Nukleotid ketma-ketliklarini solishtirish metodlari Blast dasturi Режа: Биологик кетма – кетликларни солиштиришнинг аҳамияти

Nukleotid ketma-ketliklarini solishtirish metodlari Blast dasturi

Режа:

1. Биологик кетма – кетликларни солиштиришнинг аҳамияти.

2. Глобал ва локал солиштирувлар

3. BLAST – Basic Local Alignment and Search Tool

ACATTATCCGTTAGGAGGATAAAAATG

GTGATACTTCAGGGAGGTTTTTTAATG

TCAATAAAAAAAGGAGTGTTTCGCATG

CAAGCGAAGGAGATGAGAAGATTCATG

GCTAACTGTACGGAGGTGGAGAAGATG

ATAGACACAGGAGTCGATTATCTCATG

ACATTCTGATTAGGAGGTTTCAAGATG

AAAAGGGATATTGGAGGCCAATAAATG

TATGTGACTAAGGGAGGATTCGCCATG

GCTTACTGTGGGAGGAGGTAAGGAATG

AAAGAAAATAGAGGAATGATACAAATG

CAAGAATCTACAGGAGGTGTAACCATG

AAAGCTCTTAAGGAGGATTTTAGAATG

GTAGGCGAAAAGGAGGGAAAATAATG

CGTTTTGAAGGAGGGTTTTAAGTAATG

AGATCATTTAGGAGGGGAAATTCAATG

Оқсиллар структуралари

Солиштирув типлари
Локал
Бир-бирига максимал ўхшаш бўлган фрагментларни топиш
Глобал
Кетма-кетликларни тўлиқ солиштириш: ҳар бир нуклеотид (аминокислота) ўз жуфтини топади.

Кетма-кетликларни локал солиштирувнинг аҳамияти нимада?

1. ДНК/РНК ва оқсилларнинг структура, функция ва хоссалари унинг кетма-кетлигига боғлиқ.

2. Қариндош оқсиллар ўхшаш хоссаларга эга бўлади.

3. Кетма-кетлиги ўхшаш молекулаларнинг хоссалари ҳам ўхшаш бўлади.

Шу сабабли, ўрганилаётган кетма-кетликнинг хоссаларини ўрганилган кетма-кетликларнинг таҳлил қилиб, олдиндан айтиб бериш мумкин.

Гомологик кетма-кетликлар

Келиб чиқиши яъни аждоди битта бўлган кетма-кетликлар.

Ортологлар — битта аждоддан келиб чиққан кетма – кетликлар. Улар одатда бир хил функцияни бажаради.

Паралоглар — Бир организмдаги бир ген дупликацияси натижасида келиб чиққан кетма – кетликлар . Уларнинг функциялари одатда ҳар хил бўлади.

Мақсад: максимал даражада кўпроқ ўхшашликни аниқлаш

домовой скупидом водомерка

лесовоз

ледоход - - -лесо- - -воз

лед- - - оход- - -

GAP – кетма-кетликдаги мос келмаган қисмлар

Солиштирув сифати талаблари:

• 1. Идентик (бир хил) бўлган аминокислота/нуклеотидлар сони
• Оқсиллар учун - 25% id узунлиги > 100 a.к-та
• ДНК учун – 70% id узунлиги > 100 nt
• 2. Солиштирув узунлиги
• 3. Бундай ўхшашликнинг тасодифий эканлиги
• Маълумотлар базасига боғлиқ
• 4. Score – ўхшашликнинг умумий кўрсаткичи:
• Фойдаланилган дастур (программа)га боғлиқ.

megablast — юқори ўхшашликка эга кетма-кетликларни тез солиштиришга мўлжалланган

megablast — юқори ўхшашликка эга кетма-кетликларни тез солиштиришга мўлжалланган

dmegablast — бир – бирига унча ўхшаш бўлмаган кетма – кетликларни солиштиришга мўлжалланган

blastn — барча ўхшаш кетма – кетликларни аниқлаш асосида секин таққослашга мўлжалланган

Оқсилларнинг аминокислота кетма – кетликлари ва уларнинг участкалари билан таққослашни амалга оширувчи дастурлар:

blastp — барча ўхшаш кетма –кетликларни излаш мақсадидаги секин солиштириш

cdart — домен архитектурасига биноан ўхшаш бўлган гомологик оқсилларни излашга мўлжалланган

rpsblast — консерватив доменлар маълумотлар базалари маълумотлари билан солиштириш

blastx — ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетлигини кодловчи аминокислоталар кўринишига ўтказади, кейин маълумотлар базасида мавжуд оқсилларнинг аминокислоталар кетма – кетликлари билан таққослайди.

blastx — ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетлигини кодловчи аминокислоталар кўринишига ўтказади, кейин маълумотлар базасида мавжуд оқсилларнинг аминокислоталар кетма – кетликлари билан таққослайди.

tblastn — ўрганилаётган аминокислоталар кетма – кетликлари маълумотлар базасидаги трансляцияланган нуклеин кислоталар кетма – кетликлари билан солиштирилади.

tblastx — ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетликларини аминокислоталар кўринишига ўтказади ва уни маълумотлар базасидаги секвинирланган нуклеин кислоталарнинг трансляцияланган кетма – кетликлари билан солиштиради.

Геномлар учун мўлжалланган дастурлар ўрганилаётган нуклеотидлар кетма – кетликларини маълумотлар базасидаги мавжуд секвинирланган бирор организ геноми билан таққослайди (одам, сичқон ва бошқалар).

Дастур	Query (кетма-кетлик)	МБ тури	Солиштириш
Blastn	ДНК	ДНК	ДНК
Blastp	оқсил	оқсил	оқсил
Blastx	ДНК	оқсил	оқсил
Tblastn	оқсил	ДНК	оқсил
Tblastx	ДНК	ДНК	оқсил

BLAST нинг қайси турини танлаш керак?