Поиск псевдогенов — основывается на существующих ab initio методах и методах сравнительной геномики с добавлением специальных фильтров. Пример такого фильтра — детектор потери функции, который ищет нонсенс мутации и сдвиги рамки считывания, нарушающие экспрессию функциональной последовательности ДНК. Также применяется фильтрация ДНК по разнице в статистических параметрах между генами и псевдогенами, как например меньшее число CpG-островков в псевдогенах. Некоторые искатели генов детектируют такие сигналы, как отсутствие интронов и поли(А)-хвостов. Для поиска псевдогенов в прокариотах применяется программа Psi-Fi (Ψ-Φ). Метагеномные программы делятся на те, что используют принципы ab initio (программа GLIMMER-MG) или сравнительную геномику (программа MEGAN5). GLIMMER-MG — расширение GLIMMER, полагающееся в основном на подходе ab initio и использующее обучающую выборку из родственных организмов. Стратегия предсказания улучшена за счёт кластеризации генных данных по видам перед предсказанием. Кластеризация основана на техниках метагеномной филогенетической классификации. Примеры программ для кластеризации — Phym с интерполированными марковскими моделями и PhymmBL, пользующийся BLAST. В основе MEGAN5 лежат методы сравнительной геномики. В этой программе применяется локальное выравнивание против базы известных последовательностей, но также и реализована классификация с использованием дополнительной информации о функции генов.
Do'stlaringiz bilan baham: |
