Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

III-bob. Xulosa.
Biologik bilimlarning to'liq va dolzarb ma'lumotlar bazalari axborotga bog'liq biologik va biotexnologik tadqiqotlar uchun juda muhimdir. Ko'pgina organizmlar uchun genom ketma-ketliklarining tez to'planishi bilan ushbu genomlar tomonidan kodlangan oqsillarning identifikatsiyasi va funktsiyasiga e'tibor qaratilmoqda. Proteinlar ketma-ketligi va funktsional ma'lumotlarning ortib borayotgan hajmi va xilma-xilligi bilan UniProt zamonaviy biologik tadqiqotlar, ayniqsa proteomika sohasida faol olimlar uchun asos bo'lib, oqsil ketma-ketligi va funktsiyasining markaziy resursi bo'lib xizmat qiladi. Resurs ishonchli avtomatlashtirilgan izohlash yondashuvlarini adabiyotga asoslangan ekspert qo'llanmasi bilan birlashtirib, boy, izchil va ortiqcha bo'lmagan protein ma'lumotlarini taqdim etadi.
SWISS-PROT bu 1986-yilda tashkil etilgan va Jeneva universiteti Tibbiy biokimyo kafedrasi va EMBL maʼlumotlar kutubxonasi tomonidan 1987-yildan beri hamkorlikda yuritiladigan izohli oqsil ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi. Bu yuqori darajadagi izohni (masalan, oqsil funktsiyasining tavsifi, uning domen tuzilishi, translatsiyadan keyingi modifikatsiyalari va variantlari), ortiqchalikning minimal darajasi va yuqori darajadagi ma'lumotlarni taqdim etishga intiladigan oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. boshqa ma'lumotlar bazalari bilan integratsiya. TrEMBL - bu SWISS-PROTning kompyuter izohli qo'shimchasi bo'lib, u hali SWISS-PROT-ga integratsiyalanmagan EMBL nukleotidlar ketma-ketligi yozuvlarining barcha tarjimalarini o'z ichiga oladi. Hozirda SWISS-PROT va TrEMBL mos ravishda 0,5 va 7,6 million ketma-ketlikka ega.
SWISS-PROT oqsilning nomi va kelib chiqishi, oqsil atributlari, umumiy ma'lumotlar, ontologiyalar, ketma-ketlik annotatsiyasi, aminokislotalar ketma-ketligi, bibliografik havolalar, ketma-ketlik bilan o'zaro havolalar, tuzilish va o'zaro ta'sir ma'lumotlar bazalari va kirish ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Bundan tashqari, u ketma-ket qidiruv tizimi (SRS), to'liq matnli qidiruv, kengaytirilgan qidiruv yoki tavsif yoki identifikatsiya raqami bo'yicha bir nechta qidiruv imkoniyatlariga ega.
Bioinformatikada ma'lumotlar to'plamini ishlab chiqish har qanday tahlil yoki bashorat uchun asosiy rol o'ynaydi. SWISSPROT yordamida aminokislotalar ketma-ketligining ma'lumotlar to'plamini osongina ishlab chiqish mumkin. UniProtKB-da "transkripsiya omillari" kalit so'zi bilan qidirish SWISS-PROT va TrEMBL-da saqlangan barcha tegishli yozuvlarni ko'rsatadi.