Amaliy mashg’ulot №3 Mavzu: Oqsil ketma ketliklari bazalari (pir, SwissProt). Ishning maqasadi

Amaliy mashg’ulot № 3
Mavzu: Oqsil ketma ketliklari bazalari (PIR, SwissProt).
Ishning maqasadi: Talabalarga oqsil ketma ketliklari ma’lumotlar bazalari (PIR- Protein ma'lumot manbasi, SwissProt - Oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini saqlovchi baza) bilan ishlash ko’nikmasini hosil qilish.
Kerakli jihozlar va materiallar: kompyuter, internet tarmog’i, PIR, SwissProt kabi ma’lumotlar bazalari.
Nazariy tushuncha:
SWISS-PROT 1986-yilda tashkil etilgan va 1987-yildan beri Jeneva universitetining Tibbiy biokimyo kafedrasi va EMBL maʼlumotlar kutubxonasi (hozirgi EMBL Outstation-Evropa bioinformatika instituti) tomonidan hamkorlikda yuritiladigan izohli oqsil ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi. SWISS-PROT protein ketma-ketligi ma'lumotlar banki ketma-ketlik yozuvlaridan iborat. Ketma-ket yozuvlar har xil chiziq turlaridan iborat bo'lib, ularning har biri o'z formatiga ega. SWISS-PROT ma'lumotlar bazasi o'zini boshqa oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalaridan uchta alohida mezon bilan ajratib turadi.
Protein ma'lumot manbasi (PIR)

• 
  genomik va proteomik tadqiqotlar va ilmiy kashfiyotlarni qo'llab-quvvatlaydigan oqsil informatikasining birlashgan ommaviy manbasi.
  
• 
  PIR barcha taksonomik diapazonni qamrab oluvchi 283,000 dan ortiq ketma -ketlikdan iborat izohli oqsillar ma'lumotlar bazasini (PSD) saqlaydi.
  
• 
  PIR 1984 yilda Milliy Biotibbiyot Tadqiqot Jamg'armasi tomonidan tadqiqotchilarga oqsillar ketma -ketligi haqidagi ma'lumotlarni aniqlash va talqin qilishda yordam berish manbasi sifatida tashkil etilgan.
  
• 
  PIR-International Protein Sequence Database (PIR-PSD) uchun, Margaret Dayhoff tomonidan tahrirlangan Proteinlar ketma-ketligi va tuzilishi atlasi (1965-1978) asosida yaratilgan tasniflangan va funktsional izohlangan oqsil ketma-ketliklarining dunyodagi birinchi ma'lumotlar bazasi. Protein axborot resursi tomonidan MIPS (Oqsillar ketma-ketligi bo‘yicha Myunxen axborot markazi) va JIPID (Yaponiya xalqaro oqsil ma’lumotlar bazasi) bilan hamkorlikda ishlab chiqarilgan va tarqatilgan PIR-PSD proteinlar ketma-ketligining eng keng qamrovli va mutaxassislar tomonidan tanlangan ma’lumotlar bazasi bo‘lib kelgan. 2002 yilda PIR EBI (Yevropa bioinformatika instituti) va SIB (Shveytsariya bioinformatika instituti) bilan hamkorlikda UniProt konsorsiumini tashkil qildi. PIR-PSD ketma-ketligi va izohlari UniProt ma'lumotlar bazasiga birlashtirilgan. UniProt (UniProt ma'lumotlar bazasi va/yoki UniParc) va PIR-PSD o'rtasida ikki yo'nalishli o'zaro havolalar avvalgi PIR-PSD yozuvlarini oson kuzatish uchun o'rnatiladi. PIR-PSD noyob ketma-ketliklari, mos yozuvlar iqtiboslari va eksperimental tasdiqlangan ma'lumotlarni endi tegishli UniProt yozuvlarida topish mumkin.
  

Ishni bajarish tartibi: Internet tarmog’iga ulangan kompyuter yordamida amaliy mashg’ulotda berilgan elektron manzillar orqali ma’lumotlar bazasiga kirish va PIR- Protein ma'lumot manbasi, SwissProt - Oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini saqlovchi ma’lumot bazalari haqidagi bilim va ko’nikmalarni hosil qilish.


PIR- Protein ma'lumot manbasi bazasining ishchi oynasi





PIR ma’lumotlar bazasidan Aktin oqsilini izlash





SwissProt - Oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini saqlovchi ma’lumot bazalari



Topshiriqlar:

1. 
   SwissProt ma’lumotlar bazasi ma’lumot bering
   
2. 
   PIR ma’lumotlar bazasi haqida ma’lumot bering
   

Nazorat shakli: PIR- Protein ma'lumot manbasi, SwissProt - Oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini saqlovchi ma’lumot bazalari (SwissProt, PIR) haqida hisobot yozish.
Tavsiya etiladigan adabiyotlar:
Asosiy adabiyotlar

1. 
   Леcк А. Введение в Биоинформатику. М., БИНОМ, 2015
   
2. 
   Астахонов Т.В. Сравнительный анализ информационных биополимеров. Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии. М. Ижевск: Институт компьютерный исследований. 2002.
   
3. 
   Каменская Г.И. Биоинформатика. Москва, 2008
   

Qo’shimcha adabiyotlar

4. 
   RuziboyevX.S. , Radjabova G.YE., Atamuratova N.R. Bioinformatika fanidan o’quv uslubiy majmua, 2019 y.
   
5. 
   Иванов А.С. Биоинформатика: путь от генома к лекарству insilico Вест. РГМУ. 2003. №4.
   
6. 
   Бауэр Ф.Л., Гооз Г. Информатика. Вводный курс. В 2 ч. М. Мир, 1990.Todaro, Michael Р.
   
7. 
   М. Бородовский, С. Екишева Задачи и решения по анализу биологических последовательностей М.-Ижевск : РХД, 2008.
   
8. 
   Дромашко С.Е. Очерки биоинформатики. Минск, Беларуская наука, 2009.
   

Axborot manbaalari
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/GenbankOver
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
1. www.ziyonet.uz
2. www.catuzmu
3. www.natl.uz
4. www.nature.uz
5. www.nedaeog.uz
6. www.maik.ru
7. www.blast.nih.gov
8. www.floranimal.ru
9. www.bioloev.ru