Capsicum annuum Brief Report A. K. Inoue-Nagata

Fig. 1. Comparison of the 3


terminal region sequence of potyvirus isolates.
1
Alignment of
the first 63 amino acids of Poty2 coat protein with the closest potyviruses identical amino
acids are represented by colon.
2
Percent amino acid identity, when compared to Poty2.
3
Size
in nucleotides of the 3


-UTR. The percent nucleotide identity of 3


-UTR, when compared
to Poty2, is shown between the brackets. GenBank accession numbers are PeSMV (Pepper
severe mosaic virus): X66027; PVY-O (Potato virus Y): AF255659; PVY-N: AF255660;
PepMoV1 (Pepper mottle virus): M96425; SuCMoV (Sunflower chlorotic mottle virus):
AF255677; PepMoV3: M11598; PepMoV2: AF227728; PVV (Potato virus V): AJ243766
longer 3


-UTR size (468 nt) (Fig. 1). This result corroborated the hypothesis that
Poty1 and Poty2 comprise a new virus species.
A phylogenetic analysis was performed by aligning the sequences using the
Jotun Hein algorithmwith gap penalty 20 and gap length penalty of 20 as provided
by the Megalign programin the Lasergene package (DNAstar, Madison, WI). For
maximum parsimony analysis of DNA and protein sequences, PAUP 4.0 betaver-
sion [18] was used. Maximum parsimony trees were evaluated statistically using
2000 Bootstrap and 2000 Jackknife iterations. The analysis of the coat protein
amino acid sequence was done with 23 potyvirus isolates including Poty2, PVY,
PepMoV, PeSMV, SuCMoV and PVV (Fig. 2). According to the phylogenetic
tree, Poty2 was placed in a separate branch closer to PepMoV isolates. They were
grouped together with PeSMV and SuCMoV in a second ramification and then
with the isolates of PVV. These viruses were placed distantly fromPVY isolates
and a third PepMoV (PepMoV3, M11598), a virus resembling a PVY isolate. A
similar result was obtained when analyzing the phylogenetic tree of the 3


-UTR
nucleotide sequence using the available sequences of the same group of viruses
(Fig. 3). Poty2 was again placed isolated in a separate branch closer to PepMoV.
These results clearly indicated a distinct genetic relationship of Poty2 with any
other virus species.
The identification of these isolates as being members of a new species may
explain the susceptibility of the PVY-resistant sweetpepper cultivars. The large
majority of the resistance alleles against species of the genus Potyvirus that have
been characterised so far are either species-specific or pathotype-specific [13].

---

Pepper yellow mosaic virus
853