O’zbekiston Respublikasi Oliy ta’lim Fan va Innovatsiyalar vazirligi Zahiriddin Muhammad Bobur nomli Andijon Davlat Universiteti Tabiiy fanlar fakulteti Biologiya yo’nalishi

AMIGen yo'l oqsilni orqaga o'tkazish va moslashtirish - masofadagi oqsil gomologiyalarini topish muammosini hal qiladi, bu erda divergensiya ramka almashinuvi mutatsiyalari va almashtirishlar natijasidir. Ikki kirish oqsili ketma-ketligini hisobga olgan holda, usul har bir oqsil uchun taxminiy DNK ketma-ketliklarining to'liq to'plamining xotirada samarali grafik ko'rinishlarini manipulyatsiya qilish orqali ularni kodlaydigan DNK ketma-ketliklarining barcha mumkin bo'lgan juftlarini bilvosita tekislaydi.
Oddiy tarjima vositalari – DNK dan oqsil ketma-ketligi.
-O'qish ramkasini topuvchini oching (NCBI) - siz kiritgan DNK ketma-ketligida ochiq o'qish ramkalarini (ORFs) qidiradi. Dastur har bir ORF diapazonini oqsil tarjimasi bilan birga qaytaradi. Potensial oqsil kodlash segmentlari uchun yangi ketma-ket DNKni qidirish uchun ORF qidiruvchisidan foydalaning, yangi ishlab chiqilgan SMART BLAST yoki oddiy BLASTP yordamida prognoz qilingan proteinni tekshiring.
-Olti kadrli tarjimalar Tuebingen, Rossiya, Bioline va Science Launcher-da amalga oshirilishi mumkin.
-EMBOSS Sixpack (EMBL-EBI) - DNK ketma-ketligini o'qiydi va uchta oldinga va (ixtiyoriy) uchta teskari tarjimani vizual tarzda chiqaradi. Shu bilan bir qatorda EMBOSS Transeq dan foydalaning
-MBS tarjimon (JustBio vositalari) - Ajoyib yangi sayt, chunki ATG dan maxsus tarjima qilish mumkin va natijalar aminokislotalar ketma-ketligini qoplaydigan nukleotidlar ketma-ketligi bilan taqdim etiladi. Qo'lyozmaga kesish/joylashtirish uchun ideal. Ushbu bepul vositadan foydalanish uchun ro'yxatdan o'tishingiz kerak. Boshqa tezkor tarjima vositalari bu yerda va shu yerda.
-Tarjima (ExPASy, Shveytsariya) - nukleotidlar (DNK/RNK) ketma-ketligini oqsil ketma-ketligiga o'tkazish imkonini beruvchi vosita.
Bir nechta ketma-ketliklarning tarjimasi.
Virtual ribosoma (Ma'lumotnoma: R. Vernersson. 2006. Nucl. Acids Res. 34 (veb-server muammosi): W385-388) - Birinchi ikkita saytdan olingan ma'lumotlar bir nechta DNK ketma-ketligini tarjima qilish uchun eng maqbul deb topdim.
TranslatorX - bu protein kodlovchi nukleotidlar ketma-ketligini ularning tegishli aminokislota tarjimalari asosida tekislash uchun mo'ljallangan veb-server. TranslatorX yangiliklari quyidagilarni o'z ichiga oladi: (i) barcha hujjatlashtirilgan genetik kodlardan foydalanish va har bir ketma-ketlik uchun turli xil genetik kodlarni belgilash imkoniyati (ii) turli xil ko'plab moslashtirish dasturlari batareyasi (iii) iloji bo'lsa, noaniq kodonlarning tarjimasi (iv) innovatsion mezon. oqsil ma'lumotlariga asoslangan GB bloklari bilan toza nukleotid hizalamalari va (v) boy chiqish, shu jumladan Jalview yordamida tekislashning grafik vizualizatsiyasi, mos keladigan aminokislotalarga ko'ra ranglangan kodon asosidagi hizalamalar, kompozitsion moyillik o'lchovlari va birinchi, ikkinchi va uchinchi kodon joylashuvga xos hizalamalar.
Yig'ilgan genomlarning tuzilishi, yig'ilish nomlari va boshqa meta-ma'lumotlar, statistik hisobotlar va genomik ketma-ketlik ma'lumotlariga havolalar haqida ma'lumot beruvchi ma'lumotlar bazasi.
Madaniyat kollektsiyalari, muzeylar, gerbariyalar va boshqa tabiiy tarix kolleksiyalari uchun tanlangan metamaʼlumotlar toʻplami. Yozuvlarda yig'ish kodlari, to'plamlarning uy muassasalari haqidagi ma'lumotlar va NCBIdagi tegishli ma'lumotlarga havolalar ko'rsatilgan.

Xulosa

Kodon va antikodon ikkalasi ham tarjima paytida funktsional oqsilni sintez qilish uchun aminokislotalarni to'g'ri tartibda joylashtirishda ishtirok etadilar. Ularning ikkalasi ham nukleotid tripletlaridir. Polipeptid zanjirining sintezi uchun zarur bo'lgan yigirmata muhim aminokislotalarni aniqlaydigan oltmish bitta alohida kodonni topish mumkin. Shunday qilib, oltmish bir kodon bilan to'ldiruvchi tayanch juftligi uchun oltmish bitta aniq tRNK talab qilinadi. Biroq, tebranish bazasi juftligi mavjudligi sababli, talab qilinadigan tRNKlar soni o'ttiz bittaga kamayadi. Kodon bilan antikodon to'ldiruvchi asos juftlari universal xususiyat sifatida qaraladi. Shuning uchun kodon va antikodon o'rtasidagi asosiy farq ularning bir-birini to'ldiruvchi tabiatidir.
ORF bu DNK ketma-ketligi bo'lib, u "ATG" boshlang'ich kodonidan boshlanadi (har doim ham emas) va uchta tugatish kodonlarining har biri (TAA, TAG, TGA) bilan tugaydi. Boshlanish nuqtasiga qarab, genetik kodga muvofiq har qanday nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'tkazishning oltita mumkin bo'lgan (uchtasi oldinga siljishda va uchtasi to'ldiruvchi ipda) mavjud. Ular o'qish ramkalari deb ataladi.
Kodlash ketma-ketligi (CDS) oqsillarni hosil qilish uchun tarjima qilingan DNKning haqiqiy hududidir. ORF tarkibida intronlar ham bo'lishi mumkin bo'lsa-da, CDS kodonlarga bo'linishi mumkin bo'lgan nukleotidlarga (birlashtirilgan ekzonlarga) tegishli bo'lib, ular ribosomalarni tarjima qilish mexanizmi tomonidan aminokislotalarga aylanadi. Prokariotlarda ORF va CDS bir xil.
Oqsillarni kodlaydigan DNK hududlari avval messenjer RNKga transkripsiyalanadi, so'ngra oqsilga aylanadi. Faqatgina DNK ketma-ketligini tekshirish orqali biz oxirgi oqsilda paydo bo'ladigan aminokislotalarning ketma-ketligini aniqlashimiz mumkin. Tarjimada uchta nukleotidning kodonlari o'sib borayotgan oqsil zanjiriga keyingi qaysi aminokislota qo'shilishini aniqlaydi. Qaysi nukleotidni tarjima qilishni boshlash va qachon to'xtatish kerakligini hal qilish juda muhim, bu ochiq o'qish ramkasi deb ataladi.
Gen ketma-ketligi aniqlangandan so'ng, to'g'ri ochiq o'qish ramkasini (ORF) aniqlash muhimdir. DNKning har bir hududida oltita o'qish ramkasi mavjud, har bir yo'nalishda uchtadan. Amaldagi o'qish ramkasi qaysi aminokislotalar gen tomonidan kodlanishini aniqlaydi. Odatda genni (eukariotlarda) tarjima qilishda faqat bitta o'qish ramkasi ishlatiladi va bu ko'pincha eng uzun ochiq o'qish ramkasi hisoblanadi. Ochiq o'qish ramkasi ma'lum bo'lgach, DNK ketma-ketligi tegishli aminokislotalar ketma-ketligiga aylantirilishi mumkin. Ochiq o'qish ramkasi ko'pgina turlarda atg (Met) bilan boshlanadi va to'xtash kodoni bilan tugaydi ( taa , teg yoki tga ).
Misol uchun, DNKning quyidagi ketma-ketligini oltita o'qish ramkasida o'qish mumkin.