4-mavzu: Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash Lektor: Behruz toshbadalov

 
BLAST da ishlash algoritmi…
• Men bugungi leksiyada sodda tilda BLAST dan qanday foydalanish haqida 
misol keltiraman. Jarayonni tushunishingiz uchun magistraturada olib 
borgan tadqiqotlarimiz bilan bog`lab misol keltiraman. 
• Tasavvur qiling, ayni vaqtda Surxondaryo viloyatida uchrovchi 
qandalalarning (Miridae) filogenetikasini o`rganmoqdaman. Ushbu ilmiy 
tadqiqot ishida men uchun Surxondaryo g`o`za va beda agrosenozlaridan 
yig’ilgan qandala namunalari kerak bo’ladi. So’nggi 3 yil davomida 
Surxondaryo viloyati hududining turli qismlaridan qandala namunalarini 
yig’ib kelmoqdaman. Ayrim qandala turlarini tashqi ko’rinishidan, 
morfologik belgilaridan juda osongina ajratish mumkin, ayrimlarini maxsus 
aniqlagich atlasdan foydalangan holda aniqlasa bo`ladi. Ba’zi qandala 
namunalarini yig’ishda aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab 
bo’lmaydigan turlar uchrab turadi. 2021 yil may oyida Surxon davlat 
qo`riqxonasining Xatak bo`limidan qandala namunalari yig’ayotganimizda 
juda kichik qandala namunasini topgan edim. Uning qaysi tur ekanligini 
o’sha vaqtda aniqlay olmaganman.

---

Laboratoriya sharoitida o’sha qandala 
namunasining to’qimasidan DNK ni ajratib olib, 
ma`lum bir genini PZR mashinasida 
amplifikatsiya qilinadi. Elektroforez jarayoni 
orqali ushbu gen to’g’ri ajratib olinganligi 
tekshiriladi. Natijalar maxsus kompaniyalarga 
jo’natiladi (Xitoy). Ular o’sha noma’lum 
hasharot namunasidan olingan gendagi 
nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishadi.

---

Quyida 454 ta nukleotiddan tashkil topgan nukleotidlar 
turibdi. Ana endi uni BLAST yordamida qaysi turga tegishli 
ekanligini topib olamiz: 
• TATTTTGACTGTACAAAGGGAGCATAATCACTTGTC
TTTTAATTGAAGTCTGGAATGAATGGTTGGATGA 
AAAATTTACTTTCTTTATTTTATATAAAAATTAATTTC
TAAATCAAAAAGTTTAGATTCTATTGAAGG 
ACGAGAAGACCCTATAGAACTTYATTTTTTTGGAGG
AAATTTATTTGTTTATATTTAAAATTTCCTT 
AAAAAATAATTTGTTGGGGTGACAGAAAAAATTTAA
TAACTTTTTTTATTTATTTCATTTATTATGAT 
TATTGATCCTTTYTTAGGGAAAAAAGATTAAGTTAC
CTTAGGGATAACAGCGTTATTATTTTAAAGAGT 
TCTTATCGATAAAATAGTTTGCGACCTCGATGTTGGA
TTAAAATAAGTTCAGGAGTAAAAATTGAATA 
CTAGGTCTGTTCGACCTTTAAATTTTTACATGATCTG
A 

---