Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Identification Resource,pir) Reja Kirish Asosiy qism. I-bob Oqsillarni identifikatsiyalash resursi

Aminokislota tarkibini aniqlash
Odatda buyurtma qilingan ketma-ketlikni topishga urinishdan oldin oqsilning tartibsiz aminokislota tarkibini bilish maqsadga muvofiqdir, chunki bu bilimlar ketma-ketlikdagi xatolarni aniqlashni osonlashtirish yoki noaniq natijalarni farqlash uchun ishlatilishi mumkin. Ayrim aminokislotalarning chastotasi haqidagi bilimlardan qaysi birini tanlash uchun foydalanish mumkin proteaz oqsilni hazm qilish uchun ishlatish. Past darajadagi nostandart aminokislotalarning (masalan, norleusin) oqsillarga noto'g'ri qo'shilishi ham aniqlanishi mumkin. Ajratish va miqdoriy miqdor
Aminokislotalarni ajratish mumkin ion almashinadigan xromatografiya keyin ularni aniqlashni osonlashtirish uchun derivatsiya qilingan. Odatda, aminokislotalar hosil bo'ladi, so'ngra eritiladi teskari faza HPLC.
Ion almashinadigan xromatografiyaning namunasi MTRK tomonidan sulfatlangan polistirolni matritsa sifatida ishlatib, aminokislotalarni kislota eritmasiga qo'shib va doimiy ravishda ortib boruvchi buferdan o'tkaziladi. pH ustun orqali. Aminokislotalar pH mos keladigan darajaga yetganda elutatsiya qilinadi izoelektrik nuqtalar. Aminokislotalarni ajratib bo'lgach, ularning ranglarini hosil qiluvchi hosil qiluvchi reaktiv qo'shib ularning tegishli miqdori aniqlanadi. Agar aminokislotalarning miqdori 10 nmoldan oshsa,ninhidrin buning uchun ishlatilishi mumkin; u prolin bilan reaksiyaga kirishganda sariq rang, boshqa aminokislotalar bilan esa jonli binafsha rang beradi. Aminokislota kontsentratsiyasi hosil bo'lgan eritmaning yutilishiga mutanosibdir. Juda oz miqdorda, soat 22.00 gacha, lyuminestsent hosilalar, masalan, reagentlar yordamida hosil bo'lishi mumkin orto-ftaldegid (OPA) yoki floresamin.
1.2. Ma'lumotlar bazasiga kirish arxitekturasi
Ma'lumotlar bazasidagi ma'lumotlarning asosiy birligi yozuvdir ( 9yozuvning to'liqroq tavsifi uchun). Xuddi shu protein molekulasiga tegishli barcha ma'lumotlar bitta yozuvda birlashtirilgan. Ma'lumot mavjud bo'lganda, ma'lumotlar bazasida molekulaning prekursor shakli (mRNKdan tarjima qilingan ketma-ketlikka mos keladi) aks ettiriladi. Buning uchun dastlab xabar qilingan ketma-ketlik ma'lumotlari prekursor shakliga aylantirilishi va tabiatda mavjud bo'lgan molekulani ifodalovchi yagona kanonik shaklga birlashtirilishi (yoki birlashtirilishi) talab qilinadi. Ma'lumotlar bazasidagi yozuv kirish identifikatsiya kodi bilan noyob tarzda aniqlanadi. Agar ma'lumotlar bazasiga qo'shilgan yangi ma'lumotlar kirish xarakterini tubdan o'zgartirmasa, ushbu kodlar chiqarilgandan to chiqarilgunga qadar o'zgarishsiz qoladi. Yozuvga umuman murojaat qilganda, PIR yozuvlari kirish identifikatsiya kodi bilan ko'rsatilishi kerak.
REFERENCE yozuvlari har bir tajriba hisobotiga xos ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Har bir ma'lumotnomaga ushbu iqtibosni noyob tarzda identifikatsiya qiluvchi PIR mos yozuvlar raqami beriladi. Ma'lumotnoma ketma-ketlik ma'lumotlari hisobotiga mos kelganda, REFERENCE yozuvi bir yoki bir nechta PIR kirish raqami pastki yozuvlarini o'z ichiga oladi. Ushbu kichik yozuvlarda topilgan mos yozuvlar uchun maxsus qo'shilish raqamlari adabiyotda (yoki taqdim etilgan ma'lumotlar asosida yaratilgan) ketma-ketliklarga tayinlangan. Biz ketma-ketlikning xabar qilingan versiyalarini manba ketma-ketligi sifatida belgilaymiz. Kanonik ketma-ketlik turli xil tarkibiy manba ketma-ketliklariga parchalanishi mumkin bo'lgan kompozit shaklni ifodalaydi. Har bir qo'shilish pastki yozuvi bilan bog'liq qoldiqlar spetsifikatsiyasi bu parchalanishni amalga oshirish bo'yicha ko'rsatmani tashkil qiladi. Demak, manba ketma-ketliklarini birlashtirish jarayoni asl ma'lumotni yo'qotmasdan ketma-ketlik ma'lumotlarini ko'rsatishda ortiqchalikni kamaytiradi. Nuklein kislotalardan olingan manba ketma-ketligi GenBank/EMBL/DDBJ kodlash hududi xususiyatlariga (CDSs) eng mos keladi; manba ketma-ketligini keltirish uchun mos yozuvlar uchun maxsus kirish raqamlaridan foydalanish kerak.
Kirishdagi barcha boshqa ma'lumotlar molekulaning kanonik shakliga ishora qiladi. Axborot ma'lumotlarning alohida sinflarini aniq ajratish uchun yozuvlarda tuzilgan. GENETIKA yozuvi, masalan, oqsil molekulasining genetik kelib chiqishi haqida ma'lumot beradi. Xususiyatlar yozuvlari ketma-ketlikning o'zgartirilgan versiyalari (PRODUCT yozuvlari) yoki ketma-ketliklar ichidagi hududlar va saytlar haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi. Ushbu ma'lumotlar standartlashtirilgan shaklda taqdim etiladi va iloji bo'lsa, PDB, GDB, Flybase va boshqalar kabi boshqa ma'lumotlar bazalarida joylashgan ma'lumotlarga mos keladi.