Ochiq o'qish doirasini topish orf finder dasturi. Ochiq o'qish ramkasi O'qish uchun ochiq qidiruv ramkalari

O'qish uchun ochiq qidiruv ramkalari

ORF finder siz kiritgan DNK ketma-ketligida ochiq o'qish ramkalarini (ORF) izlaydi. Dastur har bir ORF oralig'ini oqsilni efirga uzatish bilan birga qaytaradi. Yangi ishlab chiqilgan Smart BLAST yoki an'anaviy BLASTP bilan prognoz qilingan oqsilni tekshirish uchun oqsillarni kodlovchi potentsial segmentlar uchun yangi tartiblangan DNKni topish uchun orf finder-dan foydalaning.
Orf qidiruvchining ushbu veb-versiyasi 50 kb gacha bo'lgan so'rovlar ketma-ketligi bilan cheklangan. Linux x64 uchun so'rovlar ketma-ketligi uzunligi chegaralanmagan mustaqil versiya mavjud .
Misollar (qiymatlarni belgilash uchun bosing, keyin "yuborish" tugmasini bosing»):
* NC_011604 plazmid pWES - 1 Salmonella enterica; genetik kod: 11; " ATG " va muqobil boshlash kodlari; ORF minimal uzunligi: 300 NT
* NM_000059; genetik kod: 1; boshlang'ich kodon: "faqat ATG"; ORF minimal uzunligi: 150 NT




Orf tadqiqotchisi
ORF Investigator-bu kodlash va kodlovchi bo'lmagan ketma-ketliklar haqida ma'lumot beruvchi dastur emas, balki gen / DNKning turli qismlari ketma-ketligini global miqyosda moslashtirishi mumkin. Ushbu vosita ORFNI tegishli amino kislotalar ketma-ketligi uchun samarali ravishda topadi va ularni bitta harfli amino kislotalar kodlariga aylantiradi va ularning pozitsiyalarini ketma-ketlikda ta'minlaydi. Ketma-ketliklar orasidagi global hizalama, bir nukleotid polimorfizm, shu jumladan, turli mutatsiyalarni qulay aniqlash imkonini beradi. Nidlman va Vunsh algoritmlari genlarni moslashtirish uchun ishlatiladi. ORF Investigator portativ Perl dasturlash tilida yozilgan va shuning uchun barcha umumiy operatsion tizimlar foydalanuvchilari uchun mavjud.
ORF Predictor
Orfredictor-ifoda etilgan ketma-ketlik (EST) belgisidan olingan ketma-ketliklarda oqsilni kodlovchi joylarni aniqlash uchun mo'ljallangan veb-server. BLASTX-da talab qilinadigan ketma-ketliklar uchun dastur BLASTX-ni moslashtirishda aniqlangan translyatsiya o'qish ramkalariga asoslangan kodlash maydonchalarini taxmin qiladi, aks holda talab qilinadigan ketma-ketliklarning ichki signallari asosida eng ko'p kodlash maydonini taxmin qiladi. Natijada, FASTA formatida taxmin qilingan peptid ketma-ketliklari va so'rovlar identifikatorini, translyatsiya o'qish ramkasini va kodlash maydonini boshlaydigan va tugaydigan nukleotid pozitsiyalarini o'z ichiga olgan ta'rif satri. Orfredictor est tomonidan ishlab chiqarilgan ketma-ketliklar, xususan, keng ko'lamli EST loyihalari uchun izoh berishni osonlashtiradi.
ORF Predictor yuqorida aytib o'tilgan ikki xil orf ta'rifining kombinatsiyasidan foydalanadi. U boshlang'ich kodon bilan boshlangan va to'xtash kodon bilan tugaydigan joylarni izlaydi. Qo'shimcha mezon sifatida, u 5 - da to'xtovsiz kodonni qidiradi-translyatsiyalanmagan maydon (UTR).
ORFik
ORFik, ORFNI asoslash uchun yangi avlod tartiblash texnologiyalarini o'qish va ulardan foydalanish uchun ochiq ramkalar topish uchun Bioconductor-da r to'plami.
Gen - Bu irsiy ma'lumotlarning eng sodda funktsional ajralmas birligi. Modda gen bu DNK molekulasining oddiy o'ziga xos tuzilishi yoki funktsiyasi - genetik ma'lumotni o'z ichiga olgan qismidir. Genetik ma'lumotlarning o'ziga xos xususiyati genning nukleotidlar ketma-ketligi bilan belgilanadi. Shunday qilib, turli xil genlar nukleotidlar ketma-ketligida bir-biridan tizimli ravishda ajralib turadi, Birlamchi gen funktsiyalari transkripsiya jarayonida (RNK sintezi) amalga oshiriladi. Bundan tashqari, har bir gen funktsiyasini amalga oshirish boshqa genlarga bog'liq, ya'ni. genlarning ma'lum bir tizimida o'zini namoyon qiladi.
Genom - organizmlarning ma'lum bir tizimli guruhiga xos bo'lgan genlar to'plami. Strukturaviy ravishda, genom - bu ma'lum bir organizm turlarining hujayrasida barcha DNK molekulalarining bitta nusxasida joylashgan genlar to'plami. hujayraning butun genetik materialining bitta nusxasi. Genom - organizmning ma'lum bir biologik turiga xos bo'lgan o'ziga xos genetik xarakterli xususiyat: odamning genomi, dizenterik amoeba geni, OIV virusi.
Evolyutsiya tafovut tufayli kelib chiqqanligi sababli, tegishli tizimli guruhlar o'rtasida genomning tarkibi va tashkil etilishida amalga oshiriladi. Eukariotlardagi struktura genlarining ko`pchiligida genetik axborot uzlukli – bo`lingan holda yozilgan bo`ladi. Struktura genlarida axborot saqlovchi struktura genlari ekzonlar, axborot saqlamaydiganlari esa intronlar deb ataladi. Intronlar ekzonlar uchun qo`shimcha regulyator vazifasini bajarishi mumkin.
Intronlar DNKning qismlari bo'lib, ularning nusxalari asosiy transkriptdan olib tashlanadi va etuk RNKda bo'lmaydi. Insonning CDK4 genining pre-mRNK nukleotidlar ketma-ketligi. Ko'p ketma-ketlikni intronlar egallaydi (kul rangda ko'rsatilgan) Transkripsiyadan so'ng, intronalarga to'g'ri keladigan nukleotidlar ketma-ketlik chayqalish jarayonida etuk mRNK (pre-mRNK) dan chiqariladi. Intronlar eukaryotik genlarga xosdir. Intronlar ribosomali RNK (rRNK), transport RNK (tRNK) va ba'zi prokaryotik oqsillarni kodlovchi genlarda ham mavjud bo'lib, ular avtosfera yo'li bilan RNK darajasida kesiladi. Intronalarning soni va uzunligi har xil turlarda va bir xil organizmning har xil genlarida juda farq qiladi. Masalan, Saccharomyces cerevisiae xamirturushining genomida jami 293 intron, inson genomida esa 300 mingdan ortiq intron mavjud. Odatda intronlar exonlarga qaraganda uzunroq
Gen izlash strategiyalari
• Ab initio usullari:
• DNK ichidagi statistik signallarga asoslanib:
• Signallar: qisqa DNK motiflari (promotorlar, kodonlarni ishga tushirish / to'xtatish joylari, aniq saytlar)
Kodlash statistikasi: kodlangan va kodlanmagan hududlardagi nukleotidlarning tarkibiy o'zgarishlari
• Kuchli tomonlari:
• ishga tushirish oson va bajarish vaqti tez
• kirish sifatida faqat DNK ketma-ketligini talab qiladi
Kamchiliklari:
• Oldindan ma'lumot talab qilinadi (o'quv qo'llanmalar)
• taxmin qilingan gen tuzilmalarining ko'pligi
2. Gomologiya usullari:
• Gen tuzilishi homologik ketma-ketliklar yordamida aniqlanadi (EST, mRNA, oqsil).
Yuqori o'xshashlikdagi homolog ketma-ketlikni qo'llashda juda aniq natijalar.
• Kuchli tomonlar:
• aniq
Kamchiliklari:
• yaxshi gomologik ketma-ketlik kerak
• sekin bajariladi
Gen topish:Ab initio usullari
Ab initio usullari: oddiy ko'rinishga ega
Noma'lum tuzilishning geni Kodlash hududi ehtimollik
ATG
{TAA, TGA, TAG}
GT
AG
Signallarni va ehtimol kodlash hududlarini toping
AAAAA
AAAAA
Promomotor signali
PolyA signali
Signalni aniqlash usullari
• DNKning qisqa motiflarini aniqlang (targ'ibotchilar, kodonlarni ishga tushirish / to'xtatish, ajratish joylari, intron
dallanma nuqtasi,).
• Signalni aniqlash uchun bir qator usullardan foydalaniladi:
• Konsensus satri: berilgan pozitsiyada eng ko'p kuzatiladigan qoldiqlarga asoslanib.
• Naqshni aniqlash: moslashuvchan bo'g'inlar.
• Vazn o'lchovlari: berilgan joyda qoldiqlarning kuzatilgan chastotalariga asoslanib. Foydalanadi