Biologiya fakulteti Biologiya yo’nalishi

Gomologik oilalarga bo’lish

• Gomologik oqsillar quyidagi uch xususiyatlari ko’rsatkichlariga ko’ra asosiy oilalarga bo’linadi:
• 1) Oqsillarning uchlamchi strukturasi,
• 2) Oqsillarning tarkibidagi domenlar kenetikasi,
• 3) Oqsillarning aminokislota qoldiqlari ketma-ketliklari,
• Oqsil oilalari har to’rt yilda qayta ro’yxatdan (CASP - Critical Assessment for Protein Structure Prediction tashkiloti tomonidan) o’tkaziladi Tashkilot yangi oilalar yoki oila vakillarini nomenklaturaga muofiq filogenetik xaritalarini tuzib chiqadi.

Qarindosh gomologik oqsillarni o’rganish metodlari

• Gomologik oqsillarni o’rganish ularning struktura, funksiya va aminokislota qoldig’i ketma ketliklari ma’lum bir darajada yaqinlikga ega bolishi talab etiladi. Bunday vaziyatda amaliyotda maxsus dastur ta’minot algoritmi paketlaridan foydalaniladi.
• Odatda gomologik oqsillarni Ortolog(tur hosil bo’lishda paydo bo’lgan ketma-ketliklar. Ortologlar odatta bir xil funksiyaga ega) va Paralog( bitta ajdod gendan dublikatsiya natijasida paydo bo’lgan ketma-ketliklar. Paraloglar odatta boshqa-boshqa funksiyaga ega) xususiyatlari asosida ishlaydigan dastur paketlar ta’minotida tahlil qilinadi. Hozirgi kunda bunday dasturlar qatoriga Blast(Basic Local Aligment Search Tool), Clustal W, ROBETTA, I-TASSER, LOMETS (Local Meta-Threading-Server) va SWISS-MODEL dastur ta’minotlari ko’pchlik mutaxasislar tomonidan ma’qullangan.

Qarindosh gomologik oqsillar o'rganishda blast va clustal w dasturi

• BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) -bu maxsus algoritm bo’lib, u DNKlardagi nukleotidlar ketma-ketliglarini, yoki oqsillardagi aminokislotalar ketma-ketliglarini bir-biri bilan taqqoslaydi va bir-biriga yaqinlik darajasini aniqlaydi. BLAST programmasi aminokislota qoldiqlari va nukleotidlarni qidiruv dasturi bo’lib, mantiqiy amallarga tayanadi. Dastur hozirgi kungacha aniqlangan oqsil va nukleotid qatorlarini solishtirib 95% gacha mos kelgan oqsil aminokislota qoldiqlari va DNK(RNK) nukleotidlarini aniqlab beradi. Bunda NCBI platformasidan elektron ma’lumotlar bazasidan foydalangan holatda amalga oshiriladi.
• Agarda ikki oqsil yoki DNK(RNK) identifikasiya darajasi 95% dan kam bo’ladigan bo’lsa dastur ta’minoti tarkibidagi dastur paketlari yordamida tahlil qilish imkoniyati bor, lekin bunday sharoida Clustal W maxsus dastur ta’minoti yordamida yuklatilgan vazifa onsonlik bilan bartaraf etish mumkun. Clustal W maxsus dastur ta’minoti qulay tomonlaridan bir undagi ma’lumotlarni to’g’ridan to’g’ri filogenetik xarita tuzadigan dastur ta’minotlari paketlariga yuklash imkoniyati bor. Clustal W maxsus dastur ta’minoti molekulyar biologiya sohasida dastlabki ehtimollik nazariyalari asosida ishlaydigan birinchi dastur ta’minoti hisoblanadi. Clustal W maxsus dastur ta’minoti to’gridan to’g’ri quyidagi dastur ta’minotlaridan ma’lumotlarni yuklash imkoniyatiga ega: PIR, FASTA, EMBL/SwissProt.