Filogenetik daraxtlar klasterlash metodlar mundarija

Qaysi turlar bir-biriga koʻproq qarindosh?

Filogenetik daraxtda ikkita turning qarindoshlik darajasi aniq maʼno bildiradi. Agar ikkita tur koʻproq umumiy ajdodga ega boʻlsa, ular yaqinroq qarindosh, agar kamroq umumiy ajdodga ega boʻlsa, ular uzoqroq qarindosh hisoblanadi.
Har qanday tur yoki boshqa guruhlarning eng soʻnggi umumiy ajdodini topish uchun osongina usulni qoʻllashimiz mumkin. Buning uchun ikkita tur tugagan shoxdan ―orqaga qarab yuramiz‖ va shu ikki turni birlashtiruvchi chiziq toʻqnashadigan nuqtani topguncha davom etamiz.
Aytaylik, A va B hamda B va C juftliklarning qaysi biri koʻproq qarindosh ekanini aniqlamoqchimiz. Buni aniqlash uchun ikkala juftlikning daraxtdagi chiziqlari boʻylab orqaga harakatlana boshlaymiz. A va B tur juftligi B va C tur juftligidan koʻra ertaroq tutashadi. Demak, A va B turlar B va C turlarga nisbatan yaqinroq qarindosh ekan.

Robert Bear va boshqalar, CC BY 4.0ʼga tegishli Taxonomy and phylogeny: Figure 2 (Taksonomiya va filogeniya: 2-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.

Yana shuni ham eslatish joizki, ayrim turlarning qarindoshlik darajasini bu yoʻl bilan solishtira olmaymiz. Misol uchun, biz A va B turlar C va D turlardan koʻra yaqinroq qarindosh deb ayta olmaymiz. Chunki filogenetik daraxtning gorizontal oʻqlari vaqtni bevosita ifodalamaydi. Shu sababli biz faqat bir chiziq yoki shoxda kechayotgan jarayonlarni solishtirishimiz mumkin, turli shoxlardagi jarayonlarni esa solishtira olmaymiz.

Filogenetik shajaralarni oʻqish boʻyicha ayrim maslahatlar

Siz turli formatlarda chizilgan filogenetik daraxtlarga duch kelishingiz mumkin. Pastda chap tomonda koʻrsatilganidek, ayrimlari bloksimon chizilgan. Boshqalari esa oʻng tomonda keltirilganidek, diagonal chiziqlar orqali ifodalangan. Bloksimon daraxtda koʻrsatilganidek, filogenetik daraxtlarning shoxlari vertikal yoki gorizontal joylashgan boʻlishi mumkin.

Robert Bear va boshqalar, CC BY 4.0ʼga tegishli Taxonomy and phylogeny: Figure 2 (Taksonomiya va filogeniya: 2-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.

Yuqoridagi uchta daraxt A, B, C, D va E turlar bir xil aloqaga ega ekanini ifodalaydi. Buni oʻzingiz tekshirib koʻrishingiz mumkin. Shoxlanish yoʻli va umumiy ajdodlarning tartibi ham ikkala daraxtda bir xil. Turlicha koʻrinishda boʻlgan ushbu daraxtlardagi bir xil maʼlumot daraxtlarning qarindoshlik darajasini koʻrsatadi.
Yana bir muhim jihat shuki, agar har qanday filogenetik daraxtdagi shoxlanish nuqtasidagi shoxlar oʻrnini almashtirsak, daraxtning asosiy mazmuni oʻzgarmaydi. Yuqoridagi ikki daraxt turli koʻrinishlarda ifodalangan boʻlsa-da, turlar orasidagi munosabatlar oʻzgarmagan. Quyidagi daraxtlarda ham toʻrttala tur orasidagi bir xil aloqa koʻrsatilgan:

Robert Bear va boshqalar CC BY 4.0ʼga tegishli ―Taxonomy and phylogeny: Figure 3‖ (Taksonomiya va filogeniya: 3-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.

Agar bir qarashda yuqoridagi daraxtlar bir xil tuyulmasa, u holda daraxt uchidagi turlarning (W, X, Y va Z) tartibiga emas, balki daraxtlarning shoxlanishiga eʼtibor bering. Chunki turlarning joylashish tartibi emas, aksincha, daraxtning shoxlanish strukturasi bizga eng kerakli maʼlumotni beradi.
Biz yuqorida koʻrib chiqqan daraxtlar sodda tuzilgan boʻlib, har bir shoxlanish nuqtasidan faqat ikkita shox ajralgan. Lekin baʼzan politomiya (―poly‖ – koʻp;
―tomy” – boʻlinish) mavjud daraxtlar ham uchrab turadi. Yaʼni bir shoxlanish nuqtasidan uch yoki undan ortiq yangi turlar paydo boʻladi22squared. Odatda politomiya shoxlanish qanday tartibda kechganini bilish uchun yetarli maʼlumot boʻlmaganda kuzatiladi.

Robert Bear va boshqalar, CC BY 4.0ʼga tegishli Taxonomy and phylogeny: Figure 2 (Taksonomiya va filogeniya: 2-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.

Agar keyinchalik daraxtda ifodalangan turlar haqida yangi maʼlumotlar topilsa, yangi maʼlumot asosida politomiya toʻgʻrilanishi mumkin.

2.