Nomli bakteriya shtammi


S rDNK sekvensiyasi va filogenetik tahlili


Download 0.79 Mb.
bet2/8
Sana09.03.2023
Hajmi0.79 Mb.
#1255572
1   2   3   4   5   6   7   8
Bog'liq
virus mustaqil

2.2. 16S rDNK sekvensiyasi va filogenetik tahlili
NKZ-259 dan DNK ishlab chiqaruvchining ko'rsatmalariga muvofiq Streptomyces genomik DNKni tozalash to'plami (Genmed, Shanxay, Xitoy) yordamida chiqarildi. 16s rDNK geni PZR amplifikator yordamida matritsa mexanizmi asosida universal praymerlar yordamida 16S
(F:5'-GCAGTCGAGCGGACAGAT-3'
va R:5'AAGGAGGTGATCCAGCCGCA 3') aniqlangan. PCR reaksiya aralashmasi 12,5 µl 2x TaqPCR Mastermixdan iborat; Har bir alohida primerda 0,5 µl, 1 µl Maritsa DNK va 10,5 µl bidistillangan suv (ddH2O) solinadi, hajmini 25 µl ga yetkazish uchun. Reaktsiya 94 ° C da 5 daqiqa davomida boshlandi, keyin 94 ° C da 1 daqiqa, 51 ° C 30 soniya va 72 ° C da 1 daqiqa davomida 35 tsikldan so'ng 72 ° C da yakuniy uzaytirish bosqichi bo'ldi. 10 daqiqa ichida. Keyin PCR mahsulotlari Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd tomonidansekvenirlandi. Sekvensiya tahlili natijalari NCBI veb-saytiga yuborildi va GenBank nukleotidlar bazasida o'xshash ketma-ketliklar tekshirildi. Keyinchalik, GenBankdan olingan 18 ta 16S rDNK gen ketma-ketligi ajratilgan shtammga toʻliq mos keldi, Clustal W yordamida moslashtirildi. Filogenetik tahlil MEGA dasturiy paketi (6.0 versiyasi) yordamida amalga oshirildi. Filogenetik daraxtlar qo'shni birlashtirish usuli asosida qurilgan. Bootstrap tahlili 1000 psevdotakror bilan amalga oshirildi.


2.3. NKZ-259 fermentatsiya preparati
NKZ-259 Streptomyces roseoflavus shtammi quyidagicha tayyorlangan. 28 ° C da 7 kun davomida inkubatsiya qilingan (Mao va boshq., 2007). Keyin taxminan 1 sm2 maydonga ega bakteriyalar namunalari pH 7,2 da 10% maltoza, 4% glyukoza va 4% xamirturush ekstraktidan tashkil topgan 100 ml xamirturush ekstrakti-solod ekstrakti ISP-2 kolbasiga sepildi. 250 ml lik shisha idish. , va kolbalar 48 soat davomida 28 ° C da 170 ay/tezligida aralashtirib, aylanadigan chaykagichda inkubatsiya qilindi. Keyin ISP-2 solod ekstrakti xamirturush ekstrakti kolbasi 48 soatlik kulturaning 10% (v/v) bilan emlandi va emlangan kolbalar 96 soat davomida 220 aylanish tezligida 28 ° C da aylanadigan shakerga joylashtirildi. Uch xil konsentratsiyali 1:50, 1:100 va 1:200 980, 990 va 995 ml distillangan suvda mos ravishda 20, 10 va 5 ml fermentatsiya bulonini o'z ichiga oladi.



Download 0.79 Mb.

Do'stlaringiz bilan baham:
1   2   3   4   5   6   7   8




Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©fayllar.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling