Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

II-Asosiy qism.
2.1. TrEMBL-oqsil ketma-ketliklari bazalari.
TrEMBL protein ketma-ketligi va funktsional ma'lumotlarning erkin foydalanish mumkin bo'lgan ma'lumotlar bazasi bo'lib , ko'plab yozuvlar genom sekvensiyasi loyihalaridan olingan. Unda tadqiqot adabiyotlaridan olingan oqsillarning biologik funksiyasi haqida katta hajmdagi ma’lumotlar mavjud. U bir nechta Yevropa bioinformatika tashkilotlari va Vashington, Kolumbiya okrugi, AQSh fondidan tashkil topgan TrEMBL konsortsiumi tomonidan yuritiladi.
TrEMBL konsorsiumi.
TrEMBL konsorsiumiga Yevropa bioinformatika instituti (EBI), Shveytsariya bioinformatika instituti (SIB) va oqsil axborot resursi (PIR) kiradi. Buyuk Britaniyaning Hinxton shahridagi Wellcome Trust Genome Kampusida joylashgan EBI bioinformatika maʼlumotlar bazalari va xizmatlarining katta resursiga ega. Shveytsariyaning Jeneva shahrida joylashgan SIB proteomika vositalari va ma'lumotlar bazalari uchun markaziy resurs bo'lgan ExPASy (Expert Protein Analysis System) serverlarini qo'llab-quvvatlaydi. Vashingtondagi Jorjtaun universiteti tibbiyot markazida Milliy Biotibbiyot Tadqiqot Jamg'armasi (NBRF) tomonidan o'tkaziladigan PIR eng qadimgi proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi Margaret Dayhoffning vorisi hisoblanadi.Proteinlar ketma-ketligi va tuzilishi atlasi, birinchi marta 1965 yilda nashr etilgan. 2002 yilda EBI, SIB va PIR TrEMBL konsorsiumi sifatida birlashdi. 
TrEMBL ma'lumotlar bazalarining ildizlari.
Har bir konsortsium a'zosi oqsil ma'lumotlar bazasini saqlash va izohlash bilan jiddiy shug'ullanadi. Yaqin vaqtgacha EBI va SIB birgalikda Swiss-Prot va TrEMBL ma'lumotlar bazalarini, PIR esa Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini (PIR-PSD) ishlab chiqargan. Ushbu ma'lumotlar bazalari turli xil protein ketma-ketligi qamrovi va izoh ustuvorliklari bilan birga mavjud edi.
Swiss-Prot 1986 yilda Amos Bairoch tomonidan doktorlik dissertatsiyasini himoya qilgan va Shveytsariya bioinformatika instituti tomonidan ishlab chiqilgan va keyinchalik Yevropa bioinformatika institutida Rolf Apweiler tomonidan ishlab chiqilgan. Swiss-Prot yuqori darajadagi izoh bilan bogʻliq ishonchli oqsil ketma-ketligini taʼminlashga qaratilgan (masalan, oqsil funksiyasining tavsifi, uning domen tuzilishi, translatsiyadan keyingi modifikatsiyalari , variantlari va boshqalar). ortiqchalikning minimal darajasiva boshqa ma'lumotlar bazalari bilan yuqori darajadagi integratsiya. Ketma-ketlik ma'lumotlari Swiss-Prot-ning ushlab turish qobiliyatidan yuqori tezlikda yaratilayotganini tan olgan holda, TrEMBL (Translated EMBL Nukleotid Sequence Data Library) Swiss-Prot-da bo'lmagan oqsillar uchun avtomatlashtirilgan izohlarni taqdim etish uchun yaratildi. Shu bilan birga, PIR PIR-PSD va tegishli ma'lumotlar bazalarini, shu jumladan iProClass, oqsil ketma-ketliklari ma'lumotlar bazasi va tanlangan oilalarni saqladi.