Kurs ishi mavzu: Oqsil ketma-ketliklari bazalari (swiss-prot)

Boshqa ma'lumotlar bazalariga havolalar
PIR-International ko'plab boshqa ma'lumotlar bazalariga, jumladan asosiy nukleotidlar ketma-ketligi, oqsil tuzilishi, mos yozuvlar va oqsillar oilasi ma'lumotlar bazalariga bir vaqtning o'zida o'zaro havolalar va havolalarni saqlaydi. 2-jadvalda Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida hozirda foydalaniladigan ma'lumotlar bazasi identifikatorlari ro'yxati keltirilgan. 2-jadvaldagi identifikatorlar PIR veb-saytida tegishli ma'lumotlar bazasiga gipermatn havolalari sifatida ko'rinadi.
GenBank/EMBL/DDBJ ma'lumotlar bazalari, shuningdek, turli xil genomlarni sekvensiyalash markazlari ma'lumotlari asosiy ma'lumotlarning manbalari hisoblanadi. Ushbu ma'lumotlar bazalaridan olingan yozuvlar, agar mavjud bo'lsa, Medline noyob identifikatorini (MUID) o'z ichiga olgan nashrga iqtibos bilan Protein Sequence Ma'lumotlar bazasida taqdim etiladi. Oʻzaro havolalar orasida GenBank/EMBL/DDBJ kirish raqamlari, nuklein kislota identifikatorlari (NID) va oqsil identifikatorlari (PID) mavjud. Protein identifikatorlari faqat PIRdagi tarjima o'zaro havola qilingan ma'lumotlar bazasidagi tarjimaga mos keladigan bo'lsa, o'zaro havolalarga kiritiladi. Nashrlardan olingan yozuvlar ma'lumotlar bazasiga taqdim etilgan tarjimalarga mos kelmasa yoki ma'lumotlar bazasiga kiritilgan yozuvlar o'zgartirilganda nomuvofiqliklar paydo bo'lishi mumkin. Ushbu holatlar yozuvda izohlangan.
PIR genom ma'lumotlar bazalari bilan birgalikda standartlashtirilgan gen nomlari, belgilar va xarita pozitsiyalarini o'z ichiga olgan genetik ma'lumotlarga o'zaro havolalarni o'z ichiga oladi va saqlaydi. PIR Protein ma'lumotlar bankidagi ma'lumotlardan asosan izohlash uchun foydalanadi. Biroq, PDBda koordinata ma'lumotlari bilan paydo bo'ladigan va boshqa joyda nashr etilmagan tabiiy kelib chiqishi ketma-ketliklari PDB kodiga o'zaro havolalar bilan kiritilgan. NRL_3D va PIR-dan PDB-ga havolalar oqsil ketma-ketligi va ularning tuzilmalari o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikni ta'minlaydi. ProClass Protein Oilaviy ma'lumotlar bazasi bu PIR va Shveytsariya-Prot ketma-ketligi yozuvlarini PIR superfamiliyalari va PROSITE naqshlari bilan birgalikda aniqlangan global (superfamily) va mahalliy (domen) oilaviy munosabatlariga muvofiq tashkil qiluvchi ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasi. Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan ProClass-ga havolalar boshqa oqsillar oilasi, oilaning uyg'unligi va strukturaviy sinf ma'lumotlar bazalariga o'zaro havolalar beradi.