Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

2.4. PIR - oqsil ketma-ketliklari bazalari.
Protein axborot resursi (PIR) 1984 yilda Milliy Biotibbiyot Tadqiqot Jamg'armasi (NBRF) tomonidan oqsil ketma-ketligi ma'lumotlarini aniqlash va talqin qilishda yordam berish uchun manba sifatida tashkil etilgan. PIR ma'lumotlar bazasi marhum Margaret O. Dayhoff tomonidan 20 yil davomida ishlab chiqilgan va "Oqsillar ketma-ketligi va tuzilishi atlasi" sifatida nashr etilgan NBRF oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan ishlab chiqilgan. PIR-International 1988-yilda NBRF, Myunxen oqsillar ketma-ketligi boʻyicha maʼlumot markazi (MIPS) va Yaponiya xalqaro oqsil maʼlumotlar bazasi (JIPID) oʻrtasida biomolekulyar ketma-ketlik, manba, maʼlumotlarning eng qadimgi maʼlumotlar bazasini toʻplash va nashr etish uchun tashkil etilgan hamkorlikdir. bibliografik va xususiyatli ma'lumotlar. PIR-International missiyasi: (i) biologik tamoyillar, shu jumladan tarkibiy, funktsional va evolyutsion munosabatlarga muvofiq tashkil etilgan keng qamrovli, ortiqcha bo'lmagan, yaxshi tasdiqlangan to'plam sifatida Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini yaratish va qo'llab-quvvatlash; (ii) oqsil ketma-ketligini, ularning strukturaviy va funktsional xususiyatlarini va biologik kelib chiqishini o'rganishni qo'llab-quvvatlovchi tadqiqot vositasini taqdim etish;1-jadval ) va CD-ROM; va (iv) biomolekulyar strukturaviy ma'lumotlar taqdimotini tashkil etish va muvofiqlashtirishda boshqa ma'lumotlar bazalari bilan hamkorlik qilish.
Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasining xususiyatlari.
PIR-International Protein Sequence Database quyidagi asosiy xususiyatlarga ega.
Ortiqcha bo'lmaslik.
Ma'lumotlar bazasi ortiqcha emas; bir xil turdagi bir xil va juda o'xshash ketma-ketliklar bitta yozuvga birlashtiriladi. Birlashtirilgan yozuvlarda, har bir alohida xabar qilingan ketma-ketlik yozuvda ko'rsatilgan kanonik ketma-ketlik bilan har qanday farqlarni aniq ko'rsatadigan va PIR veb-saytida xabar qilingan ketma-ketlikni qayta tiklashga imkon beradigan tarzda taqdim etiladi.
PIR ketma-ketliklari ketma-ketlik o'xshashligi bo'yicha superfamilalarga, oilalarga va homologiya domenlariga bo'linadi. Bu oilalarning hizalamalari mavjud. To'liq miqyosli oila tasnifi ma'lumotlar bazasini tashkil etishga yordam beradi, ma'lumotlar bazasi yaxlitligini yaxshilaydi va gen oilalari bo'yicha ma'lumotlar bazasini qidirishni qo'llab-quvvatlaydi.
PIR ma'lumotlar bazasi qo'shimcha qiymatli ma'lumotlar bazasi bo'lib, unda asl taqdimotda topilmagan muhim xususiyatlarni o'z ichiga olgan yozuvlar izohlanadi. To'liq iqtiboslar, jumladan, maqola sarlavhalari berilgan. Xarita pozitsiyasi, intron pozitsiyalari va boshlang'ich kodon (agar AUGdan farqli bo'lsa) kabi genetik ma'lumotlar taqdim etiladi. Xususiyat izohlari va boshqa terminologiya standartlashtirildi va aniqlik va izchillikni ta'minlash uchun cheklangan lug'atlar qo'llanildi.
Axborot qidirishni optimallashtirish uchun PIR yozuvlari asosiy molekulyar va mos yozuvlar ma'lumotlar bazalariga, jumladan Medline, GenBank, EMBL, DDBJ, Protein ma'lumotlar banki, Inson genomi ma'lumotlar bazasi va boshqalarga o'zaro havola qilinadi. O'zaro havola qilingan ma'lumotlar bazasi yozuviga gipermatnli havolalar PIR veb-saytida mavjud.