Rahnella spp are commonly isolated from onion (Allium cepa) bulbs and are weakly pathogenic

Supporting Information
643
Table S1 Accession numbers for partial gyrase B sequence derived using the gyrB 
644
1480F/2242R primers
645
Table S2 Accession numbers for sequences used in multilocus sequence analysis
646
Table S3 Numbers of bulbs from which particular genera of bacteria were recovered 
647
from surveys of diseased and healthy onion bulbs in USA
648
Figure S1 Samples of bulbs from which Rahnella strains were recovered in screen of 
649
random bulbs from growers’ cold storage in NY. A. Examples of bulbs from which only 
650
Rahnella strains were recovered. B. Examples of bulbs from which both Rahnella 
651
strains and other bacteria were recovered.
652
Figure S2 Maximum Likelihood tree using partial gyrB sequence. Strains isolated from 
653
onion are highlighted in yellow. The percentage of trees in which the associated taxa 
654
clustered together is shown next to the branches. The tree is drawn to scale, and the 
655
units of branch lengths are the number of substitutions per site. The analysis involved 
656
nucleotide sequences from 71 strains. There were a total of 625 positions in the final 
657
dataset. N: Isolated from onions in Norway; OR: Isolated from onions grown in OR, 
658
USA; NY: Isolated from onions grown in NY, USA; W: Isolated from creek water 
659
adjacent to onion field, NY, USA.
660
Figure S3 Bulbs syringe-inoculated with water (A), Rahnella sp. C1b (B), and 
661
Enterobacter sp. EcWSU1 (C). Symptoms elicited by Rahnella are typically mild. The 
662
bulbs presented in (B) had severe symptoms compared to other repetitions of the assay 
663
(see Figure 2). The reasons for between-assay variations in severity are unknown but 
664
could be due to variations in host susceptibility due to bulb age or genotype. Variation 
665
in the symptom severity between assays adds to the difficulties in assessing the real-
666
world impacts of Rahnella spp. bacteria on onion production. Strains inoculated with 
Author Manuscript

---

This article is protected by copyright. All rights reserved
667
Enterobacter sp. EcWSU1 are included for comparison with a known opportunistic 
668
pathogen of onion bulb. 
Author Manuscript

---

 Rahnella sp. Y9602 
L31-1-12
N
L172-1A
N
C1b
NY
F57b
NY
AR25a
OR
R. aquatilis ATCC 33071 (CP003244.1) 
L57-1-12
N
SL6
N
A66
NY
G37d
NY
 R. victoriana FRB 225 
R. victoriana USA 13 
H11b
NY
R. variigena FOD 20/8 
R. variigena PFK 1/1C2a 
 R. bruchi FRB 226 
 R. bruchi ALN 45 
 R. woolbedingensis FRB 227 
 R. woolbedingensis WAL 10 
FC61912-K
W
 R. inusitata FOD 9/5a 
 R. inusitata FOD 9/21 
 Ewingella americana LMG 7869T 
 E. americana AT 14b 
 E. americana FOD 24/3b 
 Xenorhabdus nematophila ATCC 10961T 
98 
100 
100 
96 
100 
100 
93 
100 
99 
100 
51 
100 
43 
99 
58 
97 
92 
50 
51 
80 
82 
100 
39 
46 
0.020 
jam_14340_f1.pptx
This article is protected by copyright. All rights reserved
Author Manuscript

---

L31-1-12 
L57-1-12 
SL6 
L172-1a 
AR25a 
A66 
F57b 
C1b 
Water 
jam_14340_f2.pptx
This article is protected by copyright. All rights reserved
Author Manuscript

---

B 
0 
1 
2 
A 
0 
0.5 
1 
1.5 
2 
D
is
e
a
se
s
co
re
(
0
-2
) 
Norway 
USA 
Disease Rating of Onion Bulbs Inoculated with Strains of Rahnella sp. 
jam_14340_f3.pptx
This article is protected by copyright. All rights reserved
Author Manuscript

---

L 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 L
jam_14340_f4.pptx
This article is protected by copyright. All rights reserved
Author Manuscript