Molekulyar filogenetika

DNK -DNK gibridizatsiyasi ma'lumotlari taqqoslanayotgan ikki organizmning DNK namunalarini gibridlash orqali olinadi. DNK namunalari denatüratsiya qilinadi va gibrid molekulalar hosil bo'lishi uchun bir-biriga aralashtiriladi. Ushbu gibrid molekulalarning barqarorligi ikki DNKning nukleotidlar ketma-ketligi o'rtasidagi o'xshashlik darajasiga bog'liq va erish haroratini aniqlash orqali o'lchanadi (qarang.5.8-rasm), barqaror gibrid kamroq barqarorga qaraganda yuqori erish haroratiga ega. Turli juft organizmlarning DNKlari bilan olingan erish haroratlari filogenetik tahlilda ishlatiladigan ma'lumotlarni beradi.

1960-yillarning oxiriga kelib, bu bilvosita usullar ko'payib borayotgan oqsillar ketma-ketligini o'rganish bilan to'ldirildi (masalan , Fitch va Margoliash, 1967 ) va 1980-yillarda DNKga asoslangan filogenetika keng miqyosda amalga oshirila boshlandi. Proteinlar ketma-ketligi bugungi kunda ham ba'zi kontekstlarda qo'llaniladi, ammo DNK hozirgacha eng asosiy molekulaga aylandi. Buning sababi, asosan, DNK oqsilga qaraganda ko'proq filogenetik ma'lumot beradi, bir juft homolog genlarning nukleotidlar ketma-ketligi mos keladigan oqsillarning aminokislotalar ketma-ketligiga qaraganda yuqori ma'lumotga ega, chunki sinonim bo'lmagan o'zgarishlarga olib keladigan mutatsiyalar DNK ketma-ketligini o'zgartiradi, lekin aminokislotalar ketma-ketligiga ta'sir qilmaydi ( 16.2-rasm). To'liq yangi ma'lumotni DNK ketma-ketligini tahlil qilish orqali ham olish mumkin, chunki genomning kodlash va kodlanmagan hududlaridagi o'zgaruvchanlikni tekshirish mumkin. Ketma-ket tahlil qilish uchun DNK namunalarini PCR yordamida tayyorlash osonligi ( 4.3-bo'lim ) zamonaviy molekulyar filogenetikada DNK ustunligining yana bir asosiy sababidir.

16.2-rasm
DNK oqsilga qaraganda ko'proq filogenetik ma'lumot beradi. Ikki DNK ketma-ketligi uchta pozitsiyada farq qiladi, ammo aminokislotalar ketma-ketligi faqat bitta pozitsiyada farqlanadi. Ushbu pozitsiyalar yashil nuqta bilan ko'rsatilgan. Shunday qilib, nukleotidlarning ikkitasi (batafsil...)
DNK ketma-ketligi bilan bir qatorda molekulyar filogenetika ham RFLP, SSLP va SNP kabi DNK belgilaridan foydalanadi ( 5.2.2-bo'lim ), xususan, tarixdan oldingi odamlarning migratsiyasini tushunishga qaratilganlar kabi tur ichidagi tadqiqotlar uchun ( 16.3.2-bo'lim ). Keyinchalik ushbu bobda biz molekulyar filogenetikada DNK ketma-ketligi va DNK markerlaridan foydalanishning turli misollarini ko'rib chiqamiz, lekin birinchi navbatda biz genom tadqiqotining ushbu sohasida qo'llaniladigan metodologiyani batafsilroq o'rganishimiz kerak.