Texnologiyalariva kommunikatsiyalarini rivojlantirish vazirligi muhammad al-xorazmiy nomidagi toshkent axborot

DNK va oqsil ketma — ketliklari 
DNK va oqsil ketma — ketliklari aniqlanishining bioinformatika fani tarixida 1950-yillardagi 
yutuqlardan kuzatish mumkin. 1953 — yil fevral oyida Watson va Crick DNK molekulasining 
modelini taklif qilishdi va 1953 — yil may oyida ular Nature jurnalida genetik maʼlumot 
kodining tashuvchisi sifatida DNK molekulyasiga oid maqola chop etishdi. Shuningdek, 1950-
yillarning oxirida Sanger birinchi oqsil ketma-ketligini, insulinni nashr etdi.. Aminokislotalar 
ketma-ketligini aniqlashning eng koʻp qoʻllaniladigan usuli — Edman degradatsiya usuli, uning 
asosiy kamchiligi uzun oqsil ketma-ketligini olishda qiyinchilik tugʻdiradi. Nazariy tarafdan har 
bir reaktsiya uchun maksimal 50-60 aminokislota toʻgʻri keladi. Bu muammoning yechimini 
amerikalik olim va fizik kimyogar Margaret Dejhoff (1925-1983) kompyuter dasturlaridan faol 
foydalangan holda va ularni biologiya va tibbiyot sohalarida qoʻllash imkoniyatlarini ishlab 
chiqqan. U 1962-yilda Edman peptid sekvensiyasi maʼlumotlaridan foydalangan holda oqsilning 
birlamchi tuzilishini aniqlash dasturi boʻlgan COMPROTEINni ishlab chiqdi. COMPROTEIN-
da aminokislotalar ketma-ketligini kiritish va chiqarish uch harfli qisqartmalarda taqdim etilgan. 
Oqsil ketma-ketligi maʼlumotlarini qayta ishlashni soddalashtirish uchun Dayhoff keyinchalik 
bugungi kunda ham qoʻllaniladigan bir harfli aminokislota kodini ishlab chiqdi. Dayhoffning 
ushbu sohaga qoʻshgan hissasi shunchalik kattaki, Milliy Biotexnologiya Axborot Markazining 
(NCBI) sobiq direktori Devid J. Lipman uni „bioinformatikaning onasi va otasi“ deb atagan.
Yangi oqsil ketma-ketliklarining toʻplanishi bilan ularda baʼzi nuqsonlar kuzatila boshlandi. 
Masalan, Tsukerkandl va Pauling umurtqali hayvonlarning ortologik oqsillari (masalan, 
gemoglobin) konvergent evolyutsiya natijasi boʻlishi uchun juda koʻp ketma-ketlik 

---

oʻxshashligini koʻrsatishini aniqladilar. Yangi evolyutsion farazlarni tasdiqlash uchun yangi 
matematik va kompyuter usullari kerak edi. Oqsil ketma-ketliklarini juftlik bilan aniqlash uchun 
birinchi dinamik dasturlash algoritmi 1970 — yilda Needleman va Wunsch tomonidan ishlab 
chiqilgan. Bir nechta ketma-ketlikni aniqlash algoritmlari ancha keyin paydo boʻldi: birinchi 
amaliy algoritm 1987 — yilda Da-Fei Feng va Russell F. Duolittle tomonidan ishlab chiqilgan. 
Uning soddalashtirilgani CLUSTAL algoritmi bugungi kunda ham qoʻllanilmoqda. Bundan 
tashqari, 1978 — yilda Dayhoffni oʻz ichiga olgan bir guruh olimlar 85 % dan ortiq oʻziga 
xoslikka ega boʻlgan 71oqsil oilasining filogenetik daraxtlarini tuzishdi va unda nuqtali 
mutatsiyalarni (PAMs) kuzatish asosida birinchi almashtirish modelini yaratdilar. Natijada, 
aminokislotalarni almashtirish ehtimoli qiymatlarini oʻz ichiga olgan matritsa olindi.
1970-yilda Frensis Krik tomonidan nashr etilgan „Molekulyar biologiyaning markaziy dogmasi“ 
va 68 kodon bilan kodlangan barcha aminokislotalarning progressiv identifikatsiyasi, 1970-1980-
yillarda oqsil evolyutsiyasidan DNK evolyutsiyasiga bosqichma-bosqich oʻzgarishiga olib keldi. 
DNK ketma-ketligini aniqlashni oʻrganish kerak edi. Birinchi keng tarqalgan DNK sekvensiyasi 
usuli 1976-yilda Maxam-Gilbert sekvensiyasi usuli edi. Biroq, eng koʻp qoʻllaniladigan usul 
1977 — yilda Frederik Sanger laboratoriyasida ishlab chiqilgan boʻlib, u bugungi kunda ham 
qoʻllaniladi. Sanger sekvensiyasi oʻsha vaqt uchun juda katta hajmdagi maʼlumotni olish 
imkonini berdi, ammo ketma-ket boʻlishi mumkin boʻlgan fragmentlarning hajmi yuzlab 
nukleotidlar bilan cheklangan edi, bu faqat bakteriofag genomlari kabi kichik genomlarni 
oʻrganish uchun etarli edi. Birinchi Sanger sekvensiyasi dasturi 1979-yilda Rojer Staden 
tomonidan nashr etilgan.
Genom 
21-asr boshlarida inson genomining nashr etilishi bilan bioinformatikaning genomik davri 
boshlandi. Loyiha 1991 — yilda Qoʻshma Shtatlarda boshlangan va 13 yil davomida 2,7 milliard 
dollarga tushgan.
[14]
. 1998 — yilda Celera Genomics inson genomini ketma-ketliklarni aniqlash 
va yigʻish boʻyicha raqobatbardosh xususiy tadqiqotni ishlab chiqdi. Tadqiqot 10 barobar 
kamroq pul talab qildi va 454 va Illumina kabi yangi eksperimental ketma-ketlik strategiyalarini 
ishlab chiqildi. DNK ketma-ketligining aniqlashga ketkan xarajat ancha kamaydi, bu esa 
ommaviy maʼlumotlar bazalarida ketma-ketliklar sonining katta oʻsishiga olib keldi. Biologik 
maʼlumotlarni saqlash va tezkor qayta ishlash usullarini ishlab chiqish zarurati tugʻildi. 2005-
yilda Genomik Standartlar Konsortsiumi tashkil etildi va genomik ketma-ketlikni nashr qilish 
uchun zarur boʻlgan minimal maʼlumotlarni belgilab berdi.