Molekulyar filogenetika

Daraxtlarni rekonstruksiya qilish uchun ketma-ketlikni moslashtirish muhim dastlabki bosqichdir
DNK asosidagi filogenetik daraxtni rekonstruksiya qilishda foydalaniladigan ma'lumotlar nukleotidlar ketma-ketligini solishtirish orqali olinadi. Ushbu taqqoslashlar ketma-ketliklarni tekislash yo'li bilan amalga oshiriladi, shunda nukleotidlar farqlari aniqlanadi. Bu butun korxonaning muhim qismidir, chunki agar tekislash noto'g'ri bo'lsa, natijada paydo bo'lgan daraxt, albatta, haqiqiy daraxt bo'lmaydi.
Ko'rib chiqilishi kerak bo'lgan birinchi masala - hizalanayotgan ketma-ketliklar homologmi yoki yo'qmi. Agar ular homolog bo'lsa, ular, ta'rifiga ko'ra, umumiy ajdodlar ketma-ketligidan kelib chiqishi kerak ( 7.2.1-bo'lim ) va shuning uchun filogenetik o'rganish uchun asosli asos mavjud. Agar ular homolog bo'lmasa, ular umumiy ajdodga ega emaslar. Filogenetik tahlil umumiy ajdodni topadi, chunki daraxtlarni qayta tiklash uchun ishlatiladigan usullar, ma'lumotlar butunlay noto'g'ri bo'lsa ham, har doim qandaydir tavsifdagi daraxtni hosil qiladi, ammo natijada olingan daraxt biologik ahamiyatga ega bo'lmaydi. Bir oz DNK bilanketma-ketliklar - masalan, turli umurtqali hayvonlarning b-globin genlari - taqqoslanayotgan ketma-ketliklarning gomologik ekanligiga ishonch hosil qilish qiyin emas, lekin bu har doim ham shunday emas va filogenetik tahlil paytida yuzaga keladigan eng keng tarqalgan xatolardan biri. gomologik bo'lmagan ketma-ketlikning tasodifiy kiritilishi.
Ikki DNK ketma-ketligi haqiqatan ham homolog ekanligi aniqlangandan so'ng , keyingi qadam gomologik nukleotidlarni taqqoslash uchun ketma-ketliklarni tekislashdir. Ba'zi ketma-ketliklar juftligi bilan bu arzimas mashqdir ( 16.8A-rasm ), lekin ketma-ketliklar nisbatan o'xshash bo'lmasa va/yoki qo'shish va o'chirishlar, shuningdek nuqta mutatsiyalari to'planishi bilan ajralib ketgan bo'lsa, bu unchalik oson emas. Juft ketma-ketliklarni solishtirganda qo'shish va o'chirishni farqlab bo'lmaydi, shuning uchun biz ularni indel deb ataymiz . Indellarni to'g'ri joylariga joylashtirish ko'pincha ketma-ketlikni tekislashning eng qiyin qismidir ( 16.8-rasm ).