Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Chiqarish chastotasi, haftalik yangilanishlar va ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar to'plamlari
Joriy tarqatish chastotasi yiliga to'rtta nashr. Haftalik yangilanishlar ham mavjud; bu yangilanishlar anonim FTP orqali mavjud. SWISS-PROT uchun har hafta uchta fayl yangilanadi:
• new_seq.dat Oxirgi to'liq nashrdan beri barcha yangi yozuvlarni o'z ichiga oladi.
• upd_seq.dat Oxirgi nashrdan keyin ketma-ketlik ma'lumotlari yangilangan yozuvlarni o'z ichiga oladi.
• upd_ann.dat Oxirgi nashrdan beri bir yoki bir nechta izoh maydonlari yangilangan yozuvlarni o'z ichiga oladi.
TrEMBL uchun oxirgi to'liq nashrdan beri barcha yangi yozuvlarni o'z ichiga olgan fayl (trembl_new.dat) har hafta yangilanadi.
Ushbu fayllar Internet manzillari yuqorida keltirilgan EBI va ExPASy serverlarida mavjud.
Shuningdek, har hafta biz uchta siqilgan faylni (ExPASy FTP serveridagi /database/sp_tr_nrdb katalogida va EBI serveridagi /pub/database/sp_tr_nrdb katalogida) taqdim etish orqali ortiqcha bo'lmagan oqsil ketma-ketligi to'plamini ishlab chiqaramiz: sprot.dat.Z , trembl.dat.Z va trembl_new.dat.Z.
Swiss-Shop - bu foydalanuvchilarga o'zlarining qiziqtirgan soha(lar)iga tegishli yangi ketma-ketlik yozuvlarini elektron pochta orqali olish imkonini beruvchi avtomatlashtirilgan ketma-ketlik haqida ogohlantirish tizimi. Kalit so'zga asoslangan va ketma-ketlik/naqshga asoslangan so'rovlar mumkin. Har safar haftalik SWISS-PROT nashri amalga oshirilganda, foydalanuvchi tomonidan ko'rsatilgan qidiruv kalit so'zlari yoki naqshlariga mos keladigan barcha yangi ma'lumotlar bazasi yozuvlari va foydalanuvchi tomonidan belgilangan ketma-ketlikka o'xshashliklarni ko'rsatadigan yozuvlar avtomatik ravishda foydalanuvchiga elektron pochta orqali yuboriladi. Swiss-Shop so'rovlarini http://www.expasy orqali yuborish mumkin. ch/swisshop/


2.3. UniProt haqida.
Universal Protein Resurs (UniProt) oqsil ketma-ketligi va izoh ma'lumotlari uchun keng qamrovli manbadir. UniProt ma'lumotlar bazalari-bu UniProt ma'lumotlar bazasi (UniProtKB), UniProt ma'lumot klasterlari ( UniRef) va UniProt arxivi (UniParc). UniProt konsortsiumi va mezbon institutlar EMBL-EBI, SIB va PIR UniProt ma'lumotlar bazalarini uzoq muddatli saqlashga sodiqdir.

UniProt Yevropa bioinformatika instituti (EMBL-EBI) , SIB Shveytsariya bioinformatika instituti va oqsil axborot resursi (PIR) o'rtasidagi hamkorlikdir . Uchta institut bo'ylab 100 dan ortiq odam ma'lumotlar bazasini qayta ishlash, dasturiy ta'minotni ishlab chiqish va qo'llab-quvvatlash kabi turli vazifalar orqali jalb qilingan.
EMBL-EBI va SIB birgalikda Swiss-Prot va TrEMBL ishlab chiqarish uchun ishlatilgan, PIR esa Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini (PIR-PSD) ishlab chiqargan. Ushbu ikkita ma'lumotlar to'plami turli xil proteinlar ketma-ketligi qamrovi va izoh ustuvorliklari bilan birga mavjud edi. TrEMBL (Translated EMBL Nukleotid Sequence Data Library) dastlab ketma-ketlik ma'lumotlari Swiss-Protning ushlab turish qobiliyatidan yuqori tezlikda yaratilganligi sababli yaratilgan. Shu bilan birga, PIR PIR-PSD va tegishli ma'lumotlar bazalarini, shu jumladan iProClass, oqsil ketma-ketliklari ma'lumotlar bazasi va kuratorli oilalarni saqladi. 2002 yilda uchta institut o'z resurslari va tajribalarini birlashtirishga qaror qildi va UniProt konsorsiumini tuzdi.
UniProt konsortsiumi Aleks Beytman, Alan Bridge va Keti Vu tomonidan boshqariladi, asosiy xodimlar tomonidan qo'llab-quvvatlanadi va mustaqil ilmiy maslahat kengashidan qimmatli ma'lumotlarni oladi.
UniProt Milliy Ko'z Instituti (NEI) , Milliy Inson Genomi Tadqiqot Instituti (NHGRI) , Milliy Yurak, O'pka va Qon Instituti (NHLBI), Qarish Milliy Instituti (NIA), Milliy Allergiya va Yuqumli Kasalliklar Instituti (NIAID ) tomonidan qo'llab-quvvatlanadi. Qandli diabet va ovqat hazm qilish va buyrak kasalliklari milliy instituti (NIDDK), Milliy umumiy tibbiyot fanlari instituti (NIGMS), Milliy ruhiy salomatlik instituti (NIMH) va Milliy sog'liqni saqlash institutlarining (NIH) Milliy saraton instituti (NCI )U24HG007822 granti bo'yicha. EMBL-EBI ning UniProt-dagi ishtiroki uchun qo'shimcha yordam Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) asosiy fondlari, Buyuk Britaniyaning Altsgeymer tadqiqotlari (ARUK) granti ARUK-NAS2017A-1, Biotexnologiya va biologik fanlar tadqiqot kengashi (BBSRC) [BB/T010541] tomonidan taqdim etiladi. SIBdagi UniProt faoliyati qo'shimcha ravishda Shveytsariya federal hukumati tomonidan Ta'lim, tadqiqot va innovatsiyalar bo'yicha SERI davlat kotibiyati orqali qo'llab-quvvatlanadi . PIR ning UniProt faoliyati, shuningdek, NIH grantlari R01GM080646, G08LM010720 va P20GM103446 va Milliy Fan Jamg'armasi (NSF) DBI-1062520 grantlari tomonidan qo'llab-quvvatlanadi.
UniProt NIH grantlari U01HG02712 (2002-2010) va U41HG006104 (2010-2014) tomonidan qo'llab-quvvatlangan.
EMBL-EBIdagi UniProt faoliyati FP7 SLING loyihasi (2009-2012, shartnoma raqami 226073), Britaniya yurak jamg'armasi grantlari SP/07/007/23671 va RG/13/5/30112, Parkinson kasalligi Buyuk Britaniya GO grantidan foydalandi. G-1307 va NIH GO granti U41HG02273.
SIBdagi UniProt faoliyati FP6 FELICS loyihasi (2006-2009, shartnoma raqami 021902) va FP7 loyihalari SLING (2009-2012, shartnoma raqami 226073), GEN2PHEN (2009-2013, shartnoma raqami 40) orqali EC qo'llab-quvvatlashidan foydalandi. va MICROME (2009-2013, shartnoma raqami 222886-2).
PIRdagi UniProt faoliyati NIH grantlaridan HHSN266200400061C (2004-2009), R01GM080646 (2007-2011), R01GM080646-04S2 (2009-2012), R016020102F (2009-2012), R061020102R (R01602020) va P0160102R-dan foydalandi. DBI-0138188 (2002-2005) va IIS-0430743 (2004-2007) va UNIDEL jamg'armasi mukofoti (2010-2012) grantlari.