4-mavzu: Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash Lektor: Behruz toshbadalov

Clustal dasturi va unda ishlash tartibi. Ko’p 
miqdordagi ketma – ketliklarni taqqoslash uchun 
Clustal dasturi keng qo’llaniladi. Clustal tipidagi 
birinchi dastur seriyasi 1988 yilda D.Xiggins tomonidan 
ishlab chiqilgan. Keyinchalik D.Feng, R.Dullitl va 
V.Teylorlar tomonidan takomillashtirilgan. 1992 yilda 
Clustal dasturining ikkinchi avlodi Clustal V paydo 
bo’ldi va 1994 yilda ishlab chiqilgan uchinchi avlod 
Clustal W dasturi takomillashtirilgan algoritmlarning 
hisobiga juda ham qulay ishlash interfeysiga ega bo’ldi. 
Aytish lozimki, bu avlod dasturining qulayligi 
taqqoslanuvi ketma – ketliklarning FASTA formati 
ko’rinishida berilishi bilan belgilanadi. 

---

Clustal dasturining uchinchi avlodi ko’plab serverlar 
orqali (
www.pbil.ibcp.fr
, 
http://www.ebi.ac.uk
) ikki xil 
ko’rinishda, interfaol va pochta tartibida beriladi. 
Interfaol ko’rinishda foydalanuvchi natijalarni kutish 
orqali qabul qiladi. Pochta tartibida ishlanganda esa 
natijalar foydalanuvchining elektron manziliga (ketma – 
ketliklar soni ko’p miqdorda bo’lganda) jo’natiladi. 
Clustal dasturida ishlash uchun birinchi navbatda 
o’rganilayotgan aminokislotalar yoki nukleotidlarning 
ketma – ketliklarini mumkin bo’lgan mavjud 7 ta 
serverlarning biridan (NBRF/PIR, EMBL/SWISS-
PROT, Pearson/FASTA, Clustal(*aln), 
GCG/MSF(Pileup), GCG9/RSF, GDE) olish kerak. Bu 
holatlarda ko’proq FASTA formatidan foydalaniladi. 

---

Kiritilayotgan ketma–ketliklarning umumiy 
uzunligi www uchun 40000, e-mail 
serverlari uchun esa 60000 dan ortmasligi 
talab etiladi. Juftlik taqqoslanishlarida 
o’rganilayotgan ketma– ketliklarning 
barcha juftliklari taqqoslanadi. Bundan 
tashqari Clustal dasturi taqqoslanayotgan 
ketma – ketliklarning filogenetik 
munosabatlarini ko’rsatuvchi 
dendrogrammalarni tuzish uchun ham 
qo’llaniladi.

---