O'qish ramkalari

Qisqa ORFlar (sORFs). Protein kodlovchi genlarning klassik belgilariga ega bo'lmagan ba'zi bir qisqa ORF (sORFs) funktsional peptidlarni ishlab chiqishi mumkin.   Sutemizuvchilar mRNKlarining taxminan 50% ning 5'-UTR bir yoki bir nechta sORFlarni o'z ichiga olishi ma'lum,   yuqori oqim ORF yoki uORF deb ham ataladi . Biroq, eski tadqiqotda o'rganilgan umurtqali hayvonlarning mRNKlarining 10% dan kamrog'i asosiy ORF oldida AUG kodonlarini o'z ichiga olgan. Qizig'i shundaki, uORFlar proto-onkogenlar va tegishli oqsillarning uchdan ikki qismida topilgan.   SORFlarning eksperimental ravishda topilgan tarjimani boshlash joylarining 64-75% inson va sichqon genomlarida saqlanib qolgan va bu elementlarning funksiyasi borligini ko'rsatishi mumkin.  Biroq, sORFlar ko'pincha mRNKlarning faqat kichik shakllarida topilishi mumkin va tanlovdan qochish mumkin; Boshlanish joylarining yuqori darajada saqlanishi ularning tegishli genlarning promotorlari ichida joylashishi bilan bog'liq bo'lishi mumkin. Bu, masalan, SLAMF1 geniga xosdir. 
Dasturiy ta'minot





Finder 
ORF Finder (Open Reading Frame Finder) ^[13] foydalanuvchi ketma-ketligida yoki maʼlumotlar bazasida mavjud boʻlgan ketma-ketlikda tanlanadigan minimal oʻlchamdagi barcha ochiq oʻqish kadrlarini topadigan grafik tahlil vositasidir. Ushbu vosita standart yoki muqobil genetik kodlar yordamida barcha ochiq o'qish ramkalarini aniqlaydi. Aniqlangan aminokislotalar ketma-ketligi turli formatlarda saqlanishi va asosiy mahalliy hizalama qidiruv vositasi (BLAST) serveri yordamida ketma-ketlik ma'lumotlar bazasidan izlanishi mumkin. 
ORF Finder to'liq va aniq ketma-ketliklarni tayyorlashda yordam berishi kerak. Shuningdek, u Sequin ketma-ketligini yuborish dasturi (ketma-ketlik analizatori) bilan paketlangan.



ORF Investigator bu dastur boʻlib, u nafaqat kodlangan va kodlanmagan ketma-ketliklar haqida maʼlumot beribgina qolmay, balki turli gen/DNK mintaqalari ketma-ketliklarini juft global hizalanishini ham amalga oshiradi. Asbob mos keladigan aminokislotalar ketma-ketligi uchun ORFlarni samarali tarzda topadi va ularni bitta harfli aminokislota kodiga aylantiradi va ularning ketma-ketlikda joylashishinita’minlaydi. Ketma-ketliklar orasidagi juft global moslashuv turli mutatsiyalarni, shu jumladan bitta nukleotid polimorfizmini aniqlashni qulay qiladi . Genlarni moslashtirish uchun Needleman-Wunsch algoritmlari qo'llaniladi. ORF Investigator portativ Perl dasturlash tilida yozilgan, va shuning uchun barcha umumiy operatsion tizimlarning foydalanuvchilari uchun mavjud.
OrfPredictor - bu ifodalangan ketma-ketlik yorlig'i (EST) dan olingan ketma-ketliklarda protein kodlash hududlarini aniqlash uchun mo'ljallangan veb-server. BLASTX-da zarbaga ega bo'lgan so'rovlar ketma-ketligi uchun dastur BLASTX hizalamalarida aniqlangan tarjimani o'qish ramkalari asosida kodlash hududlarini bashorat qiladi, aks holda so'rovlar ketma-ketligining ichki signallari asosida kodlashning eng ehtimoliy mintaqasini bashorat qiladi. Chiqish FASTA formatidagi prognoz qilingan peptid ketma-ketligi va so'rov identifikatorini, tarjimani o'qish ramkasini va kodlash hududi boshlanadigan va tugaydigan nukleotid pozitsiyalarini o'z ichiga olgan ta'rif qatoridir. OrfPredictor EST-dan olingan ketma-ketliklarni izohlashni osonlashtiradi, xususan, yirik EST loyihalari uchun.

ORF Predictor yuqorida aytib o'tilgan ikki xil ORF ta'riflarining kombinatsiyasidan foydalanadi. U boshlang'ich kodoni bilan boshlanib, to'xtash kodonida tugaydigan cho'zilishlarni qidiradi. Qo'shimcha mezon sifatida u 5' tarjima qilinmagan mintaqada (UTR yoki NTR, tarjima qilinmagan mintaqada ) to'xtash kodonini qidiradi.