Molekulyar filogenetika

16.6-rasm
Mutatsiya turlanishdan oldin sodir bo'lishi mumkin va molekulyar soat ishlatilsa, turlanish hodisasi uchun noto'g'ri vaqtni beradi. Tafsilotlar uchun matnga qarang. Li (1997) asosida.

16.3-band
Populyatsiyadagi genlar. Alohida organizmlarning reproduktiv hujayralarida yuzaga keladigan mutatsiyalar tufayli populyatsiyada yangi allellar va haplotiplar paydo bo'ladi. Bu shuni anglatadiki, ko'plab genlar polimorf, ikki yoki undan ortiq allellar populyatsiyada mavjud (batafsil...)
Ushbu mulohazalar daraxtlarning gen va turlarning ekvivalentligiga qanday ta'sir qiladi? Turli xil ta'sirlar mavjud, ulardan ikkitasi quyidagilar:

• 
  Agar molekulyar soat ( 16.2.2-bo'lim ) genlarning ajralib chiqishi sodir bo'lgan vaqtni sanash uchun ishlatilsa, u holda bu turlanish hodisasining vaqti deb taxmin qilish mumkin emas. Agar sana ko'rsatilgan tugun qadimiy bo'lsa, aytaylik, 50 million yoki undan ko'proq yil oldin bo'lsa, unda xato sezilmasligi mumkin. Ammo agar primatlar taqqoslanayotganda bo'lgani kabi, spetsifikatsiya hodisasi yaqinda sodir bo'lgan bo'lsa, genlarning ajralib chiqish sanasi spetsifikatsiya hodisasidan sezilarli darajada farq qilishi mumkin.
  
• 
  Agar birinchi spetsifikatsiya hodisasidan so‘ng hosil bo‘lgan ikkita populyatsiyadan birida ikkinchi turlanish hodisasi tezda sodir bo‘lsa, gen daraxtining shoxlanish tartibi tur daraxtinikidan farq qilishi mumkin. Agar zamonaviy turdagi genlar ikkita turlanish hodisasining birinchisidan oldin paydo bo'lgan allellardan olingan bo'lsa, bu sodir bo'lishi mumkin.16.7-rasm.
  

16.7-rasm
Gen daraxti tur daraxtidan boshqacha shoxlanish tartibiga ega bo'lishi mumkin. Bu misolda gen ajdodlar turida ikkita mutatsiyaga uchradi, birinchi mutatsiya “ko‘k” allelni, ikkinchisi esa “yashil”ni (batafsil...)
16.2.2. Daraxtlarni qayta qurish
Ushbu bo'limda biz protseduraning to'rt bosqichiga e'tibor qaratgan holda, DNK ketma-ketligi bilan daraxtni qayta qurish qanday amalga oshirilishini ko'rib chiqamiz :

• 
  DNK ketma-ketligini tekislash va daraxtni qayta qurish uchun ishlatiladigan qiyosiy ma'lumotlarni olish;
  
• 
  Qiyosiy ma'lumotlarni qayta qurilgan daraxtga aylantirish;
  
• 
  Qayta tiklangan daraxtning to'g'riligini baholash;
  
• 
  Daraxt ichidagi filial nuqtalariga sanalarni belgilash uchun molekulyar soatdan foydalanish.