Yilda Nature jurnalida Jeyms Uotson

Tizimli diapazon ostida ) ketma-ketlik homologiyasi va/yoki filogenetik munosabatlarga asoslangan muayyan kodning taxminiy topshiriqlari keltirilgan.
Quyida keltirilgan barcha genetik kodlarni o'z ichiga olgan ushbu hujjatning bosma shaklidagi ASN.1 versiyasi ham shu yerda mavjud . Kodondan foydalanish bo'yicha batafsil ma'lumotni Codon Usage ma'lumotlar bazasida topish mumkin .
Tarixiy konventsiya bo'yicha GenBank formati DNK alifbosi yordamida mRNK ketma-ketligini ko'rsatadi. Shunday qilib, GenBank yozuvlarini o'qiyotgan odamlarga qulaylik yaratish uchun bu erda ko'rsatilgan genetik kod jadvallarida U o'rniga T ishlatiladi. Boshlovchi kodon - AUG, CTG, TTG yoki boshqa narsa bo'ladimi - sukut bo'yicha metionin deb tarjima qilinadi (Met, M ). Mumkin bo'lgan intiator kodonlari tarjima jadvallarining ikkinchi ("Boshlash") qatorida "M" sifatida belgilangan.
Hozirgi vaqtda genetik kodlar yadro, mitoxondriya, plastidlar va gidrogenosomalar uchun mustaqil ravishda o'rnatilishi mumkin. Taksonomik daraxtdagi ularning har biri uchun joriy sozlamalarni to'g'ridan-to'g'ri quyidagi kodlar ro'yxati ostidagi to'rtta tugma orqali ko'rish mumkin.


50. Sog'liqni saqlash muassasalarida epidemiya yuzaga kelganda, infektsiyani nazorat qilish uchun maqsadli javob berish uchun sababchi patogenni aniqlash va epidemiologik tekshiruvlar tez va samarali bo'lishi kerak. Virusli epidemiyalar paytida molekulyar diagnostika usullari real vaqtda RT/PCR kabi patogenni va oxir-oqibat epidemiyaning indeks holatini aniqlashga imkon beradi. Shu bilan birga, epidemiyani tekshirish bemorlarning klasterlarini va virus tarqalishini to'xtatish uchun qo'zg'atuvchining tarqalish yo'lini aniqlashi kerak. Hozirgacha Sanger sekvensiyasi usuli holatlar klasterlarini aniqlash uchun zarur bo'lgan virus genomining qisman ketma-ketligini olish uchun ishlatiladi. Biroq, ko'plab texnik cheklovlar, ayniqsa biologik namunalardagi virusli genomning oz miqdori bu yondashuvni epidemiyani boshqarish uchun unchalik samarali emas. Yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi (HTS) texnologiyalari patogen genomlarning to'liq ketma-ketligini tezda olish imkoniyatini beradi. Ayniqsa, viruslarning butun genom ketma-ketligi (WGS) yangi davolash usullari va vaktsinalarini ishlab chiqish, virus evolyutsiyasi va kasalliklarga genetik bog'lanishni o'rganish yoki epidemiyalarni kuzatish uchun kuchli vositadir. So'nggi paytlarda HTS sog'liqni saqlash muassasalarida virusli epidemiyalarni tekshirish uchun ishlatilgan (Garvey va boshqalar, 2017 ; Houlihan va boshqalar, 2018 ; Vogan va boshqalar, 2014)⁠. Ketma-ketlik ma'lumotlarining chuqurligi va olingan ketma-ketliklarning sifati ushbu vositani ushbu kontekstda ayniqsa samarali qiladi. Biroq, virus genomlarining nisbatan kichik hajmiga qaramay, ularning ketma-ketligi ko'pincha qiyin bo'lib qolmoqda. Virusning genetik materialining oz miqdori xost nuklein kislotasi bilan solishtirganda virusning ketma-ketligini pasaytiradi. Bundan tashqari, virusning ichki mutatsiya tezligiga qarab ko'proq yoki kamroq o'zgaruvchan ketma-ketliklarni taqdim etadigan bir nechta virusli variantlar bitta namunada birga yashashi bilan bog'liq qiyinchiliklarga duch kelish kerak. Bu barcha nuqtalar virus genomining ketma-ketligi va yig'ilishini yuklaydi. Bugungi kunda ko'plab shifoxona laboratoriyalari HTS usullaridan darhol foydalanish imkoniyatiga ega, ammo bioinformatika bo'yicha ko'nikmalarsiz bioinformatikani tahlil qilish qiyin bo'lib qolmoqda.