Bundan tashqari matematik biologiya ham mavjud bo‘lib, u ham bioinformatika singari biologik muammolarni yechishda ishlatiladi, biroq unda qo‘llaniladigan usullar natijasi son bilan ifodalanmaydi va ularni amalga oshirishda dasturiy va jihoz ta’minoti talab etilmaydi. Oqsillar fazoviy tuzilmalarini bashorat qilishda ishlatiladigan algoritm va dasturlar ishlab chiqish bilan shug‘ullanuvchi srukturaviy bioinformatika boshqalaridan ajralib turadi.
Ma’lumotlar bazasi funksiyalariga saqlash, tizimlashtirish, axborotlarni yangilab turish unga kirish huquqi bilan ta’minlashlar kiradi. Bu operatsiyalar esa katta qudratlardagi kompyuterlarni talab qiladi.
2-rasm. Tibbiy-biologik nashrlar on-line kutubxonasi (PubMed)
Shuningdek biologik mavzular majmuidagi ilmiy nashriyotlar bazalari ham mavjud. Biologiya bo‘yicha istalgan ilmiy jurnalning barcha sonlarida chiqadigan har bir maqola ma’lumotlar bazasiga joylashtiriladi izlanuvchi uni internet tarmog‘i orqali oson topib olishi uchun qisqa ta’rif berib qo‘yiladi (2-rasm). Eng katta tibbiy-biologik nashrlar on-line kutubxonasi PubMed so‘nggi 50 yil mobaynida 16 mln. dan ortiqroq maqolalarni o‘z ichiga oladi.