O'qish ramkalari

Reja:

1. 
   Open Reading Finder haqida.
   
2. 
   Open Reading Frameni biologiyada qo’llanilishi.
   
3. 
   ORF ishlashi va dasturi.
   
4. 
   Genetik kod.
   

Molekulyar biologiyada ochiq o'qish ramkalari (ORF) boshlang'ich va to'xtash kodonlari orasidagi DNK ketma-ketligi oralig'i sifatida aniqlanadi. Odatda, bu prokaryotik DNK ketma-ketligining o'rganilgan mintaqasida ko'rib chiqiladi, bu erda oltita mumkin bo'lgan o'qish ramkalaridan faqat bittasi "ochiq" bo'ladi ("o'qish", ammo DNK va uning keyingi transkripsiyasi natijasida hosil bo'lgan RNKga ishora qiladi) tarjimada ribosoma bilan o'zaro ta'siri ). Bunday ORF   boshlang'ich kodonni o'z ichiga olishi mumkin (odatda RNK jihatidan AUG ) va ta'rifi bo'yicha to'xtash kodonidan (odatda RNKdagi UAA, UAG yoki UGA) tashqariga chiqa olmaydi .). Bu boshlang'ich kodoni (birinchi bo'lishi shart emas) tarjima qayerdan boshlanishi mumkinligini ko'rsatadi. Transkripsiyani tugatish joyi ORF dan keyin, tarjimani to'xtatish kodonidan tashqarida joylashgan . Agar transkripsiya to'xtash kodonidan oldin to'xtasa, tarjima paytida to'liq bo'lmagan oqsil hosil bo'ladi. 

Ko'p ekzonli eukaryotik genlarda intronlar olib tashlanadi va ekzonlar transkripsiyadan so'ng birlashtirilib , oqsillarni tarjima qilish uchun yakuniy mRNK hosil bo'ladi. Genlarni topish kontekstida ORF ning start-stop ta'rifi genomik DNK emas, faqat birlashtirilgan mRNKlar uchun amal qiladi, chunki intronlar to'xtash kodonlarini o'z ichiga olishi va/yoki o'qish ramkalari orasidagi siljishlarni keltirib chiqarishi mumkin. Muqobil ta'rifga ko'ra, ORF uzunligi uchga bo'linadigan va to'xtash kodonlari bilan chegaralangan ketma-ketlikdir. va metagenomika kontekstida foydali bo'lishi mumkin., bu erda boshlang'ich yoki to'xtash kodoni olingan ketma-ketliklarda mavjud bo'lmasligi mumkin. Bunday ORF to'liq gen emas, balki genning qismlariga mos keladi.



Biologik ahamiyati
Ochiq o'qish ramkalaridan (ORF) keng tarqalgan foydalanish genlarni bashorat qilishda yordam beradigan dalillardan biridir . Uzoq ORFlar ko'pincha boshqa dalillar bilan bir qatorda DNK ketma -ketligida nomzod oqsil kodlash hududlarini yoki funktsional RNK kodlash hududlarini aniqlash uchun ishlatiladi .   ORF ning mavjudligi mintaqa har doim tarjima qilinishini anglatmaydi . Misol uchun, har bir nukleotidning teng foiziga ega bo'lgan tasodifiy yaratilgan DNK ketma-ketligida to'xtash - kodon har 21 kodonda bir marta kutiladi .   Oddiy genlarni bashorat qilish algoritmiprokaryotlar boshlang'ich kodoni , so'ngra odatdagi oqsilni kodlash uchun etarlicha uzun bo'lgan ochiq o'qish ramkasini izlashlari mumkin, bu erda ushbu mintaqadagi kodondan foydalanish ushbu organizmning kodlash hududlari uchun chastota xarakteristikasiga mos keladi.   Shuning uchun, ba'zi mualliflar ORF minimal uzunlikka ega bo'lishi kerak, deb aytishadi, masalan, 100 kodon ^[6] yoki 150 kodon.   O'z-o'zidan, hatto uzoq ochiq o'qish ramkasi ham gen mavjudligining ishonchli dalili emas.