Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Komplekslik.
Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi, boshqa PIR-saqlanuvchi ma'lumotlar bazalari bilan to'ldirilgan, mavjud bo'lgan ortiqcha bo'lmagan oqsil ketma-ketliklarining eng keng qamrovli to'plamini o'z ichiga oladi.
Ma'lumotlar bazasi jamoatchilikka bepul taqdim etiladi va 1988 yildan beri yiliga to'rt marta yangilanadi va chiqariladi. Ma'lumotlar bazasining haftalik oraliq yangilanishlari PIR veb-saytida qidirish va ko'rish uchun mavjud. Barcha ketma-ketlik ma'lumotlari PIR xodimlariga taqdim etilishi bilanoq ommaga taqdim etiladi.
Ma'lumotlar bazasi biologik tadqiqotlarni qo'llab-quvvatlash uchun asosiy axborot resursi bo'lib xizmat qiladi. Qidiruv va bilimlarni topishga turli xil qidiruv opsiyalari, jumladan, turli xil ma'lumotlar bazasi maydonlari (masalan, superfamila, mualliflar, xususiyatlar va kalit so'zlar) va to'g'ridan-to'g'ri ma'lumotlar bazasi ketma-ketligi o'xshashligini qidirish yordam beradi. Oilaviy tasnif va bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish, keng ko'lamli gipermatnli havolalar bilan birgalikda PIR va boshqa molekulyar ma'lumotlar bazalarida tegishli ketma-ketliklar haqida ma'lumotni tezda topish va olish imkonini beradi.
Ma'lumotlar bazasini tashkil etish.
Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi ortiqcha emas. Shu sababli, bir xil turlardan bir xil yoki juda o'xshash ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan ketma-ketlik hisobotlarini topish va kerakli birlashmalarni amalga oshirish PIR-International uchun ustuvor vazifa hisoblanadi. Ketma-ketliklar birlashtirilganda ketma-ketliklar orasidagi farqlar yangi yozuvda hujjatlashtiriladi va bir-biriga zid ma'lumotlar oqsil uchun eng yaxshi kanonik ketma-ketlikni berish uchun solishtiriladi. Bibliografik ma'lumotlar va ketma-ketlik bo'yicha individual hisobotlar uchun o'zaro havolalar saqlanadi va asl taqdim etilgan ketma-ketliklar PIR veb-saytida avtomatik ravishda qayta tiklanishi mumkin. Garchi bizning siyosatimiz bir xil ketma-ketlikdagi hisobotlarni bitta izohli yozuvga birlashtirish boʻlsa-da, biz ularni toʻliq birlashtirilmaguncha va izohli yozuvga kiritmaguncha ushlab turmaymiz.
Ma'lumotlar bazasi to'rt qismga bo'lingan: PIR1, PIR2, PIR3 va PIR4. Hozirgi vaqtda PIR1 va PIR2 barcha yozuvlarning ~99% ni tashkil qiladi. PIR1 dagi yozuvlar superfamily tayinlash boʻyicha toʻliq tasniflanadi, PIR1ʼdagi boshqa yozuvlarga nisbatan toʻliq birlashtiriladi va keng izohlanadi. PIR2-dagi ko'plab yozuvlar birlashtiriladi, tasniflanadi va odatdagi PIR1 yozuvlari kabi to'liq izohlanadi. PIR3-dagi yozuvlar tasniflanmaydi, birlashtirilmaydi yoki izohlanmaydi. PIR3 umumiy ma'lumotlar bazasining 1% dan kamrog'ini tashkil qiladi va yangi yozuvlar uchun vaqtinchalik saqlash tanki bo'lib xizmat qiladi. PIR4 ma'lum psevdogenlar, ifoda etilmagan ORFlar, sintetik ketma-ketliklar va tabiiy ravishda yuzaga kelmaydigan termoyadroviy, krossover yoki ramka o'zgarishi mutatsiyalari kabi tabiiy ravishda yuzaga kelmaydigan yoki ifodalangan ketma-ketliklarni o'z ichiga olishi uchun yaratilgan.
Ma'lumotlar bazasining aniqligi va yaxlitligi PIR-International kompaniyasining asosiy tashvishidir. Ketma-ket o'zaro mos yozuvlar moslik va aniqlik uchun tekshiriladi. Sintaksis, atamalarni standartlashtirish va ma'lumotlar yaxlitligini tekshirish barcha yozuvlar ma'lumotlar bazasiga kirishdan oldin va standartlashtirish qoidalari qayta ko'rib chiqilganda butun ma'lumotlar bazasida amalga oshiriladi. Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalaridagi nashr etilgan ketma-ketliklar yoki tarjimalar va PIR tarjimalari o'rtasidagi nomuvofiqliklar yozuvlarda qayd etilgan.
Standartlashtirish qoidalari va boshqariladigan lug'atlar oqsil nomlari, organizm nomlari, kalit so'zlar, xususiyatlar, genetik ma'lumotlar va boshqa sohalarda qo'llaniladi. Foydalanilgan lug'atlar xalqaro nomenklatura komissiyalaridan yoki imkon qadar boshqa nufuzli manbalardan olinadi.
Joriy kalit so'zlar ro'yxati, tur nomlari, superfamila nomlari va boshqalar va Xususiyatlar bo'yicha qo'llanmani Izohlar PIR veb-saytida topish mumkin.