Yilda Nature jurnalida Jeyms Uotson

Natijalar

SGC ning optimalligini o'rganish uchun biz ko'p maqsadli evolyutsiya algoritmini qo'lladik va biz aminokislotalarning turli fizik-kimyoviy xususiyatlarini tavsiflovchi 500 dan ortiq indekslarni birlashtirgan sakkizta klaster vakillaridan foydalandik. Shu tufayli biz optimallashtirish mezonlari sifatida aminokislotalarning o'zboshimchalik bilan tanlanishidan qochdik. Natijada, biz ushbu mavzu bo'yicha boshqa maqolalarda taqdim etilganlarga qaraganda, SGC xususiyatlari haqida umumiyroq tadqiqot o'tkazishga muvaffaq bo'ldik. Biz genetik kodning ikkita modelini ko'rib chiqdik, ulardan biri SGC ning xarakterli kodon bloklari tuzilishini saqlaydi, ikkinchisi esa bu cheklovsiz. Natijalar shuni ko'rsatdiki, SGC xatolarni minimallashtirish nuqtai nazaridan sezilarli darajada yaxshilanishi mumkin, shuning uchun u to'liq optimallashtirilmagan. Uning tuzilishi aminokislotalarni almashtirish xarajatlarini minimallashtirish uchun optimallashtirilgan kodlar tuzilishidan sezilarli darajada farq qiladi. Boshqa tomondan, SGC ni nazariy genetik kodlarning global maydoniga joylashtirgan yangi aniqlangan sifat ko'rsatkichlaridan foydalangan holda, biz SGC aminokislotalarni almashtirish xarajatlarini maksimal darajada kamaytiradigan kodlarga aniqroq yaqinroq ekanligini ko'rsatdik.

Xulosa

Standart genetik kod juda ko'p turli omillar ta'sirida paydo bo'lgan qisman optimallashtirilgan tizimlarni ifodalaydi. Bizning topilmalarimiz tirik organizmlarning genetik kodini o'zgartirish va sun'iy kodlarni loyihalash bilan shug'ullanadigan tadqiqotchilar uchun foydali bo'lishi mumkin.


46. Strukturaviy genomikaning maqsadlaridan biri yangi oqsil burmalarini aniqlashdir. Protein tuzilishini aniqlashning eksperimental usullari yaxshi ifodalanadigan va/yoki kristallanadigan oqsillarni talab qiladi, bu esa bu tajriba ma'lumotlari aniqlagan oqsil qatlamlarining turlarini o'ziga xos tarzda o'zgartirishi mumkin. Genomik, modellashtirishga asoslangan yondashuv, masalan, ab initio modellashtirish, yangi protein qatlamlarini eksperimental yondashuvlarga qaraganda yaxshiroq aniqlashi mumkin, chunki ular eksperimental cheklovlar bilan cheklanmagan.
Protein funktsiyasi 3 o'lchovli tuzilishga bog'liq va bu 3 o'lchovli tuzilmalar ketma-ketliklarga qaraganda ancha yuqori darajada saqlanadi . Shunday qilib, strukturaviy genomikaning yuqori o'tkazuvchanlik strukturasini aniqlash usullari oqsil funktsiyalari haqidagi tushunchamizni xabardor qilish imkoniyatiga ega. Bu, shuningdek, dori kashfiyoti va oqsil muhandisligi uchun potentsial ta'sirga ega. ^[2] Bundan tashqari, strukturaviy maʼlumotlar bazasiga qoʻshilgan har bir oqsil maʼlumotlar bazasi boshqa nomaʼlum oqsillarning gomologik ketma-ketliklarini oʻz ichiga olishi ehtimolini oshiradi. Protein tuzilishi tashabbusi (PSI) Milliy sog'liqni saqlash institutlari tomonidan moliyalashtiriladigan ko'p qirrali sa'y-harakatlardir.Strukturaviy genomik yondashuvdan foydalangan holda oqsil tuzilishi haqidagi bilimlarni oshirish va strukturani aniqlash metodologiyasini takomillashtirishga qaratilgan turli akademik va sanoat hamkorlari bilan.