Texnologiyalariva kommunikatsiyalarini rivojlantirish vazirligi muhammad al-xorazmiy nomidagi toshkent axborot

Evolyutsion hisoblash biologiyasi 
Evolyutsion biologiya turlarning kelib chiqishi va paydo boʻlishini, shuningdek ularning vaqt 
oʻtishi bilan rivojlanishini oʻrganadi. Bioinformatika fani evolyutsion biologlarga bir necha 
usulda yordam beradi:

koʻp sonli organizmlarning evolyutsiyasini nafaqat tuzilishi yoki fiziologiyasi boʻyicha 
emas, balki ularning DNKsidagi oʻzgarishlarni oʻrganishda ;

butun genomlarni solishtirganda (BLAST), murakkab evolyutsion hodisalarni oʻrganish, 
masalan: genlarning koʻpayishi, gorizontal gen oʻtkazilishi va bakterial ixtisoslashgan 
omillarni bashorat qilish;

vaqt oʻtishi bilan tizimning harakatini bashorat qilish uchun populyatsiyalarning 
kompyuter modellarini yaratish;

koʻp sonli turlar toʻgʻrisidagi maʼlumotlarni oʻz ichiga olgan nashrlarni kuzatish.

---

Genetik algoritmlardan foydalanadigan boinformatika sohasi koʻpincha hisoblash evolyutsion 
biologiyasi bilan chalkashib ketadi, ammo bu ikki soha bir-biriga bogʻliq boʻlishi shart emas. 
Ushbu sohadagi ishlar algoritmlar va hisob-kitoblarni yaxshilash uchun maxsus dasturlardan 
foydalanadi va replikatsiya, rekombinatsiya yoki mutatsiya orqali diversifikatsiya va tabiiy 
tanlanish orqali omon qolish kabi evolyutsion tamoyillarga asoslanadi.
Asosiy bioinformatik dasturlar 

ACT (Artemis Comparison Tool) Wayback Machine saytida arxivlandi (2011-01-09). — 
genomik tahlil

Arlequin — populyatsiya genetik maʼlumotlarini tahlil qilish

Bioconductor — bu bioinformatika boʻyicha tadqiqotlar uchun koʻplab mustaqil 
paketlarni taqdim etadigan katta FLOSS loyihasi.

BioEdit — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta taxrir qilish uchun 
muharrir.

BioNumerics Wayback Machine saytida arxivlandi (2012-08-19). — universal dasturiy 
taʼminot toʻplami

BLAST — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasida tegishli 
ketma-ketliklarni qidirish

Clustal — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini taxrirlash.

DnaSP — DNK ketma-ketligi polimorfizmini tahlil qilish

FigTree — filogenetik daraxtlar muharriri

Genepop — populyatsiya genetik tahlili

Genetix — Populyatsiya genetik tahlili (faqat frantsuz tilida mavjud)

JalView —nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash uchun 
muharrir.

MacClade — interaktiv evolyutsion maʼlumotlarni tahlil qilish uchun pulli dasturidir.

MEGA — molekulyar evolyutsion genetik tahlil

Mesquite — qiyosiy biologiya Java dasturi

---


Muscle — nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini koʻp taqqoslash. ClustalW ga 
qaraganda tezroq va aniqroq

PAUP — parsimoniya yordamida filogenetik tahlil

PHYLIP — filogenetik dasturiy taʼminot toʻplami

Phylo_win — filogenetik tahlil. Dastur grafik interfeysga ega.

PopGene —pulyatsiyalarning genetik xilma-xilligini tahlil qilish

Populations — populyatsiya genetik tahlili

PSI Protein Classifier — PSI-BLAST dasturi yordamida olingan natijalarning qisqacha 
mazmuni

Seaview — Filogenetik tahlil (GUI)

SplitsTree Wayback Machine saytida arxivlandi (2018-03-14). — filogenetik daraxtlarni 
qurish uchun dastur

UGENE — bu rus tilidagi bepul vosita, nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini 
bir nechta marta taxrirlash, filogenetik tahlil, annotatsiya, maʼlumotlar bazalari bilan 
ishlash.

ZENBU — natijalar xulosasi