Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Boshqa ma'lumotlar bazalari bilan integratsiya
Biomolekulyar ma'lumotlar bazalari foydalanuvchilariga ketma-ketlik bilan bog'liq ma'lumotlar bazalarining uchta turi (nuklein kislotalar ketma-ketligi, oqsil ketma-ketligi va uchinchi darajali oqsil tuzilmalari) o'rtasida integratsiya darajasi bilan ta'minlash, shuningdek, maxsus ma'lumotlar to'plamini taqdim etish muhimdir. O'zaro havolalar SWISS-PROT yozuvlari bilan bog'liq va SWISS-PROTdan boshqa ma'lumotlar to'plamlarida topilgan ma'lumotlarga ko'rsatgichlar shaklida taqdim etiladi. Misol uchun, yuqorida aytib o'tilgan namuna ketma-ketligi, boshqalar qatori, EMBL, PDB, OMIM, Pfam va PROSITE ga ishora qiluvchi DR (Ma'lumotlar banki ma'lumotnomasi) qatorlarini o'z ichiga oladi. Shunday qilib, ushbu maxsus misolda ushbu proteinni (EMBL) kodlaydigan nuklein kislotalar ketma-ketligini, ushbu protein (OMIM) bilan bog'liq bo'lgan genetik kasallik(lar) tavsifini olish mumkin,
Model organizmlar
Biz genomlar ketma-ketligi va/yoki xaritalash loyihalari maqsadi bo'lgan bir qator organizmlarni tanladik va ular uchun:
(i) iloji boricha to'liq bo'lishi;
(ii) yuqori darajadagi izohni taqdim etish;
(iii) boshqa ma'lumotlar bilan bir qatorda ushbu oqsillarni kodlaydigan genlar haqidagi ba'zi genetik ma'lumotlarni o'z ichiga olgan ixtisoslashtirilgan ma'lumotlar bazasiga (lar) o'zaro havolalar berish; va
(iv) maxsus indekslar yoki hujjatlarni taqdim etish.
Hozirda tanlab olingan organizmlar: Arabidopsis thaliana (sichqon-quloq krepi), Bacillus subtilis , Caenorhabditis elegans (chuvalchang), Candida albicans , Dictyostelium discoideum (shilimshiq mog'or), Drosophila melanogaster (meva pashshasi ) , Escherichiapiliaiko'l , Escherichiaiophillia . Homo sapiens (odam), Methanococcus jannaschii , Mus musculus (sichqoncha), Mycobacterium tuberculosis , Mycoplasma genitalium , Saccharomyces cerevisiae (tomurcuklanma xamirturush),Salmonella typhimurium , Schizosaccharomyces pombe (bo'linish xamirturush), Sulfolobus solfataricus va Synechocystis sp. PCC 6803.
Birgalikda bu organizmlar SWISS-PROTdagi ketma-ketlik yozuvlari umumiy sonining ~40% ni tashkil qiladi. Biz hozirda E.coli , B.subtilis , M.jannaschii va xamirturushdan olingan barcha prognoz qilingan oqsillarni SWISS-PROTga integratsiyalashni yakunlashga harakat qilmoqdamiz .