Filogenetik daraxt qanday quriladi? (Upgma usuli)

Tugunlar aylanishi mumkin

Filogenetik daraxtlar haqida bilishimiz kerak bo'lgan muhim xususiyat shundaki, ular statik bo'lmagan grafikalarni aks ettiradi.
Ularda bu filiallarning hammasi aylanib ketishi mumkin - xuddi uyali aloqa moslamasi xuddi shunday. Biz filiallarni xohlagancha siljitishimiz mumkinligini aytishni istamaymiz, chunki ba'zi harakatlar naqshning o'zgarishini yoki topologiya Daraxtdan. Biz aylantira oladigan narsa tugunlardir.
Daraxt xabarini talqin qilish uchun biz shoxlarning uchlariga emas, balki grafaning eng muhim jihati bo'lgan novdalarga e'tibor qaratishimiz kerak.
Bundan tashqari, biz daraxtni chizishning bir necha yo'li borligini yodda tutishimiz kerak. Ko'p marta bu kitob yoki jurnal uslubiga bog'liq va filiallarning shakli va holatidagi o'zgarishlar ular bizga etkazmoqchi bo'lgan ma'lumotlarga ta'sir qilmaydi.

Hozirgi ajdodlarimiz yoki "eski" turlarning mavjudligini aniqlay olmaymiz

Qachon biz turlarga murojaat qilamiz joriy biz ularga ajdodlar tushunchalarini qo'llamasligimiz kerak. Masalan, shimpanzeler va odamlar o'rtasidagi munosabatlar haqida o'ylab ko'rganimizda, shimpanzeler bizning nasabimizga ajdodlarimiz deb noto'g'ri tushunchaga ega bo'lishimiz mumkin.
Biroq, shimpanze va odamlarning umumiy ajdodi ham bo'lmagan. Shimpanzeni ajdodlar deb o'ylash, uning evolyutsiyasi ikkala nasl ajratilgandan so'ng to'xtagan deb taxmin qilish edi.
Ushbu fikrlarning xuddi shu mantig'iga amal qilgan holda, filogenetik daraxt bizga yosh turlar ham borligini aytmaydi. Allel chastotalari doimiy ravishda o'zgarib turishi va vaqt o'tishi bilan yangi belgilar o'zgarib turishi sababli, turning yoshini aniqlash qiyin, va, albatta, daraxt bizga bunday ma'lumot bermaydi.
"Allel chastotalarining vaqt o'tishi bilan o'zgarishi" populyatsiya genetikasi evolyutsiyani belgilaydi.

Ular o'zgarmasdir

Filogenetik daraxtga qarab, biz ushbu grafika shunchaki aniq dalillardan kelib chiqqan gipoteza ekanligini tushunishimiz kerak. Ehtimol, agar biz daraxtga qo'shimcha belgilar qo'shsak, u uning topologiyasini o'zgartirishi mumkin.
Ko'rib chiqilayotgan organizmlarning munosabatlarini aniqlash uchun eng yaxshi belgilarni tanlashda olimlarning tajribasi muhim ahamiyatga ega. Bundan tashqari, tadqiqotchilarga daraxtlarni baholash va eng maqbulini tanlashga imkon beradigan juda kuchli statistik vositalar mavjud.