Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Qo'shimcha ma'lumotlar bazalari
PIR-International keng qamrovli, aniq va izchil bo'lgan oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini yaratishga qaratilgan sa'y-harakatlari doirasida bir qator qo'shimcha ketma-ketliklar va izohlar ma'lumotlar bazalarini ishlab chiqaradi. RESID - bu proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida xususiyatlar sifatida izohlangan o'zgartirilgan aminokislotalar qoldiqlarining PIR ma'lumotlar bazasi. PIR-ALN - bu PIR xodimlari tomonidan ishlab chiqarilgan va tuzatilgan oqsil ketma-ketliklarining hizalanishlari ma'lumotlar bazasi. RESID va PIR-ALN ma'lumotlar bazalari ushbu nashrda alohida tasvirlangan.
NRL_3D ma'lumotlar bazasi PIR tomonidan uch o'lchovli tuzilmalarning Protein ma'lumotlar bankidan (PDB) olingan ketma-ketlik va izoh ma'lumotlaridan ishlab chiqariladi . Ushbu ma'lumotlar bazasi PDB ketma-ketligi ma'lumotlarini qidirish va qidirish uchun mavjud qiladi va PIR-Xalqaro oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi bilan foydalanish uchun o'zaro mos yozuvlar ma'lumotlarini taqdim etadi.
ASTADB ma'lumotlar bazasi MIPS tomonidan PIR-International Protein Sequence Ma'lumotlar bazasining haftalik yangilanishidan ishlab chiqariladi. Unda ma'lumotlar bazasidagi barcha boshqa ketma-ketliklar bilan har bir ma'lumotlar bazasiga kirish uchun FastA ballari mavjud. PIR-International tasniflash va izohlash uchun ketma-ketlik munosabatlarini aniqlash uchun FASTADB dan foydalanadi. FASTADB-dagi yozuvlarni MIPS veb-saytida ko'rish mumkin; FASTADB ro'yxatidagi tegishli ketma-ketliklar bilan yozuvning individual tekislashlari ham ko'rsatilishi mumkin.
PATCHX ma'lumotlar bazasi MIPS tomonidan boshqa ommaviy domenlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari to'plamidan yig'iladi va PIR-Xalqaro oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan bir xil bo'lmagan yoki ular tarkibida mavjud bo'lmagan oqsil ketma-ketliklarini o'z ichiga oladi. Ortiqchalikni kamaytirish uchun ma'lum ketma-ketliklar PATCHX dan chiqarib tashlanadi: shubhali ketma-ketliklar, masalan, PIR4 da; PIR-International tomonidan allaqachon qayta ishlangan ketma-ketliklar; PIR ma'lumotlar bazasi yozuviga juda yuqori homologiyaga ega ketma-ketliklar; va juda qisqa ketma-ketliklar. PATCHX PIR-Xalqaro ma'lumotlar bazasi bilan birgalikda foydalanilganda, ular hozirda ommaviy domenda mavjud bo'lgan protein ketma-ketligi ma'lumotlarining eng keng qamrovli to'plamini taqdim etadi. PATCHX FTP orqali va CD-ROMda mavjud.