Kurs ishi mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari

Ketma-ketlikni tekislash/tahlil qilish uchun cheklash dasturlashni qo'llash - Biologiya

NIAID Gripp genomlarini ketma-ketlashtirish loyihasi va GenBank ma'lumotlari to'plami. U gripp ketma-ketligini tahlil qilish, izohlash va GenBankga topshirish uchun vositalarni taqdim etadi. Ushbu resursda grippning boshqa ketma-ketlik manbalariga, nashrlar va gripp viruslari haqida umumiy ma'lumotlarga havolalar mavjud.
Mahalliy foydalanish uchun BLAST bajariladigan dasturlari Solaris, LINUX, Windows va MacOSX tizimlari uchun taqdim etilgan. Qo'shimcha ma'lumot olish uchun ftp katalogidagi README fayliga qarang. BLAST nukleotidlari, oqsillari va tarjima qilingan qidiruvlar uchun oldindan formatlangan maʼlumotlar bazalari, shuningdek, db quyi katalogida yuklab olish mumkin.
Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini ketma-ket joylashtiring. Ushbu katalogdagi fayllar BLAST bilan foydalanishga tayyor bo'lgan oldindan formatlangan ma'lumotlar bazalaridir.
Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini FASTA formatida ketma-ket joylashtiring. Ushbu ma'lumotlar bazalarini BLAST bilan ishlatishdan oldin formatdb yordamida formatlash kerak.
Tanlangan toʻliq eukaryotik va prokaryotik genomlardan oʻxshash ketma-ketliklar uchun BLAST qidiruvini amalga oshiradi.
RefSeqGene/LRG to'plamidagi genomik ketma-ketliklarning BLAST qidiruvini amalga oshiradi. Standart displey Grafik displeydagi hizalanishlarni ko'rib chiqish uchun tayyor navigatsiyani ta'minlaydi.
Biologik ketma-ketliklar orasidagi mahalliy o'xshashlik hududlarini topadi. Dastur nukleotid yoki oqsil ketma-ketliklarini ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslaydi va o'yinlarning statistik ahamiyatini hisoblab chiqadi. BLAST ketma-ketliklar orasidagi funktsional va evolyutsion munosabatlarni aniqlash, shuningdek, gen oilalari a'zolarini aniqlashga yordam berish uchun ishlatilishi mumkin.
COBALT - bu RPS-BLAST, BLASTP va PHI-BLAST yordamida saqlangan domen ma'lumotlar bazasidan, oqsil motivlari ma'lumotlar bazasidan va ketma-ketlik o'xshashligidan olingan juft cheklovlar to'plamini topadigan oqsillarni bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish vositasi.
Protein ketma-ketligidagi saqlanib qolgan domenlarni aniqlaydi. CD-Search RPS-BLAST (teskari pozitsiyaga xos BLAST) dan so'rovlar ketma-ketligini Saqlangan domen ma'lumotlar bazasida (CDD) mavjud bo'lgan saqlangan domen tekislashlaridan tayyorlangan pozitsiyaga xos ball matritsalari bilan solishtirish uchun foydalanadi.
So'rovlar ketma-ketligini (nukleotid yoki oqsil) GEO ma'lumotlar bazasidagi mikroarray yoki SAGE platformalarida joylashgan GenBank ketma-ketliklariga moslashtirish uchun vosita.
Ushbu vosita nukleotidlar yoki oqsillar ketma-ketligini genomik ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari bilan taqqoslaydi va asosiy mahalliy hizalanishni qidirish vositasi (BLAST) algoritmi yordamida mos keladiganlarning statistik ahamiyatini hisoblaydi.
Gen, ekspressiya, o'zgaruvchanlik va boshqa izohlarni har tomonlama tekshirish bilan eukaryotik RefSeq genom birikmalarini interaktiv navigatsiya qilish uchun genom brauzeri. GDV yuklanishi oson boʻlgan analitik trekning oldindan konfiguratsiyasini, oson koʻrsatish va sozlash uchun maʼlumotlar treklari menyusini taklif etadi hamda foydalanuvchi maʼlumotlarini yuklash va tahlil qilishni qoʻllab-quvvatlaydi. Ushbu brauzer nashr qilish uchun displeylar ishlab chiqarishga ham imkon beradi.
NCBI ning Remap vositasi foydalanuvchilarga annotatsiya ma'lumotlarini loyihalash va xususiyatlarning joylashuvini bir genomik yig'ilishdan boshqasiga yoki bazaviy tahlil orqali baza orqali RefSeqGene ketma-ketligiga aylantirish imkonini beradi. Remappingning qat'iyligini sozlash uchun variantlar taqdim etiladi va xulosalar veb-sahifada ko'rsatiladi. To'liq natijalarni NCBI's Genome Workbench grafik ko'rish dasturida ko'rish uchun yuklab olish mumkin va qayta ko'rsatilgan xususiyatlar uchun izoh ma'lumotlari, shuningdek, xulosa ma'lumotlarini yuklab olish mumkin.
Ketma-ket ma'lumotlarni ko'rish va tahlil qilish uchun integratsiyalangan dastur. Genome Workbench yordamida siz NCBI-da ommaviy mavjud ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarida ma'lumotlarni ko'rishingiz va bu ma'lumotlarni o'zingizning ma'lumotlaringiz bilan aralashtirishingiz mumkin.
Foydalanuvchilarga ma'lumotlar bazasi qidiruv natijalari yoki boshqa dasturiy ta'minot ilovalari tomonidan yaratilgan bir nechta hizalanishlarni ko'rish imkonini beruvchi interaktiv veb-ilova. MSA Viewer foydalanuvchilarga tekislashni yuklash va asosiy ketma-ketlikni o'rnatish hamda masshtablash va rangni o'zgartirish kabi xususiyatlardan foydalangan holda ma'lumotlarni o'rganish imkonini beradi.
Foydalanuvchi ketma-ketligida yoki ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan ketma-ketlikda barcha ochiq o'qish ramkalarini topadigan grafik tahlil vositasi. O'n olti xil genetik kodlardan foydalanish mumkin. Aniqlangan aminokislotalar ketma-ketligi turli formatlarda saqlanishi va BLAST yordamida protein ma'lumotlar bazalaridan izlanishi mumkin.
Primer-BLAST asbobi ketma-ketlik shabloniga PCR primerlarini loyihalash uchun Primer3 dan foydalanadi. Keyinchalik potentsial mahsulotlar BLAST qidiruvi bilan foydalanuvchi tomonidan belgilangan ma'lumotlar bazalariga nisbatan avtomatik ravishda tahlil qilinadi va mo'ljallangan maqsadning o'ziga xosligini tekshirish.
Oqsillarning genomik nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelishini hisoblash uchun yordamchi dastur. U Needleman Wunsch global hizalama algoritmining o'zgarishiga asoslanadi va ayniqsa intronlar va ulanish signallarini hisobga oladi. Ushbu algoritm tufayli ProSplign ulanish joylarini aniqlashda aniq va ketma-ketlik xatolariga toqat qiladi.
Nukleotid yoki oqsil ketma-ketligi va ushbu ketma-ketlikda izohlangan xususiyatlarning sozlanishi mumkin bo'lgan grafik ko'rinishini taqdim etadi. NCBI ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi sahifalarida foydalanishga qo'shimcha ravishda, ushbu tomoshabin o'rnatilgan veb-sahifa komponenti sifatida mavjud. Toʻgʻridan-toʻgʻri oʻz sahifalarida tomoshabinni joylashtirmoqchi boʻlgan ishlab chiquvchilar uchun API maʼlumotnomasi boʻyicha batafsil hujjatlar mavjud.
cDNK-dan genomik ketma-ketlikni moslashtirishni hisoblash uchun yordamchi dastur. U Needleman-Wunsch global hizalama algoritmining o'zgarishiga asoslanadi va ayniqsa intronlar va ulanish signallarini hisobga oladi. Ushbu algoritm tufayli Splign ulanish joylarini aniqlashda aniq va ketma-ketlik xatolariga toqat qiladi.
Filogenetik daraxt ma'lumotlarini yaratish va ko'rsatish uchun vosita. Tree Viewer sizning ketma-ketlik ma'lumotlaringizni tahlil qilish imkonini beradi, PDF sifatida chop etiladigan vektor tasvirlarni ishlab chiqaradi va veb-sahifaga joylashtirilishi mumkin.
Vektor kelib chiqishi mumkin bo'lgan nuklein kislotalar ketma-ketligining segmentlarini tezda aniqlash tizimi. VecScreen ixtisoslashtirilgan ortiqcha bo'lmagan vektor ma'lumotlar bazasida (UniVec) istalgan ketma-ketlikka mos keladigan segmentlar uchun so'rovlar ketma-ketligini qidiradi.