Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Format va tarkibni yaxshilash
SWISS-PROT-da saqlangan ma'lumotlar ilgari faqat katta harflar bilan ifodalangan. Biz ma'lumotlarni aralash holatga aylantirish jarayonini boshladik. Bu jarayon allaqachon yaxshi yo'lga qo'yilgan va 2000 yilda yakunlanadi. Oxirgi 12 oy ichida biz yangi sharh mavzularini ("Turli" va "Farmatsevtika") hamda yangi xususiyat kalitini ("Se_Cys") qo'shdik. “Oʻxshashlik” va “Muqobil mahsulot” sharhlari mavzularidan foydalanish va mazmunini standartlashtirish boʻyicha katta oʻzgarishlar yakunlanmoqda. Kitob va patent ma'lumotnomalarini saqlash uchun foydalaniladigan formatlar ushbu ma'lumotni kompyuterda tahlil qilish uchun o'zgartirildi.
Molekulyar ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarida qo'llaniladigan taksonomiyalarni standartlashtirishga hissa qo'shish uchun biz DDBJ/EMBL/GenBank nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari tomonidan qo'llaniladigan NCBI taksonomiyasiga o'tdik. NCBIda saqlanadigan taksonomik tasnifni quyidagi manzilda topish mumkin: http://www.ncbi.nlm. nih.gov/Taxonomy/
SWISS-PROT ko'p sonli hujjat fayllari bilan tarqatiladi. Ushbu fayllardan ba'zilari uzoq vaqtdan beri mavjud (foydalanuvchi qo'llanmasi, nashr yozuvlari, mualliflar uchun turli indekslar, iqtiboslar, kalit so'zlar va boshqalar), lekin ularning ko'plari yaqinda yaratilgan va biz doimiy ravishda yangi fayllarni qo'shmoqdamiz. Hozirda mavjud bo'lgan barcha hujjatlar ro'yxati uchun http://www.expasy/sprot/sp_docu.html.
Yangi oʻzaro havolalar
Biz yaqinda SWISS-PROTni Zebrafish Information Network (ZFIN) maʼlumotlar bazasiga bogʻlovchi oʻzaro havolalarni qoʻshdik ( 3 ) (qarang: http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/). Shuningdek, biz SWISS-PROT dan CarbBank Complex Carbohydrate Structure Ma'lumotlar bazasiga (CCSD) o'zaro havolalarni qo'shishni boshladik.
Hozirgi vaqtda SWISS-PROT 31 xil ma'lumotlar bazalari bilan bog'langan va bio-molekulyar ma'lumotlar bazalari o'zaro bog'liqligining asosiy markazi sifatida o'z rolini mustahkamladi. 38-chiqarishda har bir ketma-ketlik yozuvi uchun o'rtacha 4,5 o'zaro bog'liqlik mavjud.