Oqsillarni idenfikatsiyalash resursi

2.3.Pir-xalqaro protein ma'lumotlari bazalari
PIR, MIPS va JIPID PIR-Xalqaro konsorsiumni tashkil qiladi, u PIR-International Protein Sequence Database (PSD) ni saqlaydi, eng katta ommaviy tarqatiladigan va erkin foydalanish mumkin bo'lgan oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. Ma'lumotlar bazasi quyidagi farqlovchi xususiyatlarga ega.
• Bu 1999 yil sentyabr holatiga ko'ra 142 000 dan ortiq ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan keng qamrovli, izohli va ortiqcha bo'lmagan oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. 16 ta prokaryot, 6 ta arxebakteriya, 17 ta virus va faglar, 10 dan ortiq e-o'ta organlarning to'liq ketma-ketlashtirilgan genomlari ketma-ketliklari kiritilgan. va Saccharomyces cerevisiae .
• To‘plam oqsillar oilasi bo‘yicha >99% va oqsillar oilasi bo‘yicha >57% tasniflangan yozuvlar bilan yaxshi tashkil etilgan.
• PSD izohi boshqa ketma-ketlik, tuzilma, genomik va iqtibos maʼlumotlar bazalariga, jumladan, ommaviy nuklein kislotalar ketma-ketligi maʼlumotlar bazalariga ENTREZ, MEDLINE, PDB, GDB, OMIM, FlyBase, MIPS/Yeast, SGD/Yeast, MIPS/Arabidopsis va TIGR. Agar ushbu ma'lumotlar bazalari ochiq va erkin foydalanish mumkin bo'lsa va tegishli WWW kirishini ta'minlasa, PIR WWW saytida taqdim etilgan o'zaro havolalar qidiruvchilar eng dolzarb ma'lumotlarga murojaat qilishlari uchun issiq bog'langan.
• PIR o'zining ma'lumotlar bazasi yozuvlari o'rtasida kontekstli o'zaro havolalarni ta'minlaydigan yagona ketma-ketlik ma'lumotlar bazasidir. Ushbu oʻzaro havolalar qidiruvchilarga molekulyar komplekslardagi subbirliklar assotsiatsiyasi, ferment-substrat oʻzaro taʼsiri, faollashtirish va tartibga solish kaskadlari kabi munosabatlarni oʻrganishda, shuningdek, umumiy xususiyatlar va izohlar bilan yozuvlarni koʻrib chiqishda yordam beradi.
• Vaqtinchalik yangilanishlar haftalik asosda ommaga taqdim etiladi va 1984 yildan beri to'liq nashrlar har chorakda chop etiladi.
P SD-ga qo'shimcha ravishda, PIR-International boshqa ketma-ketlik va yordamchi ma'lumotlar bazalariga WWW kirishini ta'minlaydi (jadval).(3-jadval),1), quyida qisqacha tavsiflangan va ketma-ketlik izohlari va yaxlitlikni tekshirish uchun ishlatiladigan bir nechta ichki ma'lumotlar to'plamlarini saqlaydi.

3-jadval
PATCHX ( 3 ) - bu PIR-International PSD-da hali mavjud bo'lmagan ommaviy protein ketma-ketliklarining MIPS tomonidan yig'ilgan ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasi. PIR+PATCHX, PSD va PATCHX kombinatsiyasi, o'xshashliklarni qidirish uchun mavjud ~ 300 000 ketma-ketlikni o'z ichiga olgan, jamoat mulkida mavjud bo'lgan oqsil ketma-ketliklarining eng to'liq ortiqcha bo'lmagan to'plamidir.

• ARXIV - nashr yoki taqdimnomada dastlab xabar qilingan oqsil ketma-ketliklarining ma'lumotlar bazasi bo'lib, "nashr qilingan" birlashtirilmagan ketma-ketliklarning yagona to'plami.
• NRL_3D ( 4 ) ketma-ketlik-tuzilma ma'lumotlar bazasi uch o'lchovli tuzilmalarning ( 5 ) Protein ma'lumotlar banki (PDB)dagi ketma-ketlik va izohlardan ishlab chiqariladi .
• FAMBASE - bu har bir oqsil oilasining vakili ketma-ketliklari to'plami bo'lib, qidiruv vaqtini qisqartirish va uzoq oilalarni aniqlash uchun sezgirlikni oshirish uchun o'xshashlikni qidirishda foydalanish mumkin.

• PIR-ALN ( 6 ) - bu PSD-dan olingan izoh ma'lumotlari va hizalanishlardan hisoblangan konsensus naqshlari bilan superoilalar, oilalar va homologiya domenlari ketma-ketliklarini moslashtirishning tanlangan ma'lumotlar bazasi.

• RESID ( 7 ) - bu PSDdagi xususiyat ma'lumotlariga asoslangan tavsiflovchi, kimyoviy, strukturaviy va bibliografik ma'lumotlarga ega bo'lgan post-tarjimaviy modifikatsiyalar ma'lumotlar bazasi.
• ProClass ( 8 ) oqsil oilasi ma'lumotlar bazasi bo'lib, ortiqcha bo'lmagan PIR-International PSD va SWISS-PROT ketma-ketliklarini PIR superfamilies va PROSITE naqshlariga muvofiq tashkil qiladi.
• ProtFam ( 9 ) - bu oilalar, superfamiliyalar va homologiya domenlari uchun avtomatik tarzda yaratilgan bir nechta ketma-ketlik moslamalari bilan homologiya klasterlarining tanlangan ma'lumotlar bazasi.
Ma'lumotlarni boshqarish va ma'lumotlarni qazib olishni qo'llab-quvvatlash va bilimlarni topishga yordam berish uchun PIR ma'lumotlar bazalari ob'ekt bilan bog'liq ma'lumotlar bazasini boshqarish tizimiga o'tkazilmoqda. Uch bosqichli tarmoq hisoblashlari, arxitekturasi taqsimlangan ob'ektlarni hisoblash uchun asos yaratadi va Java-ga asoslangan WWW interfeyslari ma'lumotlar bazasi so'rovi va yangilash vazifalari uchun ma'lumotlar bazasi serveri bilan bog'lanadi.Margaret Dayhoffning superfamily kontseptsiyasi ( 10 , 11 ) asosida oqsillarni tasniflash bo'yicha kashshof ishi PIR-International ( 12 ) tomonidan ma'lumotlar bazasini tashkil qilish va molekulyar evolyutsiyani o'rganishga yordam berish uchun takomillashtirildi . PIR-Xalqaro ketma-ketligi va yordamchi ma'lumotlar bazalarini tashkil etish va izohlashda markaziy o'rinni uchta darajada tuzilgan oqsilli oila munosabatlari tashkil etadi: (i) super oilalar va oilalar (to'liq uzunlikdagi ketma-ketlik o'xshashligi uchun), (ii) homologiya domenlari (mahalliy uchun). funktsional yoki strukturaviy birliklar) va (iii) motivlar (funktsional yoki strukturaviy saytlar uchun). PIR-International eng yuqori tasniflash tezligini saqlab qoldi va barcha asosiy jamoat mulki ma'lumotlar bazalari orasida oqsillarning eng keng qamrovli tasnifi va hizalanishini ta'minladi.Genom sekvensiyasi loyihalaridagi ko'plab yangi ketma-ketliklar bilan samarali kurashish uchun oila va superfamilalarni tasniflash protseduralari avtomatlashtirildi. Ketma-ketliklarning 99% dan ortig'i muntazam ravishda ma'lumotlar bazasiga kiritilgandan so'ng qisqa vaqt ichida kamida 45% bir xil bo'lgan ketma-ketliklarning oqsil oilalariga tasniflanadi. Keyinchalik, yozuvlar ketma-ketliklarning doimiy superfamiliyalariga (lekin bir-biridan uzoqroq bog'liq bo'lishi mumkin) va kamida bitta umumiy homologiya domeniga ega bo'lgan oqsillarning domen superfamiliyalariga birlashtiriladi. Hozirda 8900 dan ortiq superoilada 76 000 dan ortiq ketma-ketliklar va PSDda 370 ta tan olingan homologiya domenlari bilan 30 000 ta yozuv mavjud. Klassifikatsiyaga mos keladigan PIR-ALN ma'lumotlar bazasida 1500 superfamily, 2100 oila va 400 domen hizalamalari, va MIPS ProtFam ma'lumotlar bazasida 15 000 oila va 4500 superfamily moslamalari. PIR-dan, shuningdek, 92 000 ta tasniflangan yozuvlarni, shuningdek, ~ 44 000 PIR-Xalqaro PSD yozuvlarining 1300 motifli hizalanishlarini o'z ichiga olgan ProClass proteinlar oilasi ma'lumotlar bazasi mavjud.pir qidiruv va tahlil tizimiPIR qidiruv va tahlil tizimi uch turdagi qidiruv tizimlarini taqdim etadi (jadval.(2-jadval):2): (i) matn maydonlarining mantiqiy so'rovlariga ruxsat beruvchi interaktiv matnga asoslangan qidiruv tizimlari; (ii) standart ketma-ketlik o'xshashligi qidiruv tizimlari, jumladan Peptidlar mosligi, Pattern Match, BLAST, FASTA, Pairwise Alignment va Multiple Alignment; va (iii) ketma-ketlik o'xshashligi va izohli qidiruvlarni birlashtirgan yoki genlar oilasi munosabatlarini baholaydigan ilg'or qidiruv tizimlari, jumladan Izohlar bo'yicha saralangan o'xshashlik qidiruvi, domen qidiruvi, Global va domen o'xshashligini qidirish va GeneFIND. Ketma-ket qidirish PSD, NRL_3D, PATCHX, FAMBASE, ProClass va birlashtirilgan PSD+PATCHX to'plamlariga nisbatan amalga oshirilishi mumkin. PSD, NRL_3D, PIR-ALN va RESID ma'lumotlar bazalari uchun matn va yozuvlarni qidirish taqdim etiladi.

Xulosa
Xulosa qilib shuni aytish mumkunki oqsillar xujayrada boshqa brikmalarga (ximiyaviy komponentlarga) karaganda ancha kup jarayonlarda xilma-xil funktsiyalarni bajaradilar. Xamma proteinlarning struktura elementlari bir xil aminokislotalar dan iborat bulsa xam, ularning oksil molekulasidagi nisbiy mikdorlari va joylashish urinlari turlichadir. Kup minglab oklillarni sistemali va mantikiy klassifikatsiyasi ularning ximiyaviy strukturasiga asoslangan bulishi kerak. Ammo bu klassifikatsiya soddarok printsiplar-ularning funktsiyasi, kelib chikishi, joylanishi, erish xususiyati, sodda yoki murakkabligi asosida tuzilgan. Proteinlar bajaradigan funnktsiyalar fakat oksil molekulalari uchungina xos bulib, aksari takrorlanmasdir. Eng muxim funktsiyalari kuydagilar:
— katalitik funktsiyasi — shu vaktgacha kashf etilgan barcha biologik katalizatorlar - fermentlar oksilardir. Bir xujayrada ularni soni 2000 dan ortik. Katalitik fakat oksilargagina xosdir.
— extiyot ozika moddasi sifatida — oksilar chegaralangan mikdorda konda, ba‘zi, tukimalarda, kup mikdorda usayotgan xomilada, usimliklar donida, tuximdan va sutda bulib, zarur bulgan sharoitda sariflandilar.
— transport funktsiyasi — konda kislorodni tashish funktsiyasini oksil- gemoglobin tomonidan bajariladi. Proteinlar konda lipidlar ba‘zi garmonlar, metal ionlari bilan kompleks xosil kilib ularni tegishli tukimalarga yetkazidilar.
— ximoya funktsiyasi —barcha immun tanalar oksilardir. Ular organizimga kirgan bakteriyani, yot oksilarni yuksak spetsifiklik bilan boglaydilar, parchalaydilar, zararsizlantiradilar.
— kiskarish funktsiyasi muskullarning kiskarishi oksillarning ishtirokida sodir buladi. Ularning eng muximlari aktin va meozin kiskaruvchi muskul tolalarini xosil kiladi. Meozin yana fermentlik faoliyatiga ega.
— oksil garmonlar — barcha ichki sekretsiya bezlarining maxsulotlari peptid va oksil tabiatiga ega masalan: insulin, oshkozon osti bezi garmoni, usish garmoni va boshkalar. Ular organizimni moddalar almashinuvini roslab turadilar.
— struktura funktsiyasi — oksilar biriktiruvchi tukimalarning asosiy kurilish materialidir: keratin, kologen, elastin anashular jumlasidan lekin oksilar xujayra skleti, xramosomalar, membrana,ribosomalar, retseptorlar tarkibida boshka moddalar bilan katnashadilar. Oksilarni ularni tartibiga karab ikki kategoriyaga bulish mumkin: sodda oksilar-proteinlar va murakab oksilar proteidlar. Birinchi kategoriyaga tegishli oksilar fakat protein molekulasidan iborat bulib, boshka kushimcha komponentlar tutmaydilar. Murakkab oksillar polipeptid zanjiridan tashkari, unga boglangan peptid bulmagan organik yoki onorganik grupasi saklaydilar. Prostetik grupa yunoncha kushimcha demak. Bu komponentning kimyovi tabiatiga karab murakab oksilar kuydagi grupalarga bulinadi: gliko proteidlar, uglevod, metolo proteidlar, metal ioni, gimo proteinlar, gem, flavoproteinlar-flavinlar fosfor proteinlar, fakat kislota koldigi va lipo proteinlar-lipid grupasini tutadi.
Ma'lumotlarni boshqarish va ma'lumotlarni qazib olishni qo'llab-quvvatlash va bilimlarni topishga yordam berish uchun PIR ma'lumotlar bazalari ob'ekt bilan bog'liq ma'lumotlar bazasini boshqarish tizimiga o'tkazilmoqda. Uch bosqichli tarmoq hisoblashlari, arxitekturasi taqsimlangan ob'ektlarni hisoblash uchun asos yaratadi va Java-ga asoslangan WWW interfeyslari ma'lumotlar bazasi so'rovi va yangilash vazifalari uchun ma'lumotlar bazasi serveri bilan bog'lanadi. Protein axborot resursi (PIR) Proteinlar ketma-ketligi bo'yicha Myunxen axborot markazi (MIPS) va Yaponiya xalqaro oqsillar ketma-ketligi bilan hamkorlikda jamoat mulki bo'lgan eng katta, eng keng qamrovli, izohli oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazasini ishlab chiqaradi, PIR-xalqaro oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi.