Mavzu: Nukleotid ketma-ketliklar ma’lumotlar bazasi ddbj-ma’lumotlar bazasi (yaponiya). Ddbj

Mavzu: Nukleotid ketma-ketliklar ma’lumotlar bazasi

DDBJ-MA’LUMOTLAR BAZASI (YAPONIYA).
DDBJ (DNA Data Bank Japan) -Yaponiya DNK ma’lumotlar bazasi bo’lib, turli genlar va organizmlar bilan bog’liq nukleotid ketma-ketliklar haqida ma’lumotga ega bo’lgan elektron resurslar bazasidir (1-rasm). DDBJ markazi INSDC a’zosi sifatida nukleotid natija ma’lumotlarini to’playdi (xalqaro nukleotid natija bazasi hamkorligida).


1-rasm. DDBJ ma’lumotlar bazasi oynasining umumiy ko’rinishi.
DDBJ ma’lumotlar bazasinig tashkillashtirilishi:

• 
  1980 EMBL ma’lumotlar kutubxonasi tashkil etildi, va Yaponiyaga nukleotid natija ma’lumotlar banki uchun xalqaro hamkorlikni so’radi.
  
• 
  1982 EMBL va GenBank xalqaro hamkorlikni boshladi, va ularning ma’lumotlar banki ishtirok etish uchun Yaponiya taklif.
  
• 
  1983 xalqaro ma’lumotlar banki uchun hissa qo’shish maqsadida nukleotid ma’lumotlarini to’plash, baholash va sinov ma’lumotlarini yuklash boshlandi.
  
• 
  1984 NIG; Genetika Milliy instituti universitetlararo ilmiy-tadqiqot instituti sifatida qayta tashkil etildi. DDBJ NIG da ishlay boshladi.
  
• 
  1986 DNK bazasi maslahat qo’mitasi tashkil.
  
• 
  1987 DDBJ mustaqil bo’ldi. Ushbu bilan biz bu yilni DDBJ operatsiyasining rasmiy boshlanishi deb hisoblaymiz.
  
• 
  1995 DDBJning yanada samarali faoliyat uchun, CIB; axborot Biologiya markazi NIG tashkil etildi.
  
• 
  2001 CIB, CIB-DDBJ sifatida qayta tashkil etildi; Yaponiya axborot Biologiya va DNK ma’lumotlar banki markazi bo’ldi.
  
• 
  2005 DDBJ, EMBL, GenBank o’zaro hamkorlikni kuchaytirish maqsadida kelishib yagona Xalqaro nukleotid ketma-ketlik ma’lumotlar bazasi-INSDC ni tashkil qilishdi.
  
• 
  2009 DDBJ fakulteti xodimlari xizmati bilan DBCLS va DDBJ hamkorlik yanada kuchaygan.
  

DDBJ bazasining molekulalar yuzasidan boshqa ma’lumotlar bazasi bilan a’loqada bo’ladi:

DNK ma’lumotlar bazasi:	DDBJ / EMBL / GenBank MGA
Proteinlar bazasi:	UniProt PDB DAD Patent

U quyidagi xizmatlarni taqdim etadi:

Nukleotidlarning ketma-ketligi bo’yicha xalqaro ma’lumotlar bazasini yaratish uchun hamkorlik doirasi.

1980-yillarning boshidan boshlab DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma’lumotlar bazalaridan biri sifatida, shu jumladan Evropada EMBL-Bank / EBI va AQShda GenBank / NCBI boshqa ikki a’zosi sifatida faoliyat ko’rsatmoqda.

2005 yilda DDBJ, EMBL-Bank va GenBank o’zaro hamkorlikni INSDC deb atashni kelishdilar.



INSDC a’zolari

Ma’lumot turi	DDBJ markazi	EMBL-EBI	NCBI
Keyingi avlod o’qiydi	Davrani o’qish arxivi	Evropa nukleotidlari arxivi (ENA)	Davrani o’qish arxivi
Davrani o’qish arxivi	Izlar arxivi		Izlar arxivi
Izohlanmagan ketma-ketlik	DDBJ		GenBank
Namunalar	BioSample		BioSample
Tadqiqotlar	BioProject		BioProject

DDBJ, EMBL va GenBank tomonidan birgalikda boshqariladigan xalqaro ketma-ketlik ma’lumotlar bazalariga ma’lumotlarni taqdim etgan shaxslar quyidagilarni bilishlari kerak:

INSD o’zlarining ma’lumotlar bazalarida mavjud bo’lgan barcha yozuvlarga bepul va cheklovsiz kirishning yagona siyosatiga ega. Dunyo miqyosidagi olimlar ushbu yozuvlarga eksperimentlarni rejalashtirish yoki har qanday tahlil yoki tanqidlarni nashr qilish uchun kirishlari mumkin. Ilmiy nashrlarni chop etayotgan ilmiy adabiyotlardan foydalangan holda, ilmiy izlanishlar asl nusxasini keltirish orqali mos keladi.

INSD ma’lumotlarga kirishni cheklaydigan, ushbu yozuvlardagi ma’lumotlardan foydalanishni cheklaydigan yoki ushbu yozuvlar asosida nashrlarning ayrim turlarini taqiqlaydigan yozuvlarga bayonnomalarni biriktirmaydi. Xususan, foydalanish bo’yicha cheklovlar yoki litsenziyalash talablari biron-bir ketma-ketlik ma’lumotlari yozuvlariga kiritilmaydi va biron bir tomon tomonidan ma’lumotlar bazasini qayta taqsimlash yoki undan foydalanishda cheklovlar yoki litsenziyalash to’lovlari bo’lmaydi.

INSD-ga taqdim etilgan barcha ma’lumotlar bazalari yozuvlari ilmiy yozuvlar tarkibiga kiradigan kirish bo’lib qoladi. Xatolarni tuzatish va mualliflar tomonidan yozuvlarning yangilanishi qabul qilinadi va noto’g’ri yozuvlar bazaning keyingi chiqarilishidan olib tashlanishi mumkin, ammo barchasi kirish raqami orqali doimiy ravishda saqlanib qoladi.

Taqdim etuvchilarga INSD tomonidan qo’llab-quvvatlanadigan veb-saytlarda aks ettirilgan ma’lumotlar keng jamoatchilikka oshkor qilinishi tavsiya etiladi. Ma’lumotni topshirish huquqiga ega ekanliklarini aniqlash uchun yuboruvchilar javobgar.

Cheklangan tahririyat nazorati va ba’zi ichki yaxlitlik tekshiruvlaridan tashqari (masalan, INSD formatlaridan to’g’ri foydalanish va CDS yozuvlarida ko’rsatilgan kodlash hududlarining tarjimasi tekshirilgan), yozuvning sifati va aniqligi ma’lumotlar bazasi emas, balki taqdim etuvchi muallifning zimmasidadir. Ma’lumotlar bazalari iloji boricha sifatli manbaga erishish uchun ma’lumotlar bazasi taqdim etuvchilari va foydalanuvchilari bilan ishlaydi.

DDBJ markazi rasman tadqiqotchilar nukleotid ketliklar to’plash va ma’lumotlar jamlash halqaro uchun tasdiqlangan. DDBJ markazi har kuni ENA/EBI va NCBI bilan chiqarilgan ma’lumotlarni almashtirganligi sababli, uchta ma’lumot markazi har qanday vaqtda deyarli bir xil ma’lumotlarni almashadi. Deyarli yagona ma’lumotlar bazasi INSD deb ataladi. DDBJ asosan yapon tadqiqotchilari tomonidan natija ma’lumotlarni to’playdi, Yapon tadqiqotchilarining INSD ma’lumotlarining 99% DDBJ orqali taqdim etiladi.

Patent arizalariga tegishli nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligi ma’lumotlarini taqdim etish:

INSD Yaponiya, Koreya, Evropa va AQShda Patent idoralari tomonidan to’plangan patent (mualliflik ixtirolar) ilovalar bilan bog’liq nukleotid natija ma’lumotlarni o’z ichiga oladi. DDBJ markazi, shuningdek, Yaponiya va Koreyada patent idoralari tomonidan to’plangan patent ilovalar bilan bog’liq aminokislotalar natija ma’lumotlarni beradi.

EMBL-TADQIQOT MARKAZI VA MA’LUMOTLAR BAZASI (YEVROPA).