Amaliy ish №1 mavzu: genomlarni kartalashtirish. Mavzu

Ishni bajarish tartibi
1. Yuqorida keltirilgan ma'lumotlardan va qo'shimcha adabiyotlardan nazariy qismini o'rganish.
2. Demo-ga qarang.
3. O'qituvchidan vazifani bajarishning bir variantini oling.
4. Vazifani tahlil qiling.
5. Muammoning echimini aniqlang.


Nazorat savollari:

1. 
   Parallel dasturlash deganda nimani tushunasiz?
   
2. 
   Intel thread checker dasturining xususiyatlari haqida gapirib bering.
   
3. 
   Intel thread checker dasturining tuzilishi qanday?
   
4. 
   Intel thread checker dastur komponentalarining qanday tuzilganini tushuntirib bering.
   
5. 
   Intel thread checker kutubxonalari qanday tuzilgan?
   

AMALIY ISH № 3


MAVZU: GENBANK – GEN VA GENOMLAR MA’LUMOTLAR
BAZASI BILAN ISHLASH.


Mavzu: Genomlarni kartalashtirish.
GenBank – gen va genomlar ma’lumotlar bazasi bilan ishlash.


Ishdan maqsad: Genomlarni kartalashtirish, GenBank - gen va genomlar ma’lumotlar
bazasi bilan ishlash.


Nazariy qism
GenBank — bu DNK va RNK ketma-ketliklarini, shuningdek, ularda kodlangan oqsillarning ketma-ketligini o'z ichiga olgan ommaga ochiq ma'lumotlar bazasidir.
GenBank AQSh Milliy Sog'liqni saqlash institutining tarkibiy qismi bo'lgan AQSh milliy biotexnologiya ma'lumot markazi (NCBI) tomonidan qo'llab-quvvatlanadi va dunyo bo'ylab tadqiqotchilar uchun bepul taqdim etiladi. GenBank 100000 dan ortiq turli organizmlar uchun turli laboratoriyalardan ma'lumotlarni oladi va birlashtiradi.
GenBank - bu arxiv ma'lumotlar bazasi, va ushbu ma’lumotlarni yaratuvchilar har bir ma’lumotning mazmuni uchun javobgardirlar. GenBank, EMBL va DDBJ banklari bilan birgalikda INSDC konsorsiumining bir qismidir (http://insdc.org/), ushbu nukleotidlar ketma-ketligining ushbu uchta arxivi o'rtasida doimiy ravishda ma'lumot almashib turiladi. GenBankning chiqarilishi har ikki oyda bir marta amalga oshiriladi va saytdan FTP orqali olish mumkin.
O’RGANILISH TARIXI
1979-yil mart oyida Nyu-Yorkdagi Rokfeller Universitetida o'ttiz nafar molekulyar biolog va kompyuter olimlari uchrashdilar. Ular bu uchrashuvda umummilliy kompyuterlashtirilgan ma'lumotlar bazasini yaratish zarurligi bo'yicha pozitsiyani kelishib olishdi. Bunga ma'lum DNK ketma-ketliklari sonining tez o'sishi, shuningdek ularni tahlil qilish va taqqoslash orqali yangi biologik bilimlarni olish istiqbollari sabab bo'ldi.
1982-yil 30-iyunda NIH ommaviy ravishda bepul mavjud bo'lgan nuklein kislotalari ketma-ket bazasini yaratish uchun LANL-BBN bilan shartnoma imzoladi va keyinchalik GenBank nomi bilan tanildi.
Izlanishlarning dastlabki yillarida shakllangan GenBank ning qog’oz formadagi nashri
GenBankning barcha nashr qilingan ketma-ketliklarni to'plashdagi muvaffaqiyati ikkita asosiy omil bilan bog'liq edi.
Birinchidan, Xeydelbergda bir necha oy oldin yaratilgan EMBL ma'lumotlar bazasi va 1986-yilda DDBJ bilan yaqin hamkorlikning o'rnatilishi hamda har bir ma'lumotlar bazasi muayyan jurnallardagi nashrlarni kuzatib borish uchun javobgar bo’lganligi.
Ikkinchidan, DNK ma'lumotlar bazalari ma'lum ketma-ketliklarning ortib borayotgan sur'atlaridan tobora ortda qolayotgan edi. Muammoni hal qilish muharrirlar bilan jurnalda nashr etish uchun zarur shart sifatida ma'lumotlar bazasiga ketma-ketliklarni elektron ravishda kiritish to'g'risida kelishuv bo'ldi.
GenBank ning dastlabki CD ko’rinishi
O'shandan beri GenBank kengaymoqda va kengaymoqda, Odam Genomasi va DNK shtrix kodlash loyihalari kabi loyihalarda ishtirok etdi. GenBank zamonaviy dunyoda juda katta raqobatdosh ustunlikka ega bo'lgan "erkin tarkib" tamoyillariga asoslangan loyihaga misol bo'ldi.
1980-yillarning o'rtalarida, Stenford universitetidagi Intelligenetics bioinformatika kompaniyasi GenBank loyihasini LANL bilan birgalikda boshqargan. BIOSCI / Bionet - Internetda birinchi ommaviy bioinformatika loyihalaridan biri bo'lib, ilmiy bilimlar almashinuvi uchun birinchi forumlar va vositalar ochildi.
1989-1992 yillarda GenBank yangi tashkil etilgan Milliy Biotexnologik Axborot Markaziga (NCBI) ko'chirildi.
1982-yil dekabr oyidan 2017-yilning fevral oyigacha GenBank dagi nukleotidlar sonining o’sishi.