Molekulyar filogenetika

OITSning kelib chiqishi
Olingan immunitet tanqisligi sindromi ( OITS ) global epidemiyasi har bir insonning hayotiga ta'sir qildi. OITSga inson immunitet tanqisligi virusi 1 ( OIV -1), retrovirus sabab bo'ladi ( 2.4.2-bo'lim ).) immun javobda ishtirok etuvchi hujayralarni yuqtiruvchi. 1980-yillarning boshlarida OIV-1 ning OITS uchun mas'ul ekanligi namoyish etilgandan so'ng kasallikning kelib chiqishi haqidagi taxminlar tez orada paydo bo'ldi. Spekülasyonlar shu kabi immunitet tanqisligi viruslari shimpanze, sootsimon mangabey, mandrill va turli maymunlar kabi primatlarda mavjudligi haqidagi kashfiyotga qaratilgan. Ushbu simian immunitet tanqisligi viruslari (SIV) o'zlarining oddiy xostlarida patogen emas, lekin agar odam odamlarga o'tgan bo'lsa, bu yangi tur ichida virus yangi xususiyatlarga ega bo'lishi mumkin, masalan, kasallik keltirib chiqarish va tez tarqalish qobiliyati. aholi orqali.
Retrovirus genomlari mutatsiyalarni nisbatan tez to'playdi, chunki teskari transkriptaza, virus zarrasi tarkibidagi RNK genomini xost genomiga integratsiyalashgan DNK versiyasiga ko'chiradigan ferment ( 2.4.2-bo'limga qarang ) samarali tekshirish faoliyatiga ega emas ( 13.2.2-bo'lim ). ) va shuning uchun u RNKga bog'liq DNK sintezini amalga oshirganda xatolikka yo'l qo'yadi. Bu shuni anglatadiki, molekulyar soat retroviruslarda tez ishlaydi va yaqinda ajralib chiqqan genomlar filogenetik tahlilni o'tkazish uchun etarli darajada nukleotid o'xshashligini namoyish etadi. Bizni qiziqtirgan evolyutsiya davri 100 yildan kam bo'lsa ham, OIV va SIVgenomlar filogenetik tahlil orqali ularning munosabatlarini aniqlash uchun etarli ma'lumotlarni o'z ichiga oladi.
Ushbu filogenetik tahlilning boshlang'ich nuqtasi virus zarralaridan olingan RNKdir . Shuning uchun RT-PCR ( 4.4 Texnik eslatmaga qarang ) RNKni DNK nusxasiga aylantirish va keyin nukleotidlar ketma-ketligi uchun etarli miqdorni olish uchun DNKni kuchaytirish uchun ishlatiladi. Virus DNK ketma-ketligi o'rtasidagi taqqoslash 16.15-rasmda ko'rsatilgan qayta qurilgan daraxtga olib keldi ( Leitner va boshqalar , 1996 ; Wain-Hobson, 1998 ). Bu daraxt bir qator qiziqarli xususiyatlarga ega. Birinchidan, bu OIVning turli namunalarini ko'rsatadi-1 bir oz boshqacha ketma-ketlikka ega, namunalar umuman ildizi yo'q daraxtning bir uchidan tarqaladigan deyarli yulduzga o'xshash zich klasterni hosil qiladi. Bu yulduzga o'xshash topologiya global OITS epidemiyasi juda oz sonli viruslar bilan boshlanganini anglatadi, ehtimol faqat bitta bo'lib, ular odamlar populyatsiyasiga kirganidan beri tarqalib, diversifikatsiyalangan. Primatlar orasida OIV-1 ga eng yaqin qarindoshi SIV hisoblanadishimpanzelar, bu virus shimpanzelar va odamlar o'rtasidagi turlar to'sig'idan sakrab o'tib, OITS epidemiyasini qo'zg'atdi. Biroq, bu epidemiya darhol boshlanmadi: nisbatan uzoq to'xtovsiz tarmoq OIV-1 nurlanishining markazini tegishli SIV ketma-ketligiga olib keladigan ichki tugun bilan bog'laydi, bu esa odamlarga o'tgandan so'ng, OIV-1 yashirin davrdan o'tganligini ko'rsatadi. Dunyoning boshqa qismlariga tez tarqalishini boshlashdan oldin, dunyo aholisining kichik bir qismi, ehtimol Afrikada cheklangan bo'lib qoldi. Boshqa primat SIVlar OIV-1 bilan kamroq bog'liq, ammo bittasi, sooty mangabeydan olingan SIV, ikkinchi odamning immunitet tanqisligi virusi OIV-2 bilan daraxtda to'plangan. Ko'rinib turibdiki, OIV-2 OIV-1 dan mustaqil ravishda inson populyatsiyasiga o'tgan, va boshqa simian xostidan. OIV-2 ham OITSni keltirib chiqarishi mumkin, ammo hozircha global epidemiyaga aylanmagan.