4-mavzu: Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash Lektor: Behruz toshbadalov
Download 0.95 Mb. Pdf ko'rish
|
4-ma`ruza
- Bu sahifa navigatsiya:
- Nucleotide BLAST
- Human genomic + transcript
|
BLAST ga qanday kiriladi? Buning uchun kompyuterda internetni yoqib NCBI ga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizga quyidagi oyna ochiladi: Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo’lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi: Nukleotidlarimiz ketma-ketligini birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. Biz Others – boshqalar degan bo’limini tanladik. Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga NCBI ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. BLAST bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi: BLAST natijalari Oynaning yuqori qismida BLAST amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo’lgan kiritilgan dastlabki 100 ta eng o’xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko’rsatiladi. Agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o’zaro o’xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. Yuqoridagi rasmda 1 dan 450 tagacha bo’lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko’rinishi. Oynaning pastrog’iga tushsak, natijalarning barcha ko’rsatgichlarini ko’rishimiz mumkin bo’ladi. |
