Molekulyar filogenetika

16.2. DNK asosidagi filogenetik daraxtlarni qayta tiklash
Ko'pgina filogenetik tadqiqotlarning maqsadi o'rganilayotgan organizmlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni tavsiflovchi daraxtga o'xshash naqshni qayta qurishdir. Buni amalga oshirish metodologiyasini ko'rib chiqishdan oldin, filogenetik tahlilda qo'llaniladigan asosiy terminologiya bilan tanishish uchun birinchi navbatda odatdagi daraxtni diqqat bilan ko'rib chiqishimiz kerak.
16.2.1. DNK asosidagi filogenetik daraxtlarning asosiy xususiyatlari
Odatda filogenetik daraxt 16.3A-rasmda ko'rsatilgan . Bu daraxt har qanday turdagi qiyosiy ma'lumotlardan qayta tiklangan bo'lishi mumkin edi, lekin biz DNK ketma-ketligi bilan qiziqqanimiz sababli, daraxt A , B , C va D deb nomlangan to'rtta gomologik gen o'rtasidagi munosabatlarni ko'rsatadi deb taxmin qilamiz . Ushbu daraxt topologiyasi to'rtta tashqi tugunni o'z ichiga oladi , ularning har biri biz taqqoslagan to'rtta gendan birini va ajdodlar genlarini ifodalovchi ikkita ichki tugunni o'z ichiga oladi. Filiallarning uzunligitugunlar bilan ifodalangan genlar orasidagi farq darajasini ko'rsating. Farq darajasi 16.2.2-bo'limda ta'riflanganidek, ketma-ketliklar solishtirilganda hisoblanadi .

16.3-rasm
Filogenetik daraxtlar. (A) To'rtta tashqi tugunli ildizsiz daraxt. (B) A qismida ko'rsatilgan ildizsiz daraxtdan olinishi mumkin bo'lgan beshta ildizli daraxt. Ildizlarning joylashuvi ildizsiz daraxtning konturidagi raqamlar bilan ko'rsatilgan.
16.3A -rasmdagi daraxt ildizi yo'q , ya'ni u faqat A , B , C va D o'rtasidagi munosabatlarning tasviri va bu genlarni keltirib chiqargan evolyutsion hodisalar qatori haqida hech narsa aytmaydi. 16.3B-rasmda ko'rsatilganidek, har biri boshqa ildizli daraxt bilan tasvirlangan besh xil evolyutsiya yo'llari mumkin . Ularni farqlash uchun filogenetik tahlil kamida bitta tashqi guruhni o'z ichiga olishi kerak , bu biz bilgan gomologik gen bo'lib, A , B , C va D bilan kamroq bog'liq.Bu to'rtta gen bir-biriga nisbatan. Tashqi guruh daraxtning ildizini aniqlashga va to'g'ri evolyutsiya yo'lini aniqlashga imkon beradi. Tashqi guruhni tanlashda qo'llaniladigan mezonlar ko'p jihatdan o'tkazilayotgan tahlil turiga bog'liq. Misol tariqasida aytaylik, daraxtimizdagi to'rtta homolog gen inson, shimpanze, gorilla va orangutandan keladi. Keyin biz boshqa primatning gomologik genini, masalan, paleontologik dalillardan ma'lumki, odamlar, shimpanzelar, gorillalar va orangutanlarni o'sha to'rt turning umumiy ajdodi davridan oldin tarvaqaylab ketganligini bilamiz. ( 16.4-rasm ).

16.4-rasm
Filogenetik daraxtni ildiz qilish uchun tashqi guruhdan foydalanish. Inson, shimpanze, gorilla va orangutan genlari daraxti babun geni bilan ildiz otgan, chunki biz qazilma qoldiqlaridan babunlar primat nasldan ajralish davrigacha (batafsil...)
Biz filogenetik tahlil orqali olingan ildizli daraxtga xulosa qilingan daraxt sifatida murojaat qilamiz . Bu shuni ta'kidlash kerakki, u tahlil qilingan ma'lumotlardan kelib chiqadigan evolyutsion hodisalar qatorini tasvirlaydi va ular haqiqiy daraxt bilan bir xil bo'lmasligi mumkin , bu sodir bo'lgan voqealarning haqiqiy qatorini tasvirlaydi. Ba'zan biz taxmin qilingan daraxt haqiqiy daraxt ekanligiga ishonchimiz komil bo'lishi mumkin, ammo ko'pchilik filogenetik ma'lumotlarni tahlil qilish noaniqliklarga moyil bo'lib, natijada taxmin qilingan daraxt ba'zi jihatlari bo'yicha haqiqiy daraxtdan farq qilishi mumkin. 16.2.2 - bo'limdabiz xulosa qilingan daraxtdagi shoxlanish naqshiga ishonch darajalarini belgilashda qo'llaniladigan turli usullarni ko'rib chiqamiz va keyinroq bobda filogenetik tahlilning noaniq tabiati natijasida yuzaga kelgan ba'zi bir qarama-qarshiliklarni ko'rib chiqamiz.