Ochiq o'qish doirasini topish orf finder dasturi. Ochiq o'qish ramkasi O'qish uchun ochiq qidiruv ramkalari

2. NATIJA TA'RIFI
Klon olingan matritsa bilan bir xil bo'lgan kopyalanan DNK fragmentidir. Klonlarning nukleotid ketma-ketligini aniqlash jarayoni butun DNK ketma-ketligini tahlil qilish imkonini beradi. Ketma-ketligi allaqachon ma'lum bo'lgan ba'zi genlarni klonlash bo'yicha eksperiment oxirida klonlangan ketma-ketlik nashr etilgan dekodlash bilan bir xil ekanligiga ishonch hosil qilish kerak.
Cdnkning asl klon mRNA matritsasi yordamida sintez qilinadi. Keyin bu klon tartiblangan.
Jismoniy genom xaritasidan olingan klon ketma-ketligini dekodlash (shakl 40(b)), ov tüfek usuli bilan ketma-ket bo'lgan butun genomni yig'ish orqali amalga oshiriladi. Quyidagicha ov miltiq bilan butun genom tartib amalga oshiriladi (rasm 68).
68-rasm shotgun usuli bilan tartiblangan ramka yig'ish (skaffold)
Birinchidan, klon ketma-ketligini o'qish orasidagi noyob ketma-ketliklarni tahlil qilish asosida alohida konsollar (68(a)) quriladi. So'ngra to'g'ri tashkil qilish va contaigs hidoyat, shuningdek, ular orasidagi bo'shliqlarni blokirovka va ramkalar deb nomlangan katta birliklar ularni birlashtirish qaerga contaigs (rasm 68(b)) juft uchlari, oxiri maydonlarini o'qib
(scaffolds) (rasm 68 (v)).
Flüoresan tartiblash texnologiyasini joriy etish DNK ketma-ketligi ma'lumotlarini to'plashning tezlashishiga olib keldi (shakl 41). Endi bir xil vaqt oralig'ida ko'proq tartiblash reaktsiyalari amalga oshirilishi mumkin va protokollar avtomatlashtirish shartlariga yaxshiroq javob bera boshladi. Agar reaktsiyalar floresan Jelda davom etsa, lazer bilan indikatsiyalangan floresans to'g'ridan-to'g'ri kompyuterni qayd etadi.
Odatda jel elektroforez 36 parallel yo'llarda amalga oshiriladi. Chiqish ma'lumotlari bazalarni bildiruvchi belgilar qatori (42-rasm) joylashgan bir qator kodlangan tepaliklar bilan ifodalanadi. Agar sharhlovchi kromatogram dasturiy ta'minot qaysi bazani muayyan holatda nomlanishi kerakligini aniqlay olmasa, bu holda "- "bo'sh joy belgisi paydo bo'ladi. Oxirgi tartiblash ma'lumotlar faylida bunday noaniq pozitsiyalar "N"harfi bilan belgilanadi.
Klon namunasi tasodifiy kutubxonadan tanlanadi – masalan, 2 million klon hajmli kutubxonadan 10 000. 10 000 ketma-ketlik reaktsiyalarini boshlash va keyin ularni avtosantralarga o'tkazish uchun murakkab avtomatlashtirilgan tartiblash jarayoni amalga oshiriladi. Yakuniy ma'lumotlar tahlil qilish uchun ma'lumotlar bazasiga yuklanadi.
Ideal natija 10 000 ta ketma-ketlik to'plamidir, ularning har biri 200-400 nukleotid uzunligi va har bir 10 000 klon ketma-ketligining bir qismini ifodalaydi.
Aslida, ba'zi tartiblash reaktsiyalari umuman ishlamaydi, ba'zilari etarli darajada mazmunli ma'lumotlar ishlab chiqaradi, ba'zilari esa qabul qilinadigan sifat ma'lumotlarini beradi. Ushbu jarayonni muvaffaqiyatli bajargan ketma-ketliklar va EST (Expressed Sequence Tags) ifoda etilgan ketma-ketliklar yorliqlari deb ataladi.
Olingan est teglar GenBank, EMBL va DDBJ-ga joylashtirilgan.
EST yorliqlariga kirish ushbu ma'lumotlar bazalari orqali ochiq. Xuddi shu EST teglar NCBI tomonidan qo'llab-quvvatlanadigan dbEST ma'lumotlar bazasida joylashgan.

3.