Amaliy mashg’ulot 13
-jadval. DH, hamda HAP populyatsiya turlari uchun genotip kodlari Kod Tavsifi
portal.guldu.uz-Genlarni kartalashtirish dasturlari bilan tanishish
|
Kod Tavsifi |
|
a birinchi genotip |
|
b ikkinchi genotip |
|
- noma’lum genotip |
|
. noma’lum genotip |
|
u noma’lum genotip |
Genotiplar bo’yicha tayyor excel fayl “soxranit kak” yordamida tekst (*.txt) shaklida “tekstovo’e faylo’ (s razdelitelyami tabulyatsii)” saqlanadi (rasm).
Shundan so’ng tekst shaklidagi fayl loc-file ga o’zgartiriladi (aylantiriladi). Bu quyidagicha amalga oshiriladi. Papkada turgan tekst faylning oxiridagi nuqtadan keyingi .txt jumlasi loc jumlasiga o’zgartiriladi. Hosil bo’lgan loc-file ochiladi va matn tepasiga quyidagi jumlalar kiritiladi:
name q NAME
popt q POPT
nloc q NLOC
nind q NIND
Bunda, name – eksperimental populyatsiya nomi (probel mavjud bo’lmagan holda), popt –jadvalda keltirilgan populyatsiya turlaridan biri (F2, RI, DH va h.o.), nloc – genotiplangan lokuslar soni, nind – genotiplangan individuumlar soni. JoinMap dasturiga tayyor fayl quyidagicha ko’rinishda bo’ladi (rasm). Qayd etish joizki, faylni yaratishda bironta kamchilik bo’ladigan bo’lsa JoinMap dasturi qabul qilmaydi. Ya’ni, individuumlar soni 129 ta ko’rsatilib faylda 128 ta individuumlardan foydalanilgan bo’lsa, faylda genotiplash uchun “a”, “b”, “h”, “c”, “d”, “-“, “.”, “u” harf va belgilardan boshqa belgilar yoki harflardan foydalanilgan bo’lsa va shunga o’xshash xolatlar.
Zarurat tug’ilganda, project ga bir qancha populyatsiyalar yuklashingiz mumkin. Populyatsiya muvaffaqiyatli yuklanganda navigatsiya shajarasida populyatsiya bo’g’ini paydo bo’ladi va ma’lumotlar va natijalar panelida (contents-and-results panel) bir qancha jadvallar hosil bo’ladi (4-rasm).
a) b)
(2-rasm)
(3-rasm)
(4-rasm)
“Info” vkladkasida proektga yuklangan ma’lumotlar bo’yicha informatsiya namoyon bo’ladi. “Data” vkladkasi yordamida yuklangan faylning tartibli formatlangan versiyasini ko’rish mumkin. “Loci” va “Individuals” vkladkalarida lokus yoki individlarni olib tashlash imkonini beradi. Qolgan vkladkalar boshidanoq bo’m-bo’sh bo’lib, ular tanlangan lokus hamda individlar to’plami genotiplaridan foydalanib amalga oshiriladigan kalkulyatsiya natijalari bilan to’lib boradi. (Re-)calculate tugmachasini bosish orqali kalkulyatsiya boshlanadi va muvaffaqiyatli yakunda vkladka natijalar bilan to’ladi. Kalkulyatsiyada foydalaniladigan parametr ko’rsatkichlari “Options” menyusidagi Calculation Options tugmachasi orqali amalga oshiriladi (5-rasm).
Locus genot. freq. vkladkasi segregatsiya iskajeniesi ni o’rganish uchun har bir lokus uchun genotiplar chastotasini namoyon etadi. Individual genot. freq. vkladkasi esa har bir individ uchun genotiplar chastotasini ko’rsatadi. Similarity of loci va Similarity of individuals vkladkalari o’xshash genotiplar fraktsiyasini yuzaga chiqaradi (kalkulyatsiya mavjud bo’lmagan genotiplarni o’z ichiga oladi). LOD Groupings (text) hamda LOD Groupings (tree) vkladkalarida lokuslarning guruhlashuvini kuzatish mumkin.
Bitta tahlilning o’zi har ikki jadvalda har xil; matn ko’rinishi ( rasm) hamda navigatsiya shajarasida (navigation tree) birikish kartasini kalkulyatsiya qilish uchun zarur hisoblangan guruh bo’g’inlarini yaratish imkonini beruvchi shajara ko’rinishi (rasm) namoyon bo’ladi. LOD Groupings (tree) bo’limida uchta yozuvdan iborat “LODG’nr (size)” bo’g’inlardagi birikish guruhlari nomlari keltiriladi. Bunda,– LOD guruh shakllangan LOD chegarasi, nr –ushbu LOD chegarasidagi guruh nomeri (guruh raqami oshgan sari lokus soni kamayib boradi) hamda size – guruhdagi lokuslar soni.
LOD Groupings (tree) bo’lmida ma’lum bir bo’g’in tanlanganda (tugmachani bosish orqali) ushbu guruhga tegishli lokuslar jadvalning o’ng tomonida paydo bo’ladi (rasm).
LOD Groupings tree bo’limida birikish kartalarini hisoblash uchun qaysi guruhdan foydalanish aniqlab olingandan so’ng tanlangan guruh sichqonchaning o’ng tugmachasini bosib belgilab olinadi. Tanlangan bo’g’in qizil (yoki shu bo’g’inga tegishli bo’lsa pushti) rangga kiradi (rasm).
Kerakli guruhlar tanlab olingandan so’ng “Population” menyusida Create Groups for Mapping optsiyasi tanlanadi.
Barchasi muvaffaqiyatli amalga oshirilganda navigatsiya shajarasida guruhlar hosil bo’ladi (rasm).
Grouping uzelida lokuslarning guruhlar bo’ylab tarqalishini ko’rsatadigan jadval paydo bo’ladi. Har bir group uzeli bir nechta jadvallardan (vkladkalardan) iborat bo’ladi. Data vkladkasida juft rekombinatsiya chastotasini hisoblovchi qisqacha qo’llanma beriladi. Juft rekombinatsiya chastotasi birikanlik deyiladi. Barchasi to’g’ri bajarilganda Data vkladkasida faqatgina guruhdagi lokuslar bo’yicha genotiplar paydo bo’ladi. Loci vkladkasi guruhdagi lokuslarni namoyon etadi hamda ularning ichidan ba’zilarini keyingi hisoblashlardan olib tashlash imkonini beradi. Fixed orders vkladkasida guruhning kartalashtirish kalkulyatsiyasida foydalanish uchun buyurtma qilishingiz mumkin. Qolgan vkladkalarda birikkanlik bo’yicha ma’lumotlar, ya’ni birinchisi - kuchsiz, ikkinchisi - kuchli, keyingisi - ishonchlilik darajasi past bo’lgan hamda oxirgisi - maksimal birikkanlik (Rasm).
Group vkladkasida Group menyusidagi Calculate Map optsiyasi kartani hisoblash amalga oshiriladi. Karta tanlangan lokuslar asosida hisoblanadi. Jarayonlar to’g’ri bajarilganda navigatsiya shajarasida karta natijalarini namoyon etuvchi mapping vkladkasi (Group vkladkasi ostida) hamda map vkladkasi (mapping vkladkasi ostida) hosil bo’ladi. Mapping vkladkasi ochilganda o’ng tomonda faqat birgina jarayon batafsil yoritilgan Session log jadvalini (vkladka) ko’rish mumkin.
Kartalashtirish jarayoni – bu lokuslarni birma-bir, eng avvalo eng informativ lokuslar juftligini qo’shish orqali karta tuzish demakdir. Har bir qo’shilgan lokus uchun eng yaxshi holat aniqlanadi hamda yuqori sifatlilik darajasi (goodness-of-fit) hisoblanadi. Agarda yuqori sifatlilik darajasi (goodness-of-fit) juda kamayib ketsa yoki salbiy masofa kelib chiqsa lokus olib tashlanadi. Ushbu jarayon har bir lokus bir martadan hisoblash amalga oshirilgunga qadar bajariladi. Bu birinchi raund yakuni demakdir. O’z navbatida hisoblashdan olib tashlangan barcha lokuslar ikkinchi marta kartaga qo’shish uchun harakat qilinadi. Bu galgi urinish birinchisiga nisbatan muvaffaqiyatli hisoblanadi, agarda karta yanada ko’proq lokusni o’z ichiga olsa. Biroq, aksincha bo’lishi ham mumkin, ya’ni bu safar ham salbiy masofa yoki katta uzilish (too large a jump) natijasida lokus yana olib tashlanadi. Bu ikkinchi raund. Shundan so’ng, oldin olib tashlangan lokuslar oxirgi marta, endi maksimal yuqori sifatlilik darajasi (goodness-of-fit) talablariga hamda salbiy masofa mavjud emasligiga e’tibor berilmasdan kartaga qo’shish uchun kiritiladi. Bu oxirgi yoki uchinchi raund hisoblanadi. Tabiiyki, birinchi yoki ikkinchi raundda barcha lokuslar aniqlansa keyingi raunlar bo’lmaydi. Har bir raund natijalari map vkladkasida ko’rinadi (rasm).
Mar vkladkasi bir vaqtning o’zida oynaning o’ng tomonda bir nechta vkladkalar paydo bo’ladi, shundan eng birinchi uchtasi karta xususiyatini namoyon etadi, ya’ni (1) MS-PowerPoint, (2) MS-Excel, (3) MapQTL va MapChart (karta tuzish hamda QTL-tahlilini olib borish uchun) dasturlariga eksport qilish qulay bo’lishi uchun (1) karta shaklida, (2) ro’yxat shaklida hamda (3) oddiy matn shaklida namoyish etiladi.
Download 0.92 Mb.
Do'stlaringiz bilan baham:
