Molekulyar filogenetika

16.8-rasm
Ketma-ketlikni tekislash. (A) Ikki xil ketma-ketlikni ko'z bilan osongina tekislash mumkin. (B) Indel uchun to'g'ri pozitsiyani aniqlash mumkin bo'lmagan murakkabroq tekislash. Indel joylashtirishda xatolar bo'lsa (batafsil...)
Ba'zi ketma-ketlik juftlari ko'z bilan ishonchli tarzda hizalanishi mumkin. Murakkab juftliklar uchun nuqta matritsa usuli bilan tekislash mumkin ( 16.9-rasm ). Ikkala ketma-ketlik grafikning x va y o'qlariga yoziladi va ikkita ketma-ketlikdagi bir xil nukleotidlarga mos keladigan joylarda nuqtalar grafik qog'ozning kvadratlariga qo'yiladi. Hizalama nukleotidlar farqiga ega bo'lgan bo'sh kvadratchalar bilan ajratilgan diagonal qator nuqtalar bilan ko'rsatilgan va indellar paydo bo'lgan joylarda bir ustundan ikkinchisiga siljiydi.

16.9-rasm
Ketma-ketlikni tekislash uchun nuqta matritsasi texnikasi. To'g'ri hizalanish ajralib turadi, chunki u uzluksiz nuqta diagonalini hosil qiladi, nuqta mutatsiyalarida buziladi va indellarda boshqa diagonalga o'tadi.
Ketma-ketlikni moslashtirish uchun yanada qat'iy matematik yondashuvlar ham ishlab chiqilgan. Ulardan birinchisi o'xshashlik yondashuvi ( Needleman and Wunsch, 1970 ), bu ikkita ketma-ketlikda bir xil bo'lgan mos keladigan nukleotidlar sonini maksimal darajada oshirishga qaratilgan. Bir-birini to'ldiruvchi yondashuv masofaviy usuldir ( Woterman va boshqalar , 1976 ), uning maqsadi nomuvofiqliklar sonini kamaytirishdir. Ko'pincha ikkita protsedura bir xil moslashuvni eng yaxshi deb aniqlaydi.
Odatda taqqoslash ikkitadan ko'proq ketma-ketlikni o'z ichiga oladi, ya'ni bir nechta tekislash talab qilinadi. Bu kamdan-kam hollarda qalam va qog'oz bilan samarali bajarilishi mumkin, shuning uchun filogenetik tahlilning barcha bosqichlarida kompyuter dasturidan foydalaniladi. Bir nechta hizalamalar uchun Clustal ko'pincha eng mashhur tanlovdir ( Jeanmougin va boshqalar , 1998 ). Filogenetik tahlil uchun Clustal va boshqa dasturiy ta'minot paketlari 16.1 Texnik eslatmada tasvirlangan .

16.1-band
Filogenetik tahlil. Filogenetik daraxtlarni qurish uchun dasturiy ta'minot. Bir nechta DNK ketma-ketliklari to'liq qo'lda filogenetik daraxtlarga aylantirilishi uchun etarlicha sodda. Ushbu sohadagi deyarli barcha tadqiqotlar kompyuterda (batafsil...)